分子のおもちゃ箱 bbs 14 No.1401...1500 ( 2006.04.06 - 2006.07.29 )
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●1500 アプレット追加 mike - 2006/07/29 14:21 -
アプレット追加しました。
(986) fcc(111) plane PTBP 面心立方晶(111)面
(987) NTP fcc(111) PTBP 面心立方晶fcc(111)面(圧力一定)

●1499 Re^6 FSポテンシャルについて mike - 2006/07/29 14:17 -
ととろさん、こんにちは。

説明のない記号を用いて、すみません。

>>Aとは何を示す値でしょうか?
>オングストロームですね。
その通りです。

>Pcは何の値ですか?
PcはCauchy pressure で、次式で定義されます。
Pc = 1/2 (C12-C44)

●1498 すみません ととろ - 2006/07/29 13:55 -
オングストロームですね。
Pcは何の値ですか?

●1497 A? ととろ - 2006/07/29 13:51 -
Aとは何を示す値でしょうか?

●1496 noise

●1495 Re^3 FSポテンシャルについて mike - 2006/07/29 13:28 -
ととろさん、こんにちは。

失礼しました。問題点の所在を確認しました。
原論文を見ても「初心者のための分子動力学法」の記載に誤りはありません。
ととろさんのご指摘も正しいと考えられます。

ただし、ρi=Σφ(rij) (i≠j)であり、i原子の周りのj原子は反発項V(r)のために、現実には、
鉄の場合、rij〜2Aより小さくならないため、φ(rij)が負になることはないと考えられます。
換言すれば、このポテンシャルの表現は r<1.6A で破綻すると言えますね。

原論文によると、β(r-d)^3/dの項は、鉄とクロムについて、その小さなPcを補正するために
導入されたようです。

●1494 ?? ととろ - 2006/07/29 12:15 -
φ(r)=(r-d)^2+β(r-d)^3/d は(r≦d)
において、鉄の場合d=3.569745、β=1.8でr=1.5⇒(r≦d)として計算するとφ(r)=-0.187<0となりますが??
どこか間違ってますか?

●1493 Re 1492 FSポテンシャルについて mike - 2006/07/29 11:55 -
ととろさん、こんにちは。

>φ(r)=(r-d)^2+β(r-d)/dの式を鉄について用いていてます。
>このとき、r<1.6になると、ρ=?φ(r)<0となり
>F=sqrt(ρ)のルートの中が負になり値がなくなってしまうのですが
>これはどういうことなんでしょうか?

φ(r)=(r-d)^2+β(r-d)^3/d は(r≦d)に適用され、r>d では φ(r)=0ですね。
φ(r)は電子密度なので、負の値をとることはありません。

●1492 困ってます ととろ - 2006/07/29 11:23 -
始めまして。「初心者のための分子動力学方」という本でMDを勉強しております’ととろ’です。FSポテンシャルについておしえてほしいのですが、φ(r)=(r-d)^2+β(r-d)/dの式を鉄について用いていてます。このとき、r<1.6になると、ρ=?φ(r)<0となりF=sqrt(ρ)のルートの中が負になり値がなくなってしまうのですがこれはどういうことなんでしょうか?

●1491 バグフィックスとアプレット追加 mike - 2006/07/28 14:20 -
バグフィックス(コードに誤りがあり訂正)しました。
(983) Morse to TBP MCS Morse近似曲線(Metropolis,5変数)ver 0.0.2
アプレット追加しました。
(985) Ising model MCS イジング模型(2次元)

●1490 アプレット追加 mike - 2006/07/23 16:33 -
アプレット追加しました。
(983) Morse to TBP MCS Morse近似曲線(Metropolis,5変数)
(984) eigen value 1d MCS 固有値問題(Metropolis,10変数)

●1489 アプレット追加 mike - 2006/07/22 14:07 -
アプレット追加しました。
(981) LJ to Morse MCS LJ近似曲線(Metropolis,3変数)
(982) LJ to TBP MCS LJ近似曲線(Metropolis,5変数)

●1488 アプレット追加 mike - 2006/07/17 14:36 -
アプレット追加しました。
(979) Metropolis 1v MCS メトロポリス法(1変数)
(980) Metropolis 2v MCS メトロポリス法(2変数)

●1487 アプレット追加 mike - 2006/07/16 14:18 -
アプレット追加しました。
(977) NTP hcp(0001) PTBP 六方稠密晶hcp(0001)面(圧力一定)
(978) NTP crystal PTBP いろいろな結晶面(圧力一定)

●1486 アプレット追加 mike - 2006/07/15 13:46 -
アプレット追加しました。
(975) NTP fcc(100) PTBP 面心立方晶fcc(100)面(圧力一定)
(976) NTP bcc(110) PTBP 体心立方晶bcc(110)面(圧力一定)

●1485 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/07/14 17:49 -
バージョンアップしました。
(964) template TBP 強結合ポテンシャル(fcc,bcc,hcp)ver 0.0.4
(966) template PTBP 強結合ポテンシャル(periodic)ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(974) crystal plane PTBP いろいろな結晶面

●1484 バージョンアップ mike - 2006/07/12 18:16 -
バージョンアップ(hcp結晶を追加)しました。
(965) crystals TBP 2つの結晶(fcc,bcc,hcp)ver 0.0.2

●1483 バージョンアップ mike - 2006/07/11 19:49 -
バージョンアップ(hcp結晶を追加)しました。
(964) template TBP 強結合ポテンシャル(fcc,bcc)ver 0.0.3

●1482 アプレット追加 mike - 2006/07/09 13:51 -
アプレット追加しました。
(971) fcc(100) plane PTBP 面心立方晶(100)面
(972) bcc(110) plane PTBP 体心立方晶(110)面
(973) hcp(0001) plane PTBP 六方稠密晶(0001)面

>ももさん、
ご丁寧に、ありがとうございます。
また、ご遠慮なく、なんでも書き込んでください。
今後とも、よろしくお願いします。

>tomさん、
返信、ありがとうございます。
何でも、どんどん書き込んでください。
議論していきましょう。

●1481 円筒配置 tom - 2006/07/09 10:23 -
おはようございます!返信ありがとうございました。後はプログラムを構築する流れを検討していきたいと思います!またどんどん質問させていただきたいので今後もよろしくお願いいたします!

●1480 ありがとうございます もも - 2006/07/08 21:43 -
ご丁寧なご返答誠に感謝いたします。
自分なりにmikeさんの答えで少し、理解がしやすく
なったように思います。
ただ分極については少しまだはっきりとは理解できていない
ですが・・・勉強させていただきます。

また何か質問させていただくかも知れませんが
よろしくお願いします。

それとMDの結果楽しみに拝見させていただきます。
それでは失礼します。

●1479 アプレット追加 mike - 2006/07/08 14:30 -
アプレット追加しました。
(969) Mo powder TBP モリブデン粉末
(970) Mo transform TBP モリブデン結晶の変態

●1478 Re1476 水のポテンシャルについて mike - 2006/07/08 14:25 -
ももさん、はじめまして。

「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

>水にはたくさんのポテンシャル関数があると思うのですが
>剛体モデルと分極モデルでは何が違うのでしょうか?
残念ながら、私は水のポテンシャルの使用経験がほとんどなく、
有効な回答ができそうもありません。
以下、ご質問の方向と違っていたら、無視してください。

 一般的には、「剛体モデル」は、HとOの原子核の位置関係を固定して、
分子を剛体として扱い、並進と回転の自由度を考えることになると思います。
粗い近似では、水分子を1つの質点のように見なして、
分子間のポテンシャルをレナードジョーンズポテンシャルで表すこともあります。
この場合、分極による相互作用を平均化し、このポテンシャルに含めて考えます。

 「分極モデル」は、電気的に中性な分子間のポテンシャルに加え、
分極(+と-の部分電荷がある距離隔たった電気双極子)を陽に考慮します。
水溶液中のイオンの影響、水の多層表面吸着、タンパク質の折りたたみのような
水分子の分極がランダムな方向ではなく、方向性を持つような場合には
分極モデルが必要であると考えます。

●1477 Re1475 円筒配置 mike - 2006/07/08 14:04 -
tomさん、こんにちは。

>円筒配置にすることができました!!
説明が拙いので、ちゃんと伝わっているのか、
不安だったのですが、よかったです。

>私が今回やってみようと思うのは、エネルギー散逸系のモデルを表現しようと考えています。
>圧力と温度の制御をしないモデルなんですけど、エネルギー散逸系の考え方は
>NVEアンサンブルで構築していけばよいのでしょうか?
NVEアンサンブルは、本来、エネルギーの保存する系ですので、エネルギーの散逸を入れた系は、
統計力学的な意味では、NVEアンサンブルではないように思えます。
ただ、境界をのぞき、ニュートンの運動方程式によって、粒子の運動を追跡するという意味で
「NVEアンサンブル」(マイクロカノニカル)というのは、考えられると思います。
この場合は、境界において、人為的に、エネルギーの出入りを
コントロールする必要がありそうです。(厳密には平衡状態でなくなるかもしれませんが)

●1476 水のポテンシャルについて もも - 2006/07/08 09:27 -
はじめましてmikeさん。
ホームページ拝見させていただきました。
私は少しMDの計算をしているのですがmikeさんのような
結果を早く出したいと思いました。
ところで一つ教えてほしいことがあります。
水にはたくさんのポテンシャル関数があると思うのですが
剛体モデルと分極モデルでは何が違うのでしょうか?
突然の質問もうしわけございません。

●1475 円筒配置に成功いたしました!! tom - 2006/07/07 22:16 -
mikeさん、こんばんは!
円筒配置の方法を教わりまして、今日、円筒配置にすることができました!!私が今回やってみようと思うのは、エネルギー散逸系のモデルを表現しようと考えています。圧力と温度の制御をしないモデルなんですけど、エネルギー散逸系の考え方はNVEアンサンブルで構築していけばよいのでしょうか?

●1474 円筒の配置 mike - 2006/07/05 16:34 -
tomさん、こんにちは。

円筒配置には、いろいろな方法があると思いますが、たとえば、
(u,v)平面上で、横Lu、たてLvの長方形を横の端どうしを重ねて円筒にすると
(x,y,z)空間には、円筒の半径rとして(2πr=Lu)
v --> z
u = r θ  --> x = r cosθ , y = r sinθ
のようにすると、平面が円筒に写像されます。

●1473 初期配置について tom - 2006/07/04 23:58 -
こんばんわ!いつもいつもお世話になっております!現在、円筒になるように分子を配置したいと考えているのですが、どうやって配置すればよいのかわかりません(プログラム上で。C言語使ってます)。聞くところによると、まず、円筒の円周の長さと同じ長さの表面を作って、その後に、くるっと丸めると聞きました。もしよろしければ、考え方を教えていただけないでしょうか??

●1472 noise 

●1471 返信遅れました tom - 2006/07/02 23:20 -
ありがとうございます。もう一度、検討してみます!

●1470 アプレット追加 mike - 2006/07/02 14:08 -
アプレット追加しました。
(967) hcp table TBP 強結合ポテンシャル(hcp)
(968) Ni powder TBP ニッケル粉末

●1469 アプレット追加 mike - 2006/07/01 13:50 -
アプレット追加しました。
(965) crystals TBP 2種類の結晶(fcc,bcc)
(966) template PTBP 強結合ポテンシャル(periodic)

●1468 Si-H20間のポテンシャル mike - 2006/06/30 17:12 -
tomさん、こんにちは。

Si表面の疎水処理のモデルは、たいへん興味深いですね。
液浸リソグラフィーなど応用面でも重要なモデルだと思います。

united atomモデルの分子間ポテンシャルとして、LJポテンシャルを用いて、
表面エネルギーや接触角などは再現可能かと思います。
この場合、Si基盤は(特定の原子どうしをバネで結合した)フック固体で良いと考えます。

>Si-H2O間では、なにか新たなポテンシャルを導入すべきでしょうか?
そうですね。 Si基盤表面と水の相互作用を考えるとき、必要になりますね。
残念ながら、具体的なσとεの値は手元にありません。
未処理のSi基盤と水の接触角を再現するようにσとεの値を決めるという方法もありそうです。

また分子A,と分子Bの間のLJポテンシャルは次のように近似する場合があります。
σAB = (σA+σB)/2, εAB = Sqrt(εA*εB)

●1467 分子動力学モデルについて tom - 2006/06/29 20:28 -
Si表面に疎水処理分子を配置させて水分子との反応を見るというモデルです。疎水処理分子は、Si,CH2,CH3,Oで構成されております。疎水処理分子を配置した状態で水分子との相互作用を見ます。現時点での予定では、圧力、温度変化、エネルギーの変化を見たいと考えています。Si-H20間では、なにか新たなポテンシャルを導入すべきでしょうか?

●1466 Re レナードジョーンズポテンシャルについて mike - 2006/06/29 16:59 -
tomさん、こんにちは。 書き込み、ありがとうございます。

>今回少しお聞きしたいのは、si-si間のσとεです。
>参考文献や分子動力学の教科書を調べていたのですが、一向に見つかりません。
>もしよろしければ、値、もしくは参考図書などを教えていただけないでしょうか?

レナードジョーンズLJポテンシャルは、希ガスやメタン分子などの
ファンデルワールス力の分子間力を表すのに適しています。
Si-Si間の共有結合的なポテンシャルは、方向性があるため、LJのような
2体ポテンシャルで表すのが難しいためと考えられます。

経験的な分子動力学では、どのような対象(ガス、金属、半導体、イオン結晶、高分子)について、
どのような物性をシミュレートするかによって、使うポテンシャルを選択することになると思います。

どのようなことをされたいのでしょうか?

●1465 レナードジョーンズポテンシャルについて tom - 2006/06/28 20:12 -
前回、united modelのσやεについて質問させていただきまして、参考文献から値を得ることができました!今回少しお聞きしたいのは、si-si間のσとεです。参考文献や分子動力学の教科書を調べていたのですが、一向に見つかりません。もしよろしければ、値、もしくは参考図書などを教えていただけないでしょうか?

●1464 4周年、ありがとうございます mike - 2006/06/26 16:58 -
みなさま、
本日、2006年6月26日で、「分子のおもちゃ箱」は、公開より満4周年になります。
これまで続けてこられたのは、皆様から刺激を受け、見守られたことによると、深く感謝します。
これからも、がんばらず、あきらめず、続けていく所存ですので、よろしくお願いします。

●1463 アプレット追加 mike - 2006/06/25 15:49 -
アプレット追加しました。
(963) bcc crystals TBP 2種類のbcc結晶(TBP)
(964) template TBP 強結合ポテンシャル(fcc,bcc)

●1462 アプレット追加 mike - 2006/06/24 14:26 -
アプレット追加しました。
(961) bcc table TBP 強結合ポテンシャル(bcc、表引き)
(962) bcc trace TBP 強結合ポテンシャル(bcc、軌跡表示)

>tomさん
また、なんでも書き込んでください。
今後とも、よろしくお願いします。

●1461 始めまして分子動力学初心者です tom - 2006/06/24 00:28 -
ご返事ありがとうございます!ご指摘いただきましたunited atomモデルについて調べていきたいと思います。早速、下記のサイトを参考にさせていただきたいと思います。これからも、わからないことが多々あると思いますのでよろしくお願いいたします。

●1460 CH2間のポテンシャルパラメータ mike - 2006/06/23 16:57 -
tomさん、はじめまして。 書き込み、ありがとうございます。

>現在、レナードジョーンズポテンシャルを検討しているのですが、
>σやεの値がわかりません。たとえばCH2間やCH3間です。
>計算方法などがございましたら、教えていただけないでしょうか?
ご質問の内容からすると、高分子のポテンシャルを設定されるのでしょうか?
高分子は、その長い緩和時間のために、目的により、いくつかの粗視化レベルがあるようです。
ご質問は、CH2やCH3を1つの質点として考え、その間のポテンシャルを考える
united atomモデルのポテンシャルでしょうか?
残念ながら、私はこれらについて、経験がなく、適切な回答ができそうもありません。

名古屋大学の増渕先生が講義された第7回分子シミュレーション夏の学校のテキスト
「高分子の分子シミュレーション」
http://www.rheo.chem.tuat.ac.jp/files/MSsummertxt.pdf
の3.3 united atom モデルから
D. Rigby and R. J. Roe, J. Chem. Phys, 87, 7285 (1987)
に具体的なσやεの値があるようです。(私はこのpaperを見ていません)

●1459 始めまして分子動力学初心者です tom - 2006/06/22 21:19 -
始めまして!私、分子動力学を始めた初心者なのですが、
原子間ポテンシャルのパラメータの設定がまいちわかりません。
現在、レナードジョーンズポテンシャルを検討しているのですが、σやεの値がわかりません。たとえばCH2間やCH3間です。
計算方法などがございましたら、教えていただけないでしょうか?よろしくお願いいたします。

●1458 アプレット追加とバグフィックス mike - 2006/06/18 14:56 -
アプレット追加しました。
(960) fcc crystals TBP 2種類のfcc結晶(TBP)

バグフィックス(速度表示のバグを訂正)しました。
(956) bcc table fixed AFS 多体力項-固定FSポテンシャル(表引き)ver 0.0.2
(957) bcc trace fixed AFS 多体力項-固定FSポテンシャル(軌跡表示)ver 0.0.2

●1457 アプレット追加とバグフィックス mike - 2006/06/17 14:28 -
アプレット追加しました。
(958) fcc table TBP 強結合ポテンシャル(fcc、表引き)
(959) fcc trace TBP 強結合ポテンシャル(fcc、軌跡表示)

バグフィックス(速度表示のバグを訂正)しました。
(951) bcc metal AFS コア補正FSポテンシャルのbcc金属結晶 ver 0.0.2
(952) bcc metal PAFS コア補正FSポテンシャルのbcc金属結晶(周期的境界条件)ver 0.0.2
(953) bcc metal fixed AFS 多体力項-固定FSポテンシャル ver 0.0.2
(954) bcc metal TBP 強結合ポテンシャル(bcc)ver 0.0.2
(955) fcc metal TBP 強結合ポテンシャル(fcc)ver 0.0.2

●1456 アプレット追加 mike - 2006/06/11 14:39 -
アプレット追加しました。
(957) bcc trace FFS 多体力項-固定FSポテンシャル(軌跡表示)

●1455 アプレット追加 mike - 2006/06/10 14:49 -
アプレット追加しました。
(956) bcc metal FFS 多体力項-固定FSポテンシャル(表引き)

●1454 アプレット追加 mike - 2006/06/04 14:59 -
アプレット追加しました。
(954) bcc metal TBP 強結合ポテンシャル(bcc)
(955) fcc metal TBP 強結合ポテンシャル(fcc)

●1453 アプレット追加 mike - 2006/06/03 17:12 -
アプレット追加しました。
(953) bcc metal fixed AFS 多体力項-固定FSポテンシャル

●1452 Re^3 948流れのある箱 mike - 2006/05/30 20:21 -
minoさん、こんにちは。ご提案、ありがとうございます。

>さて、大事な質問ですが、非周期的境界条件(y方向、z方向)
>の壁上で固定した粒子群を考え、それらを固着粒子と呼ぶこと
>にします。固着粒子があると、vx0で流れている流体は固着
>粒子群によって散乱され、vx0→0に緩和するはずですね。
>そこで、x方向には(化学ポテンシャルの勾配をつけて)強制的に力をかけますと、
>固着粒子との摩擦と釣り合ったところで
>(流れがゆるやかであれば)、ポアズイユ流になるでしょう。
>そのポアズイユ流が実現したところでの速度分布は、MB分布と
>異なると言われています。それを出せますか?

アウトラインは理解できるのですが、シミュレーションするため、
明確にすべきことがあるように思えます。
自由粒子は外から仕事をされるので、系が定常状態を保つためには
「固着粒子」を通しての、熱的な散逸過程が必要になりそうです。
そのため、「固着粒子」をどのように扱うのか規定する必要がありそうです。

●1451 Re Re 948流れのある箱 mino - 2006/05/30 19:00 -
mikeさん、
失礼しました。説明にそう書いてありましたね!
それで結構です。

さて、大事な質問ですが、非周期的境界条件(y方向、z方向)
の壁上で固定した粒子群を考え、それらを固着粒子と呼ぶこと
にします。固着粒子があると、vx0で流れている流体は固着
粒子群によって散乱され、vx0→0に緩和するはずですね。
そこで、x方向には(化学ポテンシャルの勾配をつけて)強制的に力をかけますと、
固着粒子との摩擦と釣り合ったところで
(流れがゆるやかであれば)、ポアズイユ流になるでしょう。
そのポアズイユ流が実現したところでの速度分布は、MB分布と
異なると言われています。それを出せますか?

このような定常状態(平衡状態ではない)の研究は、現在
研究トピックの一つになっています。

●1450 noise

●1449 Re 948流れのある箱 mike - 2006/05/30 12:30 -
minoさん、こんにちは。 コメント、ありがとうございます。

>vx0がノンゼロの時、確かに全ての分子は
>x方向に流れています。(アニメーション上では。)
>しかしながら、velocity distribution をみると、vx0=0
>の場合と変わっていないようです。これは変に思いますが
>いかがでしょうか。
No.948のアプレットの下の説明のように、速度分布の速度は、
流れに乗った時の速度(粒子速度と平均流速の差)を表します。
つまり、平均速度vm(=(Σvi)/N)を引いた速度vi-vmで評価しています。
v-spaceの表示では生の速度でプロットしています。速度空間では、
vx0が大きくなるにつれ、xの正方向へ分布が移動し、青色の割合が
増加するのがわかります。

速度分布に用いる「速度」はマクロな流れを除去した後の速度を用いるのがよいと
思うのですが、いかがでしょうか?

●1448 948流れのある箱 mino - 2006/05/29 20:44 -
mikeさん、

お久しぶりです。1443で述べられている948流れのある箱
拝見しました。vx0がノンゼロの時、確かに全ての分子は
x方向に流れています。(アニメーション上では。)
しかしながら、velocity distribution をみると、vx0=0
の場合と変わっていないようです。これは変に思いますが
いかがでしょうか。

●1447 アプレット追加 mike - 2006/05/28 14:18 -
アプレット追加しました。
(952) bcc metal PAFS コア補正FSポテンシャルのbcc金属結晶(周期的境界条件)

●1446 アプレット追加 mike - 2006/05/27 14:48 -
アプレット追加しました。
(951) bcc metal AFS コア補正FSポテンシャルのbcc金属結晶

●1445 アプレット追加 mike - 2006/05/21 14:13 -
アプレット追加しました。
(950) Li ring TB リチウム原子の環(TB法)

●1444 アプレット追加 mike - 2006/05/20 15:28 -
アプレット追加しました。
(949) Li alignment TB リチウム原子の列(TB法)

●1443 アプレット追加 mike - 2006/05/14 15:05 -
アプレット追加しました。
(948) flow PMD3D 流れのある箱(周期的境界条件)

●1442 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/05/13 14:35 -
バージョンアップ(DOS表示の追加)しました。
(946) H alignment TB 水素原子の列(TB法)ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(947) H ring TB 水素原子の環(TB法)

●1441 アプレット追加 mike - 2006/05/07 14:17 -
アプレット追加しました。
(946) Hn alignment TB 水素原子の列(TB法)

●1440 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/05/06 16:38 -
バージョンアップ(表示の変更)しました。
(944) C4H6 Huckel ブタジエンのヒュッケル近似 ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(945) C6H6 Huckel ベンゼンのヒュッケル近似

●1439 バグフィックス mike - 2006/05/03 06:06 -
バグフィックス(rdf表示の訂正)しました。
(943) N-T-V box PMD3D 粒子数の変えられる箱(周期的境界条件)ver 0.0.2

●1438 バグフィックス mike - 2006/05/02 09:47 -
バグフィックス(rdf表示の訂正)しました。
(942) N-T-V box MD3D 粒子数の変えられる箱 ver 0.0.4

●1437 Re 1436 rdf mike - 2006/05/02 09:27 -
minoさん、こんにちは。 コメント、ありがとうございます。
お風邪だった由、予後お気おつけください。

>液体Arのrdfは、遠方(1nm強)で1に漸近する
>と思うのですが、距離とともに増大しています。これはどうしてでしょうか。。?
ご指摘、ありがとうございます。調べてみると、
ある距離にある粒子の度数(= 4πr^2 ρ g(r) )をそのまま表示していました。
これは、誤りですね。今のrdf表示のグラフの縦をr^2 で割ったものが
rdf(たて軸はarb. unit)になります。訂正させていただきます。

>あと、view を v-space にしても、何も出てこないようです。
>立方体の中に、赤や青の点が出てくるのですね?
原因は、MSのjava-VMの問題であると、考えられます。
(以前も「小さいballの表示が消える」という問題を経験しています。)
SUNのサイトからjavaをインストールすることで、解決できると思います。
ただ、MSのjava-VMでも表示できるように、プログラムを変え、
v-spaceの表示を少し大きいballに変更しようと思います。

●1436 rdf mino - 2006/05/01 22:35 -
942 で動径分布が見られるのは面白いですね。
Ar 10000分子を100K程度に冷やすと、first peak がちゃんと
見えるようになります。それも、平衡に達する前のかなり早い
時期に! とても興味深いです。

realになおすと直径5nm位のブロッブが出来ていますね。液滴です
ね。そこで質問なのですが、液体Arのrdfは、遠方(1nm強)で1に漸近する
と思うのですが、距離とともに増大しています。これはどうしてでしょうか。。?

あと、view を v-space にしても、何も出てこないようです。
立方体の中に、赤や青の点が出てくるのですね?

●1435 投稿者により削除

●1434 投稿者により削除

●1433 有難うございました mino - 2006/05/01 19:09 -
mikeさん、風邪でダウンしており、アクセスできませんでした。
御礼が遅れまして申し訳ありません。(942, 943)試させていただきます。

●1432 アプレット追加 mike - 2006/04/30 16:07 -
アプレット追加しました。
(944) Huckel LCAO-MO ブタジエンのヒュッケル近似

●1431 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/04/29 17:22 -
バージョンアップ(v-spaceの表示を追加)しました。
(942) N-T-V box MD3D 粒子数の変えられる箱 ver 0.0.3

アプレット追加しました。
(943) N-T-V box PMD3D 粒子数の変えられる箱(周期的境界条件)

●1430 バージョンアップ mike - 2006/04/26 18:13 -
バージョンアップしました。
(942) number of particles MD3D 粒子数の変えられる箱MD ver 0.0.2

断熱壁の反射条件を変更し、
エネルギーの出入なし v --> -v
から、
v0で動く弾性壁との衝突 v --> -(v-v0)
としました。

>minoさん、書き込み、ありがとうございます。
どうやら、壁の反射条件で、膨張時に温度が下がるようになりました。
ただ、壁の速度vWallは100m/sに固定したため、「準静的」とは言いがたく、
不可逆過程になっている可能性があります。
別途、壁にポテンシャル勾配を付ける方法も試みたいと思います。

●1429 なるほど、 mino@残業 - 2006/04/25 21:23 -
mikeさん、

>壁に垂直な方向で考えると、速度v0で後退している壁にvで
>衝突した粒子は 現行では、-vで跳ね返りますが、実際には
>-(v-v0)で跳ね返るように する必要があるように思います。

「瞬時」の意味がわかりました。そのように作っておられたの
ですね。改良、楽しみにしています。

●1428 Re 1427 断熱膨張 mike - 2006/04/25 20:32 -
minoさん、こんにちは。ご覧いただきありがとうございます。

ご質問につきまして:
説明もなく、分りにくくてすみません。
>1)mean distribution と count の違いは何か?
countは、各時間ステップごとに、速度を10m/s毎の区間で区切り、
全粒子の速度の度数分布としたものです。
mean distributionは上記の度数の100回の平均をとり、
この平均度数の総計を規格化したもので、Maxwell分布と比較できます。

>2)T は、どのように決めているか? 正確には、ボルツマン分布が
> 実現してはじめて(分布関数の指数の分母から)Tが定まると
> 思いますが, 緩和途中でもTを表示していますね?
Tは運動エネルギーから (1/2 m Σ vi^2)/N = 3/2 k T として、
系の温度を計算しています。正確にはコメントされている通りと思いますが、
便宜的に運動エネルギーの平均の指標として表示しています。

断熱膨張させても、ほとんど温度が下がらない問題について:
BBS1426で述べましたように、現行のアプレットにおいて、
壁で瞬時に跳ね返ると仮定していることが問題と考えられます。
壁に垂直な方向で考えると、速度v0で後退している壁にvで衝突した粒子は
現行では、-vで跳ね返りますが、実際には-(v-v0)で跳ね返るように
する必要があるように思います。
これは、壁にポテンシャル勾配を付ける方法で実現できると考えます。
この方法を試みようと思います。

●1427 おもしろいですね! mino - 2006/04/25 19:07 -
mikeさん、粒子数を変えられるようにしてくださって、
有難うございました.断熱圧縮時に、Tが設定温度からどんどん
大きくなっていくのがわかります. 質問ですが,

1)mean distribution と count の違いは何か?
2)T は、どのように決めているか? 正確には、ボルツマン分布が
  実現してはじめて(分布関数の指数の分母から)Tが定まると
  思いますが, 緩和途中でもTを表示していますね?

ご指摘の通り,断熱膨張のときには、意外なほど温度が下がりません.
(N=4000のケースで調べたのですが,)
V/V0をいきなり200%にしても、一秒あたり1Å以下で壁を動かして
いますから、粒子の平均速度より遥かに小さく,準静的過程といっても
いいと思うのですが。。念のため,10秒ごとにV/V0を1%ずつ変える
(一秒あたり0.1Å以下)ことをしても、有意な変化は無いようです。
…そうですね、壁のポテンシャルをソフト化しても、「準静的」度は
あまり違いないように思いますが…。

●1426 アプレット追加 mike - 2006/04/23 15:30 -
アプレット追加しました。
(942) number of particles MD3D 粒子数の変えられる箱MD

断熱膨張について:
このアプレットで、箱を膨張させても、期待に反し、断熱膨張による
温度の低下はほとんどありませんでした。No.422の場合と比べ、
粒子数を増やしても、改善されているとは言えません。
その理由について、考えてみました。

BBS 1416において、断熱膨張による気体の温度低下の説明として、
以下のように考えていました。
>気体が膨張するとき、温度が下がるのは、MD的に見ると次のように考えられます。
>膨張のマクロな流れがある時、追突した分子は、衝突前に感じるポテンシャルより、
>衝突後に感じるポテンシャルを弱く感じ、この衝突で運動エネルギーを失うことになります。
>本アプレットでは、分子数が少ないため、衝突の頻度が十分でないやめ、
>損失が起こり難いと考えられます。
もう一度、考え直してみて、考察が不十分だったことに気づきました。
以下に、その内容を記します。

(1)マクロな流れのエネルギーへの転換
膨張のマクロな流れがある時、追突した粒子は、衝突前に感じるポテンシャルより、
衝突後に感じるポテンシャルを弱く感じ、この衝突で運動エネルギーを失う。
同時に、追突された粒子は追突された方向に加速され、運動エネルギーを得る。
結局、一部のエネルギーが、ランダムな運動エネルギーから、流れのエネルギーに
変換されることになり、気体温度が低下する。
(2)壁との弾性衝突
マクロな流れを持った粒子束が、壁と弾性衝突して跳ね返されると、後から来る粒子と
衝突してランダムな運動エネルギーが増加(熱化)し温度が上昇する。
結局、全エネルギーは保存されるので、温度は低下しない。
(シミュレーションの温度低下は、粒子間の平均距離が増加したことによる
粒子(Ar)のポテンシャルエネルギーの変化分と考えられます)
(3)温度を下げるには?
断熱膨張でエネルギーを低下させるには、壁との衝突で粒子の運動エネルギーを
奪うことが必要です。このためには、壁にポテンシャル勾配を付けて、
壁を準静的(分子運動の速度に比べて十分に遅く)に後退させれば良いと考えます。
(シミュレーションで圧縮時に温度上昇が見られたのは、壁の移動により、
壁近くの粒子が壁近くに張り付いたようになり、壁にポテンシャル勾配を付けたのと
同じ効果が出たことによると考えられます)

●1425 Re 1424 定常状態熱力学 mike - 2006/04/23 15:25 -
minoさん、こんにちは。書き込み、ありがとうございます。

>球状星団というより、宇宙全体の星の分布ですね。星(重力多体
>系)は一様にならずに、フラクタル状に分布して、しかもいつも揺
>らいでいます。そういう変な平衡(?)状態でも、数学的にちゃ
>んと定義された分布が実現されるというわけですね。
そうですか。 球状星団の問題なら、MDのプログラムにおいて、
相互作用ポテンシャルを1/rとして、なんとかシミュレーションできる
範囲だと思ったものですから...。(粒子数が2桁ほど小さいですが)

>(2)は、「定常状態熱力学(steady state thermodynamics =
>SST)」で検索をかけると、情報が得られると思います。
検索してみました。
*定常状態熱力学 (SST) の現状と展望 www.gakushuin.ac.jp/~881791/d/0306.html
*田崎先生の「非平衡定常系の熱力学」www.gakushuin.ac.jp/~881791/gakkai_yokou/05Spring1.pdf
*”Steady state thermodynamics”、arXiv:cond-mat/0411052
が見つかりました。かなり深遠な理論のようですね。

●1424 こんばんは mino - 2006/04/23 01:12 -
mikeさん、今晩は。ME4.0は、体験版もありますので
自分でもいろいろ楽しめますが、製品版を購入するとなると、
何十万円もするようです。

>重力系とは、球状星団の速度分布のようなものでしょうか?
球状星団というより、宇宙全体の星の分布ですね。星(重力多体
系)は一様にならずに、フラクタル状に分布して、しかもいつも揺
らいでいます。そういう変な平衡(?)状態でも、数学的にちゃ
んと定義された分布が実現されるというわけですね。

(2)は、「定常状態熱力学(steady state thermodynamics =
SST)」で検索をかけると、情報が得られると思います。

●1423 アプレット追加ほか mike - 2006/04/22 14:41 -
アプレット追加しました。
(941) large MAC2D 大きな風洞

また、mikesRoomに「web上のフリーで読める雑誌」のブックマーク集を
追加しました。

●1422 ご紹介、ありがとうございます mike - 2006/04/21 18:43 -
minoさん、こんにちは。Material Explorerのご紹介、ありがとうございます。

>329拝見しました。重い粒子と軽い粒子を入れられるのが
>面白いですね。ミクロカノニカルにして、あとエネルギー分布
>が見れたら、私的にはもっと嬉しい所です。
速度とエネルギー分布は付け加えていきたいと思います。

Material Explorer 4.0のご紹介、ありがとうございました。
FUJITSUのMaterial Explorerのページで、新機能紹介ムービーがあり、
見てみました。取り入れたい表示方法などもあり、参考になりました。

だいぶ先になりそうですが、(2)は実際に試してみたいと思います。

>(1)でも、長距離相互作用(重力系など)では、ボルツマン分布とは違う、
>ベキ的な分布(レビ分布)になるはずで、それを見られたら楽しいですね!
重力系とは、球状星団の速度分布のようなものでしょうか?

●1421 Material Explorer 4.0 mino - 2006/04/21 01:38 -
mikeさん、今晩は。
329拝見しました。重い粒子と軽い粒子を入れられるのが
面白いですね。ミクロカノニカルにして、あとエネルギー分布
が見れたら、私的にはもっと嬉しい所です。日曜プログラマとい
う限られた時間で、これだけのアプレットを作れるなんて、とて
もうらやましいです。

ところで、本日実は富士通の本社に行って、ME4.0の体験講習を
受けてきました。7時間に渡る講習でしたが、とても楽しかったで
す。そこでわかったのは、(N,E,V), (N,T,V), (N,T,P) などの
アンサンブルで、さまざまなポテンシャルで、シュミレーション
が既に出来ていて、でもそれにもかかわらず、速度分布を見て、ボルツマン分布への近づき方を見る、という視点では作られていないことです。平衡状態と、そこからの揺らぎは、とてもよいようです。拡散定数など、水などでは実験との対比もあって、よく合っているそうです。

(2)の、定常状態の分布については、そこの技術者もとても
興味がありそうでしたが、非平衡が強すぎると大変大きなエネルギーが出現して、計算が破綻するので難しいということでした。
(1)でも、長距離相互作用(重力系など)では、ボルツマン分布とは違う、ベキ的な分布(レビ分布)になるはずで、それを見られたら楽しいですね!

●1420 ご提案、ありがとうございます mike - 2006/04/20 17:21 -
minoさん、こんにちは。ご提案、ありがとうございます。

>壁のポテンシャルとして、3次元の調和ポテンシャルを考えるのが一番簡単でしょうね?
2次元ですが、調和ポテンシャル(U=0.5*k*r^2)の例があります。
(329) motion in potential FM ポテンシャル中の運動
ただし、このアプレットでは、硬い壁も共存していて、だいぶイメージが異なるかもしれません。

>(1)粒子間ポテンシャルの相互作用レンジを変えられるようにする
いまは、ある長さで0となるカットオフ関数を使っています。カットオフの長さを変えると、
どんな影響があるかは興味深いですね。

>(2)周期的境界条件の箱にして、定常的な流れを作って、速度分布が
>Maxwell-Boltzman からどのようにずれるか(実は単なる平行移動ではないらしい)
上記のようなことは、はじめて、うかがいました。興味深いですね。
ただ、粒子数が少なく揺らぎが大きいため、Maxwell分布からの有意なずれを評価するには、
粒子数を多くするか、時間積分を非常に長くする必要がありそうです。

>(3)速度の2点関数<v(0, t)v(r, t)>と、自己相関関数
> <v(r, 0)v(r, t)> を観察したい
これらの統計量も表示できるように考えてみます。

いろいろあると思いますが、
まずは、アプレット内で、粒子数を変えられるものから作っていきたいと思います。
ただ、mikeは日曜プログラマなので、しばらく、時間をください。

●1419 それは楽しみです! mino - 2006/04/20 02:07 -
mikeさん、プログラムに手を入れてくださるとのこと、大変楽し
みです! 是非よろしくお願いします。 壁のポテンシャルとして、3次元の調和ポテンシャルを考えるのが一番簡単でしょうね?

できれば、
(1)粒子間ポテンシャルの相互作用レンジを変えられるようにする(たとえば湯川型にして、
短距離から長距離へパラメータ一つで指定する)
(2)周期的境界条件の箱にして、定常的な流れを作って、速度
分布がMaxwell-Boltzman からどのようにずれるか(実は単なる平
行移動ではないらしい)、
(3)速度の2点関数<v(0, t)v(r, t)>、自己相関関数
<v(r, 0)v(r, t)> を観察したい


など、夢が沢山あります(汗 自分で出来ればいいのでしょう
が、MDはかなり修行がいりそうですね。。 うまくいったら、
教えてください。

●1418 粒子数の変更 mike - 2006/04/19 16:38 -
minoさん、こんにちは。書き込み、ありがとうございます。

>粒子数を多くすれば、Tc (設定温度)から有意にずれる温
>度で平衡になるのですね。それは面白いですね!
>粒子数は、簡単に変えられますか?
このアプレットでは、残念ながら粒子数は固定です。しかし、
プログラム内では、比較的かんたんに粒子数を増やすことができます。
粒子数が増えると、動きが遅くなるため、今ぐらいの粒子数にしたのですが、
最近のPCは、だいぶ速くなったので、もっと増やしても良さそうです。
アプレット内で粒子数をかえられるようなものを作ってみたいと思います。
少し、時間をください。

また、壁で瞬時に跳ね返るより、ソフトなポテンシャルで跳ね返るように考えてみます。
壁が移動したとき、粒子へのエネルギーの授受が自然に行えるか、検討してみます。
ご意見をいただければ幸いです。

●1417 変わっているのですか! mino - 2006/04/18 21:01 -
そうですか、温度は変わっているのですね! 変化量が小さいから見えにくいだけの話で。
粒子数を多くすれば、Tc (設定温度)から有意にずれる温
度で平衡になるのですね。それは面白いですね! 粒子数は、簡
単に変えられますか?

●1416 Re 1415 adiabatic mike - 2006/04/18 12:59 -
minoさん、こんにちは。

ご意見、ありがとうございます。

>この場合、真にadiabatic なら同時に温度変化が起こるのですが、Tc (設定温度)のまま動きませんね。
>これを改良することは、可能でしょうか?
気体が膨張するとき、温度が下がるのは、MD的に見ると次のように考えられます。
膨張のマクロな流れがある時、追突した分子は、衝突前に感じるポテンシャルより、
衝突後に感じるポテンシャルを弱く感じ、この衝突で運動エネルギーを失うことになります。
本アプレットでは、分子数が少ないため、衝突の頻度が十分でないやめ、
損失が起こり難いと考えられます。
(V/Vmaxを小さくすると、マクロなPVTの式までは達しませんが、温度が上がります)
また、壁との衝突は瞬時に起こるとしているため、エネルギーの出入りはありません。

箱の大きさを十分大きくし、箱の寸法に比べて、平均自由行程を十分小さくすることで、
改良することができると考えます。いかがでしょうか?

●1415 adiabatic mino - 2006/04/18 11:52 -
お返事有難うございます。

>adiabaticのまま、V/Vmaxを調節すると、Vを変化させることは可能です。

この場合、真にadiabatic なら同時に温度変化が起こるのですが、Tc (設定温度)のまま動きませんね。これを改良することは、可能でしょうか?

>一案として、壁自体を構成する粒子数を中身の粒子数より十分多くし、
(あるいは、壁の粒子の温度をスケーリングして一定に保ち)
系全体を断熱過程として考えるのがMDらしく思えます。

そうですね、ただ大変そうですね。今度、高性能のパソコンを
買うので、自分でも考えてみたいと思います。

●1414 アプレット追加 mike - 2006/04/16 17:05 -
アプレット追加しました。
(939) wind tunnel RLG3D 風洞(3D)
(940) wall RLG3D 風洞内の壁(3D)

●1413 Re 1412 温度コントロールについて mike - 2006/04/16 17:17 -
minoさん、こんにちは。

ご意見、ありがとうございます。
>> v1 = v0 * sqrt(Tc/T)
>これも、リーズナブルに見えて、同様な「ゴマカシ」があると思うのです…。
>wall cont. で温度を制御するというのは、難しそうですね。
その通りだと思います。エネルギーの出入りを許すことが、断熱過程と比べ
「不自然」になる原因なのでしょうか。

>adiabatic で行い、温度変化は断熱膨張(断熱圧縮)でやるのがより単純だと思います。

>プログラムのadiabatic では、T を変えると、全粒子の速度が一
>律に変化しますが、そういうアルゴリズムにしないで、Vの変化か
>ら粒子系の運動エネルギーを変化させるように(より自然に近づ
>けるように)できませんか?
このアプレットは温度Tと体積Vを指定して(決定される)分子運動を追跡し、
速度分布を見るのが目的ですので、Tを変えるため、Vを変化させることは
むずかしいように思います。
adiabaticのまま、V/Vmaxを調節すると、Vを変化させることは可能です。

一案として、壁自体を構成する粒子数を中身の粒子数より十分多くし、
(あるいは、壁の粒子の温度をスケーリングして一定に保ち)
系全体を断熱過程として考えるのがMDらしく思えます。

●1412 おっしゃる通りだと思います mino - 2006/04/16 15:24 -
mikeさん、

仮想的に導入した自由度がカオスを持ったときに、それをランダ
ムノイズに置き換えてしまうというゴマカシを、能勢法でもやる
のだ、という話を聞いたことがあります(僕は素人なので思い違
いかもしれませんが…)。そういう意味で、(私が興味深いと考
える)緩和過程が、正しく見れなくなってしまう危険があると思
うのです。ですから、mikeさんのそもそもの立場である、「でき
るだけ自然に分子の動きを追いかける」ようなMDに、興味があり
ます。

> v1 = v0 * sqrt(Tc/T)

これも、リーズナブルに見えて、同様な「ゴマカシ」があると思うのです…。wall cont. で温度を制御するというのは、難しそうですね。adiabatic で行い、温度変化は断熱膨張(断熱圧縮)でやるのがより単純だと思います。

プログラムのadiabatic では、T を変えると、全粒子の速度が一
律に変化しますが、そういうアルゴリズムにしないで、Vの変化か
ら粒子系の運動エネルギーを変化させるように(より自然に近づ
けるように)できませんか?

●1411 投稿者により削除

●1410 温度コントロールについて mike - 2006/04/16 08:22 -
minoさん、こんにちは。

>温度を変える時のことをお聞きしてよろしいでしょうか。
温度コントロールのwall cont. の場合、分子の反射方向は、正反射の方向です。
反射した後の分子速度の絶対値v1は、反射する前の分子速度の絶対値v0から
  v1 = v0 * sqrt(Tc/T)
として計算しています。(ここで、Tは系の現在の温度、Tcは設定温度)

能勢法は、仮想的な自由度を導入することにより、カノニカルアンサンブルを実現する
優れた方法だと思います。ただ、1個の分子の動きという観点からは、
この仮想的な自由度のために、不自然さがあるように見えます。
分子動力学は、分子運動をニュートン力学で追いかけていくのが、本来的であり、
統計的な量は、分子運動の総計から計算するという考え方が底流にあるように思えます。

このアプレットを作成した頃(約2年前)は、上記のような考えが強く、
できるだけ自然に分子の動きを追いかけたくて、wall cont. のように
模擬的な電気炉(の比例制御)のような温度コントロール法としました。

しかしながら、現在では、あまり自然な動きにこだわらなくてもいいのではないかと
思えるようになりました。
これについて、ご意見をいただければ幸いです。

●1409 有難うございました mino - 2006/04/15 20:05 -
丁寧に教えて下さって有難うございます。
やや詳細に立ち入ってしまうのですが、温度を変える時のことをお聞きしてよろしいでしょうか。
たとえば、wall cont. の時に、温度を下げると、壁に衝突した
粒子は、壁にエネルギーとモメンタムを渡して速度を減じるわけですが、そうした緩和過程において、

・正反射則をそれでも使っている。
・壁にエネルギーを渡すとき、渡し方は適当な確率則に従う。

と考えてよろしいでしょうか。その場合、確率則はどのような
ものでしょうか。
それともちゃんとした方法(能勢法のようなもの)でやっておられるのですか。
またお時間のあるときにでも教えていただけたら幸いです。

●1408 アプレット追加 mike - 2006/04/15 18:18 -
アプレット追加しました。
(937) gravity RLG3D 重力のある空気箱(3D)
(938) vortex RLG3D 渦(3D)

●1407 Re はじめまして mike - 2006/04/13 19:20 -
minoさん、はじめまして。

「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

>adiabatic, t scale, wall cont. とありますが、何を表すか教えていただけますか。
解説もなしで、分りずらくて、すみません。
温度コントロールの選択として、adiabaticは、壁で粒子が正反射し、運動エネルギーは保存されます。
t scaleは壁ではadiabaticと同じですが、全粒子の平均温度(3/2 kT = 1/2 mv^2)が設定温度になるよう
調節されます。wall cont.は電気炉の温度調節と同じように、温度をモニターして、設定温度より
高ければ、壁でエネルギーを奪い(Boxの枠が黒色)、設定温度より低ければ壁でエネルギー与える
(Boxの枠が赤色)ことにより、温度をおよそ一定にする設定です。

>壁で、粒子が完全弾性散乱されるケースでのシュミレーションに興味があるのですが、 >どのように設定したらよろしいでしょうか。
adiabaticに設定すると、完全弾性散乱に該当すると考えられますが、散乱方向は正反射のみです。
コサイン則に従った散乱は、残念ながら用意していません。
(これは、散乱方向の決定にモンテカルロ的な要素が入るためです)

ご不明な点がありましたら、ご遠慮なく、何でもお尋ねください。
今後とも。よろしくお願いします。

●1406 はじめまして mino - 2006/04/13 16:29 - いつも楽しませていただいています。
Maxwell distribution FM3D ですが、容器壁の設定が
adiabatic, t scale, wall cont. とありますが、何を表すか教えていただけますか。壁で、粒子が完全弾性散乱されるケースでの
シュミレーションに興味があるのですが、どのように設定したらよろしいでしょうか。よろしくお願いします。

●1405 アプレット追加 mike - 2006/04/09 14:44 -
アプレット追加しました。
(935) template RLG3D 3次元-実数型-格子ガス法
(936) jet RLG3D 細孔からの噴流(3D)

●1404 アプレット追加 mike - 2006/04/08 17:52 -
アプレット追加しました。
(933) shock tube RLG2D 衝撃波管
(934) viscosity RLG2D 高粘度の流体

●1403 Re ソフトに関するお尋ね mike- 2006/04/07 18:55 -
澤田敏彦さん、こんにちは。

「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

>...どのようなソフトで計算なさっているのか是非教えて頂けませんか?
>フリーソフトでしょうか?
これらのシミュレーションは、すべて自作のプログラムです。
javaで書いております。ソースコードとともに、
topページのダウンロードからアプレットNo.の同じファイルを
ダウンロードして、ご覧いただけます。
***.java がソースコードです。
これらに関することで、不明なことがありましたら、何でもお尋ねください。

今後とも、よろしくお願いします。

●1402 ありがとうございます 澤田敏彦- 2006/04/07 09:58 -
こんにちは。
お忙しいところ、すばやく お返事くださいまして、ありがとうございます。mikeさんの計算科学テクニックは すごいですね。
教えて頂きたいことがあります。
分子動力学のコーナーで、
イオン結合のMDテンプレート
を拝見しました。どのような ソフトで計算なさっているのか是非教えて頂けませんか?フリーソフトでしょうか?

●1401 Re 教えてください mike- 2006/04/06 18:23 -
澤田敏彦さん、こんにちは。

書き込み、ありがとうございます。

>フリーソフトで、そういった膨大な初期構造を自動で作成できるソフト、もしくは
全構造を自動に発生させた後に分子力学法もしくはモンテカルロ法で安定構造を
絞ってくれるソフトをご存知でしょうか?

残念ながら、分子力学法のフリーソフトは調べたことがなく、知りません。
お役に立てず、すみません。


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(created 2006.04.06, last updated 2006.07.29)
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