分子のおもちゃ箱 bbs 13 No.1301...1400 ( 2005.09.24 - 2006.04.06 )
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●1400 教えてください 澤田敏彦 - 2006/04/06 01:30 -
私は 大学院で計算化学をやっています澤田敏彦というものです。私は、オリゴ糖鎖の構造について分子力学法→量子力学法 で解析したいと考えています。オリゴ糖鎖について、多数の初期構造を発生させ、分子力学法で安定構造を絞り込んだ後に、さらに量子力学法で検討を重ねる という具合です。
糖鎖は単糖(グルコースやガラクトース)からなりますが、各単糖は 6員環の化合物ですので、たくさんのコンホメーションをとります。いす型配座 ねじれ船形、ボート型・・といった感じです。それが 2糖、3糖になりますと、作成すべき初期構造が膨大になってしまい、収拾がつきません。糖と糖は、エーテル結合で結ばれますので、その際には、二面角も検討する必要がでてきます。
mikeさんは、 フリーソフトで、そういった膨大な初期構造を自動で作成できるソフト、もしくは 全構造を自動に発生させた後に分子力学法もしくはモンテカルロ法で安定構造を絞ってくれるソフトをご存知でしょうか?

●1399 アプレット追加 mike - 2006/04/02 14:19 -
アプレット追加しました。
(931) ball convection RLG2D 熱い球の周りの対流
(932) Benard convection RLG2D ベナール対流

●1398 アプレット追加 mike - 2006/04/01 16:32 -
アプレット追加しました。
(929) air cannon RLG2D 空気砲
(930) convection RLG2D 箱の中の対流

●1397 アプレット追加 mike- 2006/03/26 14:20 -
アプレット追加しました。
(926) mixed gas in gravity RLG2D 重力下の混合気体
(927) gas mixing RLG2D 気体の混合
(928) gas mixing in gravity RLG2D 重力下の気体の混合

●1396 アプレット追加 mike- 2006/03/25 14:39 -
アプレット追加しました。
(924) shock wave RLG2D 衝撃波の発生
(925) mixed gas RLG2D 混合気体

●1395 アプレット追加 mike- 2006/03/19 14:37 -
アプレット追加しました。
(921) wall RLG2D 風洞内の壁
(922) walls RLG2D 風洞内の壁たち
(923) ball flow RLG2D ボール周りの流れ

●1394 バージョンアップとアプレット追加 mike- 2006/03/18 15:52 -
バージョンアップ(表示menu変更)しました。
(915) template RLG2D 実数型格子ガス法 ver 0.0.2
(916) jet RLG2D 細孔からの噴流 ver 0.0.2
(917) large RLG2D 大きな実数型格子ガス法 ver 0.0.2
(918) gravity RLG2D 重力のある空気箱 ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(919) shear flow RLG2D 渦の生成
(920) wind tunnel RLG2D 風洞

●1393 アプレット追加 mike- 2006/03/12 14:23 -
アプレット追加しました。
(915) template RLG2D 実数型格子ガス法
(916) jet RLG2D 細孔からの噴流
(917) large RLG2D 大きな実数型格子ガス法
(918) gravity RLG2D 重力のある空気箱

●1392 アプレット追加 mike- 2006/03/11 14:36 -
アプレット追加しました。
(913) Couette flow MAC3D クエット流(3D)
(914) cavity flow MAC3D 正方キャビティ流(3D)

●1391 アプレット追加 mike- 2006/03/05 14:43 -
アプレット追加しました。
(910) long wind tunnel MAC2D 長い風洞
(911) wing MAC2D 風洞内の翼
(912) rotor MAC2D 風洞内の回転円柱

●1390 バグフィックスとアプレット追加 mike- 2006/03/04 14:54 -
バグフィックスしました。
(906) wind tunnel MAC2D 風洞実験 ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(907) wall MAC2D 風洞内の壁
(908) walls MAC2D 風洞内の壁たち
(909) concave MAC2D 風洞内の凹み

●1389 アプレット追加 mike - 2006/02/26 15:33 -
アプレット追加しました。
(905) Poiseuille flow MAC2D ポアズイユ流
(906) wind tunnel MAC2D 風洞実験

●1388 アプレット追加 mike - 2006/02/25 14:31 -
アプレット追加しました。
(902) Couette flow MAC2D クエット流
(903) cavity flow MAC2D 正方キャビティ流
(904) vortices MAC2D 渦たち

●1387 アプレット追加 mike - 2006/02/19 14:36 -
アプレット追加しました。
(901) shear flow MAC2D 低気圧と高気圧

●1386 アプレット追加 mike - 2006/02/18 14:30 -
アプレット追加しました。
(899) elastic wave D2D 弾性波
(900) domino D2D ドミノ倒し

●1385 アプレット追加 mike - 2006/02/12 14:26 -
アプレット追加しました。
(898) breakthrough D2D 突破(2D)

●1384 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/02/11 15:24 -
バージョンアップ(表示にforceを追加)しました。
(894) template D2D 動力学テンプレート(2D)ver 0.0.2
(895) template PD2D 動力学テンプレート(2D、周期的境界条件)ver 0.0.2
アプレット追加しました。
(896) beam D2D 梁のたわみ
(897) cantilever D2D 片持ち梁

●1383 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/02/05 15:42 -
バージョンアップ(zSort()コードの改良)しました。
(863) beam D3D 梁の歪み ver 0.0.2
(864) breakthrough D3D 突破 ver 0.0.2
アプレット追加しました。
(894) template D2D 動力学テンプレート(2D)
(895) template PD2D 動力学テンプレート(2D、周期的境界条件)

●1382 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/02/04 15:18 -
バージョンアップ(zSort()コードの改良)しました。
(861) tetra sand D3D 四面体の砂 ver 0.0.2
(862) icosa sand D3D 星の砂 ver 0.0.2
アプレット追加しました。
(893) bicycle PD3D 自転車の模型

●1381 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/01/29 16:32 -
バージョンアップ(zSort()コードの改良)しました。
(859) bounding ball PD3D 跳ねるボール ver 0.0.2
(860) rolling cone PD3D 転がる円錐 ver 0.0.2
アプレット追加しました。
(892) O on W slab PECD タングステン上の酸素原子

●1380 バージョンアップ mike - 2006/01/28 15:43 -
バージョンアップ(zSort()コードの改良)しました。
(836) template MD3D 分子動力学のテンプレート ver 0.0.3
(837) template PMD3D 分子動力学のテンプレート(周期的境界条件) ver 0.0.3

●1379 誤りの訂正と追加 mike - 2006/01/27 06:18 -
問題はHe+2分子が分子になる理由ですね。(He++2と間違えていました)
Heの原子核2つと、電子3個の系は、前述の(He+)2の場合の結合性の軌道に2個の電子が入り、
2つのHe原子核の間に節をもつ反結合性の軌道に1個の電子が入りますが、
全体としては、結合的になり、分子を形成します。

●1378 Re 1377 He2分子が存在しないのはなぜですか mike - 2006/01/26 19:51 -
えりさん、こんにちは。

ご質問の問題は、授業において、どのようなことを学んでいるかによって、回答が異なると考えられます。
定性的には、次のように考えられます。
He原子は1s^2の閉殻構造をもつため、2つのHeが近づいても結合を形成せず、He2分子を形成しません。
ところが、He+(He原子核と電子1個)同士が近づくと、2個の電子は対を作り、H2分子と同様な結合状態になり、
He++分子を形成します。

●1377 He2分子が存在しないのはなぜですか? えり - 2006/01/26 16:16 -
?He2分子が存在しない理由を量子化学的に説明しなさい。
?He+2分子が存在することが確認されている。He2分子が存在しないのに、He+2分子が存在するのはなぜか?量子化学的に説明せよ。
という問題が分からないのですが教えていただけませんか?

●1376 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/01/22 14:58 -
バージョンアップ(zSort()コードの改良)しました。
(857) spinning top D3D 回転するコマ ver 0.0.2
(858) spinning top PD3D 回転するコマ(周期的境界条件)ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(891) spinor Dirac1D 自由電子のディラック波束 ver 0.0.0

●1375 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/01/21 15:11 -
バージョンアップ(timeStep()コードの改良)しました。
(876) quasi-2 dimension PQM3D 準2次元(3D、周期的境界条件)ver 0.0.2
(877) quasi-1 dimension PQM3D 準1次元(3D、周期的境界条件)ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(889) potential well LDA 板状のポテンシャル井戸と電子たち
(890) harmonics-1d LDA 準1次元の調和振動

●1374 バージョンアップ mike - 2006/01/20 18:23 -
バージョンアップ(timeStep()コードの改良)しました。
(884) tunnel effect PQM1D 電子のトンネル効果(陽解法)ver 0.0.2
(873) transmission coefficient PQM2D 電子の透過係数(2D、平面波)ver 0.0.2
(875) transmission coefficient PQM3D 電子の透過係数(3D、周期的境界条件、平面波)ver 0.0.2

●1373 Re 1372(解決) mike - 2006/01/15 20:55 -
Sさん、問題解決のご報告、ありがとうございます。

今後とも、よろしくお願いします。

●1372 FDTDについて教えて下さい!(解決) S - 2006/01/15 19:39 -
ご返答ありがとうございます!!

アドバイス頂いて、よくよく方程式を見直したところ、
弾性方程式を音波方程式と同一視していたことに気付きました!!
c(スティフネス)を音速と勘違いしてました(恥)。

1次元弾性波の方程式
∂f/∂t=c∂u/∂x
∂u/∂t=(1/ρ)∂f/∂x

音波の方程式
∂P/∂t=ーκ∂u/∂x
∂u/∂t=ー(1/ρ)∂P/∂x
c=√(κ/ρ)

デスね。音波の方で計算しなおしたら、きちんと音速で伝播しました!
アドバイス感謝いたします!

●1371 Re 1370 mike - 2006/01/15 18:48 -
Sさん、こんにちは。 「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

残念ながら、引用されている本は持っていませんので、内容に関してはわかりません。
もう少し具体的なことがあれば、コメントできることがあるかも知れません。

>...伝播速度が3桁も小さい。
私の経験では、定性的な形は合っているが、桁がちがうような場合、
(速度や弾性定数などの)単位を取り違えていたことが一度ならずありました。

●1370 FDTDについて教えて下さい! S - 2006/01/15 15:58 -
はじめまして。すごいページですね。

最近FDTDを始めたのですが、わからない所があって困っています。

「FDTD法による弾性振動・波動の解析入門(森北出版、佐藤氏著)」に載っている
式(1.2)と(1.3)を使って、1次元弾性波のFDTDコードをCで作ってみたのですが、
計算してみると、

・音速cで伝播するはず(?)なのに、伝播速度が3桁も小さい。
・波長はλ=c/f(f:入力周波数)であるはずなのに、これも3桁も小さい。

という結果になりました。プログラムを何度見直してもどこが間違っているのか
検討が付きません。是非アドバイスをお願いします。

●1369 アプレット追加 mike - 2006/01/15 15:28 -
アプレット追加しました。
(887) explicit TDKS 電子たち(3D-時間依存DFT-LDA+spin、陽解法)
(888) quasi-2d ETDKS 準2次元の電子たち(3D-時間依存DFT-LDA+spin、陽解法)

●1368 アプレット追加 mike - 2006/01/14 15:29 -
アプレット追加しました。
(885) explicit TDKS1D 電子たち(1D-時間依存DFT-LDA+spin、陽解法)
(886) explicit TDKS2D 電子たち(2D-時間依存DFT-LDA+spin、陽解法)

●1367 TOPページの更新 mike - 2006/01/14 08:15 -
「分子のおもちゃ箱」のTOPページを更新しました。

quantum mechanics 電子と原子(量子力学)の一部を入れ替えました。
(883) tunnel effect QED1D 電子のトンネル効果
(492) eigen value and eigen function 1D 一次元の固有値と固有関数
(514) H like atom coarse SD3D 水素様原子
(603) light atom LDA 軽い原子(Vxc:Perdew-Zunger 1981)
(670) atomic polarizability LDA 原子分極率

●1366 Re javaアプレットが実行されない mike - 2006/01/10 20:37 -
ゆあんさん、こんにちは。 書き込み、ありがとうございます。

「javaアプレットが実行されない」ことについて、
書き込みの内容からすると、javaの仮想マシンVMがインストールされていない可能性があります。
最近のIEには、SUNとmicro softの合意により、javaが組み込まれていないため、
ご自身でjavaをインストールする必要があります。
インストールはsunのサイトから
http://www.java.com/ja/
無料でダウンロードできます。

この方法でもjavaアプレットが実行できないときは、お手数ですが、もう一度、書き込んでください。

>唯一、mini MDだけは実行されているようです。
これは、javaScripというjavaとは別のスクリプト(IEにもともと組み込まれている)ですので、
実行できると考えられます。

●1365 javaアプレットが実行されない ゆあん - 2006/01/10 18:54 -
表題の通り、javaアプレットが全く実行されません。
IE6のセキュリティ内の設定でjavaスクリプトはONにしてあります。
背景がピンクの場合、アプレットが表示される部分に×印が出てしまい、
背景が緑の場合、
Please confirm Java of your browser.
というメッセージがはじめの行に表示されます。
唯一、mini MDだけは実行されているようです。
申し訳ございませんが、解決方法を教えて頂ければと思います。
宜しくお願い致します。

●1364 アプレット追加 mike - 2006/01/09 15:57 -
アプレット追加しました。
(883) tunnel effect QED1D 電子のトンネル効果
(884) tunnel effect PQM1D 電子のトンネル効果(陽解法)

●1363 アプレット追加 mike - 2006/01/08 15:20 -
アプレット追加しました。
(881) potassium atom LDA カリウム原子(DFT-LDA)
(882) potassium atom LSDPZ カリウム原子(DFT-LSD)

●1362 アプレット追加 mike - 2006/01/07 15:48 -
アプレット追加しました。
(879) argon atom LDA アルゴン原子(DFT-LDA)
(880) argon atom LSDPZ アルゴン原子(DFT-LSD)

●1361 アプレット追加 mike - 2006/01/04 16:04 -
アプレット追加しました。
(876) quasi-2 dimension PQM3D 準2次元(3D、周期的境界条件)
(877) quasi-1 dimension PQM3D 準1次元(3D、周期的境界条件)
(878) quasi-1 dimension PQM2D 準1次元(2D、周期的境界条件)

●1360 アプレット追加 mike - 2006/01/03 15:51 -
アプレット追加しました。
(875) transmission coefficient PQM3D 電子の透過係数(3D、周期的境界条件、平面波)

●1359 謹賀新年 mike - 2006/01/03 08:31 -
新年、あけまして、おめでとうございます。

これからも、あきらめず、続けていく所存ですので、
よろしく、お願い致します。

●1358 アプレット追加 mike - 2005/12/29 07:53 -
アプレット追加しました。
(873) transmission coefficient PQM2D 電子の透過係数(2D、平面波)
(874) transmission coefficient QED3D 電子の透過係数(3D)

●1357 アプレット追加 mike - 2005/12/25 15:43 -
アプレット追加しました。
(871) tunnel effect QED2D 電子のトンネル効果
(872) transmission coefficient QED2D 電子の透過係数(2D)

●1356 アプレット追加 mike - 2005/12/24 16:20 -
アプレット追加しました。
(869) flapping disc D3D 羽ばたく円盤
(870) transmission coefficient QED1D 電子の透過係数

●1355 アプレット追加 mike - 2005/12/23 15:10 -
アプレット追加しました。
(867) cantilever D3D 片持ち梁
(868) spring D3D 重ね板バネ

●1354 アプレット追加 mike - 2005/12/18 16:45 -
アプレット追加しました。
(865) hoop D3D フラフープ
(866) distortion D3D ねじれ

●1353 アプレット追加 mike - 2005/12/17 16:04 -
アプレット追加しました。
(863) beam D3D 梁の歪み
(864) breakthrough D3D 突破

●1352 どうも有り難うございました. M20b2.2@大津市 - 2005/12/16 07:40 -
mike様

どうも有り難うございました.

落ち着いてもう一度考えてみます.

●1351 Re4 Re3の誤りの訂正 mike - 2005/12/15 17:43 -
>なお、「一晩走らせた」固有値は(水素分子のエネルギーが-1.17auですので、
>1個の電子のエネルギーはその1/2で)-0.585auですから、2割ぐらいずれていますが、
>今の空間分解能ではこのぐらいの精度しか得られないと思います。
E[i]は軌道エネルギーであり、その和は全エネルギーではないので、上記は誤りです。
No.518の水素分子のアプレットの説明のように、
全エネルギーはEtot = 1/|R0-R1|+ΣEi +∫(-0.5VH-0.25Vx+ec-Vc)ρ(r)dr から求めます。
(このアプレットでは全エネルギーはほぼ正しい値が得られています)
したがって、No.568の評価も全エネルギーを5で割った値と-1.17auを比較するのが良いと考えます。
つつしんで、訂正いたします。

●1350 Re3 数値のモニター値が異なる mike - 2005/12/14 18:27 -
M20b2.2@大津市さん、こんにちは。

>今は数値をモニターしやすいように,sdstateに一定値
>を入れているだけです.だからといって,プログラムが
>正しく動作しないと言うことはないと思います.
残念ながら、そうではありません。
2つの状態sdstate[istate][][][]とsdstate[ist][][][]の内積s==1というのは
2つのベクトルが等しいことを表しており、これから2つの直交したベクトルは
作ることができません。
Gram-Schmidtの直交化のアルゴリズムを調べられることをお勧めします。

>ぜひ,確認して戴けませんでしょうか.単にハードウェアと
>JAVAのバージョンの相性の問題かも知れませんし,JAVAにバグが
>あるのかも知れません.そのあたりも確認したいと思っております
プログラムの検証はむずかしい課題だと考えます。
通常、アルゴリズムの検証と、解が既知のものを解いてみることが行われます。
本件のSD法(Gram-Schmidtの直交化を含む)の検証は
No.510(1次元、井戸型),No.512(2次元、調和振動子),No.513(3次元、水素原子)に
示されているように、求められた固有値と固有関数は計算精度の範囲内で
正しい結果を与えています。

>1349 定常解は?
についてですが、これは原子核が刻々と動くため、定常解には到達しないと思われます。
むしろ、上記のような定常解があり、解が既知の問題で検証すべきだと考えます。

なお、「一晩走らせた」固有値は(水素分子のエネルギーが-1.17auですので、
1個の電子のエネルギーはその1/2で)-0.585auですから、2割ぐらいずれていますが、
今の空間分解能ではこのぐらいの精度しか得られないと思います。

また、javaの仮想マシンVMは SUNの純正であればOSに無関係と思います。

●1349 定常解は? M20b2.2@大津市 - 2005/12/14 08:01 -
mike様

お早うございます.

それでは定常解がどうなるのか確認させて戴けますでしょうか.

こちらのマシンでjavaをコンパイルし,一晩走らせておりました
ところ

E[0]=-0.4749...
E[1]=-0.4592...
E[2]=-0.4455...
E[3]=-0.4429...
E[4]=-0.4338..
E[5]=-0.0765...

のようになってます.

そちらのマシンではどのような値に収束しますで
しょうか?

コンパイラーやハードウェアによって,これらの
値が異なるのかどうか確認したいので,ぜひ,正解を
教えてください.

よろしくお願いいたします.

●1348 れ:Re 数値のモニター値が異なる M20b2.2@大津市 - 2005/12/13 18:55 -
mike様

早速のご返答有難うございます.

が,私がお訊きしたかったのは,プログラムが正常に
動いているかどうかと言うことです.

今は数値をモニターしやすいように,sdstateに一定値
を入れているだけです.だからといって,プログラムが
正しく動作しないと言うことはないと思います.

ぜひ,確認して戴けませんでしょうか.単にハードウェアと
JAVAのバージョンの相性の問題かも知れませんし,JAVAにバグが
あるのかも知れません.そのあたりも確認したいと思っております.

ご面倒とは思いますが,是非ともご確認をお願いいたします.

●1347 Re 数値のモニター値が異なる mike - 2005/12/13 18:26 -
M20b2.2@大津市さん、こんにちは。

さっそくですが、Gram-Schmidtは独立したベクトルの組みから正規直交ベクトルの組みを作るものですから
はじめの状態sdstate[ist][][][]は1次独立である必要があります。
一定値を入れると、独立でなくなると考えられます。

●1346 つづき M20b2.2@大津市 - 2005/12/13 09:54 -
ちなみにプログラムは以下のように tmp1~tmp5を加えて,
これを表示するように変更しています.

/* ----------------- Gram-Schmidt --------- */

void GramSchmidt(int stateMax) {
int i,j,k,ist,istate;
double s;

normalize(sdState[0]);

tmp4=sdState[1][2][2][2];
tmp3=sdState[0][2][2][2];

for (istate=1; istate<stateMax; istate++) {
for (ist=0; ist<istate; ist++) {
s = innerProduct(sdState[ist],sdState[istate]);

if(istate == 1 && ist == 0) tmp5=s;

for (i=1; i<NNx-1; i++) {
for (j=1; j<NNy-1; j++) {
for (k=1; k<NNz-1; k++) {
sdState[istate][i][j][k] -= s*sdState[ist][i][j][k];
}
}
}
}
tmp2=sdState[1][2][2][2];
tmp1=sdState[0][2][2][2];

normalize(sdState[istate]);
}
}

以上,よろしくお願いいたします.

●1345 数値のモニター値が異なる M20b2.2@大津市 - 2005/12/13 09:53 -
mike様

お世話になっております.

さて,何とか(568)のjavaプログラムをfortran に書き換えておりますが,
一箇所,javaのプログラムの中で変な動きをするところがありますので,
ご意見を戴ければ幸いです.

Gram-Schmidt の計算のところで

for (istate=1; istate<stateMax; istate++) {
for (ist=0; ist<istate; ist++) {
s = innerProduct(sdState[ist],sdState[istate]);
for (i=1; i<NNx-1; i++) {
for (j=1; j<NNy-1; j++) {
for (k=1; k<NNz-1; k++) {
sdState[istate][i][j][k] -= s*sdState[ist][i][j][k];
}
}
}

というプログラムがあります.fortranとの解を比較するために
数値をモニターしているのですが,例えば sdState[1][2][2][2]
の値が変なのです.

まず,数値をモニターするために乱数を使わずに,initSD のところで
sdState[ist][i][j][k] = 0.2-0.5;

とし,次にSDの中の繰り返し数を以下のように1に設定しました.
SD(Norbit, vv, 1, 0.035);

このようにして,上記の Gram-Schmidt の中で,1ステップ後の
sdState[1][2][2][2] がどうなるかを見てみました.

まず,このループに入る前の値は
sdState[1][2][2][2]= -0.0068129655
sdState[0][2][2][2]= -0.0068129655
です.
また,istate=1, ist = 0のとき s=1.0 です.
ということは
sdState[1][2][2][2] = sdState[1][2][2][2]-s*sdState[0][2][2][2] = 0
と0になるべきなのですが,
sdState[1][2][2][2] = -0.0069249463
となってしまっています.

 これはどうしてなのでしょうか.そちらの計算ではどうでしょうか.
ぜひ,ご教授戴ければ幸いです.

●1344 アプレット追加 mike - 2005/12/11 16:20 -
アプレット追加しました。
(861) tetra sand D3D 四面体の砂
(862) icosa sand D3D 星の砂

●1343 アプレット追加 mike - 2005/12/10 16:27 -
アプレット追加しました。
(859) bounding ball PD3D 跳ねるボール
(860) rolling cone PD3D 転がる円錐

●1342 アプレット追加 mike - 2005/12/04 17:17 -
アプレット追加しました。
(857) spinning top D3D 回転するコマ
(858) spinning top PD3D 回転するコマ(周期的境界条件)

●1341 アプレット追加 mike - 2005/12/03 15:30 -
アプレット追加しました。 (855) water 1mm SPH3D 水の粒子法(h=1mm、3次元)
(856) water 1mm PSPH3D 水の粒子法(h=1mm、3次元、周期的境界条件)

●1340 アプレット追加 mike - 2005/11/27 16:00 -
アプレット追加しました。
(853) water 1cm SPHQ2D 水の粒子法(h=1cm、準2次元)
(854) water 1cm PSPHQ2D 水の粒子法(h=1cm、準2次元、周期的境界条件)

●1339 アプレット追加 mike - 2005/11/26 17:45 -
アプレット追加しました。
(851) water 1cm SPH3D 水の粒子法(h=1cm、3次元)
(852) water 1cm PSPH3D 水の粒子法(h=1cm、3次元、周期的境界条件)

●1338 バグフィックス mike - 2005/11/23 18:33 -
バグフィックス(エネルギーの計算に誤りがあり訂正)しました。
(451) phase QED1D 波動関数の位相 ver 0.0.2

●1337 アプレット追加 mike - 2005/11/20 16:05 -
アプレット追加しました。
(849) template MCQ1D モンテカルロ直接法(準1次元)
(850) template PMCQ1D モンテカルロ直接法(準1次元、周期的境界条件)

●1336 アプレット追加 mike - 2005/11/19 16:05 -
アプレット追加しました。
(847) template MCQ2D モンテカルロ直接法(準2次元)
(848) template MCQ2D モンテカルロ直接法(準2次元、周期的境界条件)

●1335 Re2 javaが動作しない M20b2.2@大津市 - 2005/11/18 18:44 -
mike様

早速のご回答有難うございました.実はご指摘の
方法は既に試しておりまして

>javac H2inTheBoxFPMD.java -Xlint:deprecation -target 1.1

javac: ターゲットリリース 1.1 がデフォルトのソースリリース 1.5 と競合しています。

という悲しい結果が出てきました.

何とかこちらの方で解決をはかってみます.
有難うございました.

●1334 Re javaが動作しない mike - 2005/11/18 18:32 -
M20b2.2@大津市さん、こんにちは。

>何とかjavacでコンパイルはできましたが,動作しません.
javacでコンパイルできたのであれば、ソースコードに問題はないと考えられます。
問題は実行環境である可能性が高いと思います。

Webブラウザによっては、最新のjava1.4のクラスファイルを実行できないものがあります。
この場合、コマンドラインから
javac -target 1.1 ***.java
とすると、java1.1のオブジェクトが生成できます。

>どうすれば動作するようになりますでしょうか.
winのjava環境については、あまりよく知りませんので、
周囲の詳しい方にお尋ねください。

>そちらではWin上でコンパイルはされていないでしょうか.
一部のソースコードで試しただけですが、mac側のjavacを通ったコードは
win側でも問題なくコンパイルできていました。
ただ、上記のjavaのバージョンの違いでクラスファイルが実行できない問題は経験しています。
その時も、java1.1のクラスファイルは実行できました。

●1333 javaが動作しない M20b2.2@大津市 - 2005/11/18 10:35 -
mike様

何とかjavacでコンパイルはできましたが,動作しません.

IEでは
Error loading class: H2inTheBoxFPMD
java.lang.NoClassDefFoundError
java.lang.ClassNotFoundException: H2inTheBoxFPMD
at com/ms/vm/loader/URLClassLoader.loadClass
at com/ms/vm/loader/URLClassLoader.loadClass
at com/ms/applet/AppletPanel.securedClassLoad
at com/ms/applet/AppletPanel.processSentEvent
at com/ms/applet/AppletPanel.processSentEvent
at com/ms/applet/AppletPanel.run
at java/lang/Thread.run
というエラーがでます.

Netscape では
java.lang.UnsupportedClassVersionError: H2inTheBoxFPMD (Unsupported major.minor version 49.0)
at java.lang.ClassLoader.defineClass0(Native Method)
at java.lang.ClassLoader.defineClass(Unknown Source)
at java.security.SecureClassLoader.defineClass(Unknown Source)
at sun.applet.AppletClassLoader.findClass(Unknown Source)
at sun.plugin.security.PluginClassLoader.findClass(Unknown Source)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
at sun.applet.AppletClassLoader.loadClass(Unknown Source)
at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
at sun.applet.AppletClassLoader.loadCode(Unknown Source)
at sun.applet.AppletPanel.createApplet(Unknown Source)
at sun.plugin.AppletViewer.createApplet(Unknown Source)
at sun.applet.AppletPanel.runLoader(Unknown Source)
at sun.applet.AppletPanel.run(Unknown Source)
at java.lang.Thread.run(Unknown Source)
というエラーです.
どうすれば動作するようになりますでしょうか.

そちらではWin上でコンパイルはされていないで
しょうか.

●1332 Re4 javacでコンパイルできない M20b2.2@大津市 - 2005/11/18 07:55 -
mike様,お早うございます.

お陰様で,コンパイルできました.
有難うございました.

●1331 Re3 javacでコンパイルできない mike - 2005/11/17 19:21 -
M20b2.2@大津市さん、こんにちは。

早速ですが、お尋ねのところは
 mouseDragged()メソッド中の
if (dgXb==0 && dgYb==0) {
 dgXb = dgX; dgYb = dgY;
}
の部分でしょうか?
&& は && に変更すればよいと思います。

●1330 Re:Re javacでコンパイルできない M20b2.2@大津市 - 2005/11/17 19:02 -
mike様

どうも有り難うございました.変換したらコンパイルが
通るようになりました.

が,後4箇所,原形がわからないところがありました.
以下のところです.

if (dgXb==0 && dgYb==0) {

この部分でエラーが出ますが,どのようにすれば
よろしいでしょうか.お願いいたします.

●1329 noise

●1328 Re javacでコンパイルできない mike - 2005/11/17 18:23 -
M20b2.2@大津市さん、こんにちは。

>たぶんjavacのバージョンが合っていないのだと思いますが,何か良い方法はありますでしょうか.
>あるいは,< を <に置き換えればよろしいでしょうか.
おそらく、ご指摘の通り「< を <に置き換えれば」よいと思います。
(私はmacのXcodeに付属のテキストエディタでソースコードを書いているため、テキスト変換のとき
文字化けした可能性が考えられます)
もし、ダメな時は、状況を教えていただけると幸いです。

●1327 javacでコンパイルできない M20b2.2@大津市 - 2005/11/17 17:27 -
mike様

お世話になっております.また,質問で恐縮ですが,H2inTheBoxFPMD.java を javacでコンパイルしたところ
^
  H2inTheBoxFPMD.java:1078: ';' がありません。
  for (i=0; i<Nmt; i++) {
^
というようなエラーが出ます.たぶんjavacのバージョンが
合っていないのだと思いますが,何か良い方法はありますで
しょうか.

あるいは,< を<に置き換えればよろしいでしょうか.

●1326 Re FDTD法 大学院生 - 2005/11/16 20:44 -
お返事ありがとうございます。自分もまだまだ勉強不足のところがありますので、文献などを読んで勉強していこうと思います。

●1325 Re FDTD法 mike - 2005/11/16 18:39 -
大学院生さん、はじめまして。「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。
ご質問の
(1)三角格子の場合、フォトニック結晶のバンド計算をどのようにすればよいのか
(2)FDFD法において、周期境界条件のもとで、解が発散してしまう
ということですが、
残念ながら、私は、FDTD法の経験が浅く、上記の件について、有効な回答が、できそうもありません。
すみません。

●1324 FDTD法 大学院生 - 2005/11/15 21:22 -
初めまして、徳島大学の大学院生です。この度、FDTD法についてご教授願いたく、書き込みしました。
早速ですが、わたしはフォトニック結晶のバンド計算を行っておりますが、三角格子の場合、どのようにすればよいのか分かりませんでした。Chin-ping Yu and Hung-chun Chang,OPTICS EXPRESS ,Vol. 12, No. 7,1397にFDFD法ではありますが、周期境界条件が記載されており、同じようにしているのですが、界が発散してしまい、うまくいきません。何かお分かりでしたらお教え願えませんでしょうか?

●1323 アプレット追加 mike - 2005/11/13 16:33 -
アプレット追加しました。
(845) template DSMC3D モンテカルロ直接法(3次元)
(846) template PDSMC3D モンテカルロ直接法(3次元、周期的境界条件)

●1322 アプレット追加 mike - 2005/11/12 16:16 -
アプレット追加しました。
(843) template DSMC2D モンテカルロ直接法(2次元)
(844) template PDSMC2D モンテカルロ直接法(2次元、周期的境界条件)

●1321 Re 水素原子運動の積分法 M20b2.2@大津市 - 2005/11/09 08:16 -
mikeさま,いつも有難うございます.
「速度Verlet法」を勉強させていただきます.

●1320 Re 水素原子運動の積分法 mike - 2005/11/08 18:12 -
M20b2.2@大津市さん、こんにちは。 ご無沙汰しております。

さて、ご質問の部分は、DFTから各水素原子核に働く力(ffx[i]など)を評価した後、
速度Verlet法により、原子核の位置(xx[i],yy[i],zz[i])と速度(vx[i],vy[i],vz[i])の
時間発展を計算する部分です。
(速度Verlet法は時間積分法の1つで、エネルギーの保存性が良いと言われています)
手順としては、
 v = v + (F/m)*(dt/2)
 r = r + v*dt
 Fの計算(時間の中間の位置rで力を計算することで、精度を上げています)
 v = v + (F/m)*(dt/2)
で計算します。

「速度Verlet法」で検索されてはいかがでしょうか。
また、何でも書き込んでください。

●1319 水素原子運動の積分法 M20b2.2@大津市 - 2005/11/08 15:26 -
mike様

ご無沙汰しております.他の仕事で忙殺されておりましたが,
ようやくこちらの仕事を再開できるようになりました.

さて,まだ,水素原子のシミュレーション(568) のところにおりまして,現在,いただいたjavaのプログラムをfortranで組み立て
直しております.その方が勉強になると思いました.

そこで,お聞きしたいのですが1078行目あたりから

for (i=0; i<Nmt; i++) {
vx[i] += dtSIv2*ffx[i]/mm[i];
vy[i] += dtSIv2*ffy[i]/mm[i];
vz[i] += dtSIv2*ffz[i]/mm[i];
xx[i] += vx[i]*dtSI;
yy[i] += vy[i]*dtSI;
zz[i] += vz[i]*dtSI;
}
forceCalc();
for (i=0; i<Nmt; i++) {
vx[i] += dtSIv2*ffx[i]/mm[i];
vy[i] += dtSIv2*ffy[i]/mm[i];
vz[i] += dtSIv2*ffz[i]/mm[i];
}

という記述がありますが,vx,vy,vzを2回足し合わせていません
でしょうか.あるいは,時間刻み幅が半分なので,これは高精度の積分法なのでしょうか.ただ,その場合,xx,yy,zzを計算する
タイミングはどうなのか(forceCalcの前にある理由??)などと考えております.

この辺につきまして,ご教授戴けますと幸いです.

●1318 noise

●1317 バグフィックス mike - 2005/11/06 15:37 -
バグフィックス(ballの大きさに誤りがあり、訂正)しました。
(836) template MD3D 分子動力学のテンプレート ver 0.0.2
(837) template PMD3D 分子動力学のテンプレート(周期的境界条件) ver 0.0.2
(838) template MDQ2D 準2次元MDのテンプレート ver 0.0.2
(839) large MDQ2D 大きな準2次元MD ver 0.0.2
(840) explosion MDQ2D 爆発 ver 0.0.2

●1316 アプレット追加 mike - 2005/11/05 18:39 -
アプレット追加しました。
(841) template MDQ1D 準1次元MDのテンプレート
(842) explosion MDQ1D 爆発

●1315 アプレット追加 mike - 2005/10/30 16:14 -
アプレット追加しました。
(838) template MDQ2D 準2次元MDのテンプレート
(839) large MDQ2D 大きな準2次元MD
(840) explosion MDQ2D 爆発

●1314 アプレット追加 mike - 2005/10/29 17:53 -
アプレット追加しました。
(834) template MD2D 分子動力学のテンプレート
(835) template PMD2D 分子動力学のテンプレート(周期的境界条件)
(836) template MD3D 分子動力学のテンプレート
(837) template PMD3D 分子動力学のテンプレート(周期的境界条件)

いろいろな機能を追加したことによって、錯綜したコードを整理しました。
また、いくつかの新しい表示方法も取り入れました。

●1313 アプレット追加 mike - 2005/10/23 19:23 -
アプレット追加しました。
(833) oscillation PM2D プラズマの振動(2次元PM法)

●1312 アプレット追加 mike - 2005/10/22 18:33 -
アプレット追加しました。
(831) plasma PM1D プラズマ(1次元PM法)
(832) plasma PM2D プラズマ(2次元PM法)

●1311 アプレット追加 mike - 2005/10/16 19:55 -
アプレット追加しました。
(830) air gap FDTD2D C型-電磁石の空隙

●1310 アプレット追加 mike - 2005/10/15 17:57 -
アプレット追加しました。
(828) electro magnet FDTD2D 電磁石
(829) magnetic circuit FDTD2D 磁気回路

●1309 アプレット追加 mike - 2005/10/10 16:38 -
アプレット追加しました。
(825) weakly ionized DSP2D 弱電離プラズマ
(826) plasma DSP3D 希薄プラズマ(3次元モデル)
(827) ambipolar diffusion DSP3D プラズマの両極性拡散(3D)

●1308 アプレット追加 mike - 2005/10/09 15:52 -
アプレット追加しました。
(823) plasma DSP2D 希薄プラズマ(2次元モデル)
(824) ambipolar diffusion DSP2D プラズマの両極性拡散

●1307 アプレット追加 mike - 2005/10/08 18:30 -
アプレット追加しました。
(820) plasma DSP1D 希薄プラズマ(1次元モデル)
(821) ambipolar diffusion DSP1D 両極性拡散(1次元プラズマモデル)
(822) external field DSP1D 外部電場(1次元プラズマモデル)

●1306 アプレット追加 mike - 2005/10/02 18:24 -
アプレット追加しました。
(817) mixed gas DSMC3D 希薄な混合気体
(818) mixed gas PDSMC3D 希薄な混合気体(周期的境界条件)
(819) gas demixing DSMC3D 混合気体の分離

●1305 アプレット追加 mike - 2005/10/01 17:38 -
アプレット追加しました。
(815) kind of gas DSMC3D 希薄気体の種類
(816) kind of gas PDSMC3D 希薄気体の種類(周期的境界条件)

●1304 アプレット追加 mike - 2005/09/30 18:01 -
アプレット追加しました。
(813) mixed gas PDSMC2D 希薄な混合気体(周期的境界条件)
(814) gravity demixing DSMC2D 重力による混合気体の分離

●1303 バグフィックス mike - 2005/09/26 18:22 -
バグフィックス(collision()に誤りがあり訂正)しました。
(797) rarefied gas DSMC3D 希薄ガス(DSMC、3D)ver 0.0.2
(798) rarefied gas PDSMC3D 希薄ガス(DSMC、3D、周期的境界条件)ver 0.0.2
(799) jet DSMC3D 細孔からの希薄ガスの噴流(DSMC、3D)ver 0.0.2

●1302 アプレット追加 mike - 2005/09/25 19:12 -
アプレット追加しました。
(811) mixed gas DSMC2D 希薄な混合気体
(812) gas demixing DSMC2D 希薄な混合気体の分離

●1301 アプレットと過去ログの追加 mike - 2005/09/24 18:45 -
アプレット追加しました。
(809) kind of gas DSMC2D 希薄気体の種類
(810) gas mixing DSMC2D 希薄なガスの混合

また、BBS過去ログNo.1201-1300を追加しました。


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(created 2005.09.24, last updated 2006.07.13)
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