分子のおもちゃ箱 bbs 15 No.1501...1600 ( 2006.07.29 - 2006.11.01 )
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●1600 お返事ありがとうございます タイソン - 2006/11/01 19:45 -
786番のプログラムを参考に勉強させていただきます。

●1599 Re 分子衝突についてなのですが mike - 2006/11/01 19:04 -
>モデルとなる系のハミルトニアンを計算させているのですが、
>運動エネルギーとポテンシャルエネルギーの和が
>衝突する前まで、一定なのですが、衝突したと同時に、
>ハミルトニアンが、ぐっとあがります。
>これは、物理現象としてあっている現象なのでしょうか?!
Siの位置を固定した条件は断熱系と考えられますので、
全エネルギーは保存するのではないでしょうか。
全エネルギーが上がるということは、固定Siのところで、
何らかの形でエネルギーの受け渡しが行われていると考えられます。

固定する代わりにSiの質量を非常に大きな値(たとえば1kg)にし、
速度を0にしておくと、近似的に固定した場合と等価になります。
(Siのエネルギーは全エネルギーに加えない)
これでも、同じような振る舞いをするかどうかチェックすると
いいかもしれません。

●1598 Re 722について mike - 2006/11/01 19:02 -
タイソンさん、こんにちは。

>722番目のプログラムで水の粘度を持たせていますか?
粘度は付けていますが、2次元なので、現実の粘性ではありません。

>持たせているならどの部分ですか?
changeCalc()の
 if (vr<0.0) {
  mu = ...;
  ...;
 }
の部分です。

>722番目のプログラムで水の関数の部分はどこからどこまでですか?
前にも書きましたが、722は密度など物性値を1にスケーリングしてあるため
見るのが難しいため、No.786の方が読みやすいと思います。
No.786では、setInitialCondition()の部分です。

●1597 分子衝突についてなのですが・・・・・ tom - 2006/11/01 13:57 -
こんにちは〜!お久しぶりです!
現在、水分子をクラスター状にして、固定壁であるsi分子へ衝突させてその挙動を見ております。今、モデルとなる系のハミルトニアンを計算させているのですが、運動エネルギーとポテンシャルエネルギーの和が
衝突する前まで、一定なのですが、衝突したと同時に、ハミルトニアンが、ぐっとあがります。これは、物理現象としてあっている現象なのでしょうか?!基本的な質問で申し訳ないです。よろしくお願いします〜。

●1596 722について タイソン - 2006/10/31 13:26 -
722番目のプログラムで水の関数の部分はどこからどこまでですか?

●1595 722について タイソン - 2006/10/30 20:24 -
722番目のプログラムで水の粘度を持たせていますか?
持たせているならどの部分ですか?

●1594 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2006/10/29 14:10 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1042) Morse AsyncMD2D モースポテンシャル分子動力学(非同期)ver 0.0.2
(1043) Morse AsyncPMD2D モースポテンシャル分子動力学(periodic, 非同期)ver 0.0.2

アプレット追加しました。
(1049) scatter AsyncFDTD2D 電磁波の散乱(非同期FDTD)
(1050) large AsyncFDTD2D 大きな電磁波の散乱(非同期FDTD)

●1593 アプレット追加 mike - 2006/10/28 14:24 -
アプレット追加しました。
(1047) water AsyncSPH2D 水(粒子法,非同期,h=1cm)
(1048) water AsyncPSPH2D 水(粒子法,非同期,h=1cm,peiodic)

●1592 Re3 プログラム mike - 2006/10/28 08:10 -
タイソンさん、こんにちは。

>722番目のプログラムで重力や浮力の記述はどの部分でしょうか?
重力は外力として与えています。(changeCalc()の中にあります)
浮力はSPH粒子の相互作用からもたらされるので、陽に与えていません。
本プログラムは計算に都合の良い1に近い値にスケーリングしていますので、
わかりにくいと思います。
SI単位系の数値を直接使うNo.786の方が読みやすいと思います。

>粘性係数や密度を変えれば液体を油として扱えるでしょうか?
扱えると思います。
ただ、精度を求めるなら、先に引用のMPSの方がいいと考えます。

●1591 返信ありがとうございます タイソン - 2006/10/27 19:16 -
722番目のプログラムで重力や浮力の記述はどの部分でしょうか?粘性係数や密度を変えれば液体を油として扱えるでしょうか?

●1590 Re プログラム mike - 2006/10/27 18:55 -
タイソンさん、こんにちは。

>大型タンクに...中空球を...油面上に浮かせ、...消火泡を...油面に落下させた時の
>タンク内の粒子の動きを表すプログラムを作っています。
>しかしJava、分子動力学シミュレーションの知識がなく一向にはかどりません。
>何かアドバイスを頂けないでしょうか?

ご相談のプログラムの、現在の形態がわかりませんので、
有効なコメントができるかどうか、あやしいのですが...。

まず、分子動力学は、対象とする大きさが数nm、時間がns程度ですので、
記されているような対象は扱えないと考えます。
流体と剛体が混在して、大変形を起こすような対象について、
「分子のおもちゃ箱」で扱った例としては 「No.751 おふろの排水」 があります。
これは、粒子法(SPH)と呼ばれる方法を用いています。

粒子法は越塚先生の粒子法(MPS法)のページから
http://www.nuclear.jp/usr/rohonbu/lab/mps/mps-j.html
いろいろな情報を入手できるようです。

●1589 追加 タイソン - 2006/10/27 15:29 -
ちなみにタンク内にうかせる油は油の密度をガソリン〜ナフサのような軽量分0.6〜0.7kg/m3と仮定としたものです。また泡消化剤はフッ素蛋白泡です。

●1588 プログラム タイソン - 2006/10/27 15:21 -
mikeさん、こんにちは。突然ですが直径30m、高さ24mの大型タンクに5cm径で2.5mm厚の中空球の石英ガラス(密度2.2g/cm3)を12層〜15層の厚みで油面上に浮かせ、単位時間単位面積あたり約0.5kg/(m2・sec)〜5.8 kg/(m2・sec)[平均2.9kg/(m2・sec)、標準偏差2.0kg/(m2・sec)]の消火泡を油面に落下させた時のタンク内の粒子の動きを表すプログラムを作っています。しかしJava、分子動力学シミュレーションの知識がなく一向にはかどりません。何かアドバイスを頂けないでしょうか?

●1587 mikeさんへ ペルー - 2006/10/24 13:36 -
mikeさん、ありがとうございました!
水素原子の拡散係数を調べたかったんで、別の方法で
やってみようと思います!
本当にありがとうございました!!

●1586 水素原子のポテンシャル mike - 2006/10/23 18:39 -
ペルーさん、はじめまして。

ご質問の水素原子のレナードジョーンズポテンシャルの値は、
わかりません。...というか、たぶん、どこにもないと思います。
水素原子どうしの場合、電子の移動を伴うため、古典的な意味の
ポテンシャルを考えるのが難しそうです。
水素分子になると、分子内は固く結合され、分子間にはファンデルワールス力
が働くため、レナードジョーンズポテンシャルが良い近似になります。

●1585 水素原子(h)のレナードジョーンズポテンシャルについて ペルー - 2006/10/23 16:32 -
水素原子(h)のレナードジョーンズポテンシャルの値が分かる方いらっしゃいませんか??教えていただきたいのですが、よろしくお願いいたします。

●1584 アプレット追加 mike - 2006/10/22 15:14 -
アプレット追加しました。
(1044) harmonics AsyncPIMC1D 1次元調和振動子(経路積分モンテカルロPIMC1D)
(1045) harmonics AsyncPIMC2D 2次元調和振動子(経路積分モンテカルロPIMC2D)
(1046) harmonics AsyncPIMC3D 3次元調和振動子(経路積分モンテカルロPIMC3D)

●1583 アプレット追加 mike - 2006/10/21 14:31 -
アプレット追加しました。
(1042) Morse AsyncMD2D モースポテンシャル分子動力学(非同期MD2D)
(1043) Morse AsyncPMD2D モースポテンシャル分子動力学(periodic, 非同期MD2D)

●1582 Re BrownianMotionについて mike - 2006/10/19 17:18 -
さるさん、こんにちは。

>double t = 0.0; /* time (s) */
>double dt = 25.0*1.0e-15; /* time division (s) */
>これは何を意味するのですか?
t = 0.0; は時刻で、t=0.0で初期化しています。
dt = 25.0*1.0e-15; は時間の刻み幅で、この時間毎に
粒子の位置、速度、力が計算されます。
粒子の速度は数100m/sなので、25.0*1.0-15秒の間に、約0.001nmほど
移動します。粒子(原子)の大きさは0.1nm程度で、なので、このくらいの
時間の刻みが必要になります。

>int dispSW = 0;
>int Nkind = 10;
>の変数SWとNkindはそれぞれ何ですか?
dispSW は青の粒子の表示(dispSW=1)と非表示(dispSW=0)の
切り替えスイッチです。
Nkind = 10; は粒子の種類の数で、分子データの表Molec[][]を
使うときに使います。

また、何でもお聞きください。

●1581 BrownianMotionについて さる - 2006/10/19 10:00 -
mikeさん、丁寧な解説ありがとうございます。
double t = 0.0; /* time (s) */
double dt = 25.0*1.0e-15; /* time division (s) */
これは何を意味するのですか?
dt = 25.0*1.0e-15というのは何のあたいですか?

int dispSW = 0;
int Nkind = 10;
の変数SWとNkindはそれぞれ何ですか?

●1580 Re Brownian motionのアプレットについて mike - 2006/10/18 20:00 -
さるさん、こんにちは。

さっそくですが、
>int Nmt = 36 + 1; /* number of molecules */
>int NN = Nmt + 1;
>の部分なんですが、なぜ36+1のような書き方をしているか分かりません。
>37ではだめなのでしょうか?
ご指摘のように int Nmt = 37と書いて問題ありません。
意図としては、青い粒子が36個と黄色の花粉の小粒1個のつもりです。

>また変数NmtとNNはそれぞれ 何を表しているのでしょうか?
Nmtは全粒子数NNは粒子の位置xx[]や速度vx[]、力ffx[]の配列の大きさです。
NN=Nmt+1としているのは、javaでは大きさNの配列は0からN-1の要素までなので、
Nの要素を使う可能性があったため、このようにしました。
(実際にはNの要素は未使用ですので、NN=Nmtとしていいです。)

>dispR,paintSize,wakuそれぞれどのような役割なのかが分かりません。
>特にpainSizeの変数の意味が分からないので教えていただけないでしょうか?
dispR = 10; は青の粒子の大きさのドット数、
atomSizeX = 20; は枠の幅が粒子の幅20個ぶんという意味です
paintSizeX = atomSizeX*dispR; は粒子の動ける範囲をドット数で表したものです。
wakuX = paintSizeX + dispR; は枠の幅にするため、1個の粒子の大きさを加えています。

このコードは、いま、見直してみると、わかりにくいですね。すみません。
ドキュメントもないので、わかりにくいところは、何でもお聞きください。

●1579 たびたび申し訳ありません さる - 2006/10/18 18:47 -
int dispR = 10   /* display molecular radious */
int paintSizeX = atomSizeX*dispR;
int paintSizeY = atomSizeY*dispR;
int wakuX = paintSizeX + dispR;
int wakuY = paintSizeY + dispR;
dispR,paintSize,wakuそれぞれどのような役割なのかが分かりません。特にpainSizeの変数の意味が分からないので教えていただけないでしょうか?

●1578 プログラムの記述について さる - 2006/10/18 18:40 -
初心者なので馬鹿な質問に思われると思うんですが
BrowniaMotionにある
int Nmt = 36 + 1; /* number of molecules */
int NN = Nmt + 1;
の部分なんですが、なぜ36+1のような書き方をしているか分かりません。37ではだめなのでしょうか?また変数NmtとNNはそれぞれ
何を表しているのでしょうか?

●1577 プログラムの書き方について さる - 2006/10/18 18:36 -
初歩的な質問でごめんなさい。BrownianMotionにある
int Nmt = 36 + 1; /* number of molecules */
int NN = Nmt + 1;
なんですが、なぜ36+1のような書き方をしているのか分かりません。37と書くと問題があるのでしょうか?あと変数のNmtNN

●1576 アプレット追加 mike - 2006/10/15 14:19 -
アプレット追加しました。
(1040) plane AsyncPFGMD 結晶面(非同期FGMD)
(1041) adatom AsyncPFGMD 結晶面上の吸着原子(非同期FGMD)

●1575 アプレット追加 mike - 2006/10/14 14:11 -
アプレット追加しました。
(1038) crystal AsyncFGMD 結晶(非同期FGMD)
(1038) crystal SyncFGMD 結晶(同期FGMD)

●1574 Re 軌道の占有について mike - 2006/10/11 20:56 -
こつぶさん、はじめまして。「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

>No.511のアプレットは失敗とのことになっていますが,そのソースコードを見させていただきました.
読み難いコードを見ていただき、汗顔の至りです。

>電子の識別を配列の番号で行って,ph[i][j][k][0],ph[i][j][k][1]のように個別に扱っていますが,
>それぞれの軌道(波動関数)に電子がいくつ入るのかについて教えていただきたいと思っております.
このアプレットでは、2つの異なる電子の波束が、2つの陽子の作るポテンシャル中で、
時間発展し、1つの波束が1個の電子を表しています。
(波束は、エネルギー損失後、空間部分が時間的に変化しなくなると定常状態の軌道に一致します)

>占有電子数に関しての制約は課しているのでしょうか?
>あるいはNo.511の手法では,各軌道に電子は1個のみしか入らないのでしょうか?
本アプレットでは1つの波束は(エネルギーが異なりますので)区別できるとして、
1個の電子として取り扱っています。
DFT-LDAでは、基底状態の各軌道にエネルギーの低い軌道から2個ずつ電子を入れていきますが、
時間的に変化する波束と定常状態の軌道が同じと見なせるかどうか、よくわかりません。

アプレット No.605をご覧いただくといいかも知れません。
mikeは、このあたりを完全に理解しているとはいいがたく、議論いただければ幸いです。

●1573 アプレットNo.511について こつぶ - 2006/10/11 19:06 -
mikeさん,はじめまして.大学にて密度汎関数法を勉強していますこつぶと申します.
TDDFTに興味を持っており,検索していたところこのサイトを見つけました.
No.511のアプレットは失敗とのことになっていますが,そのソースコードを見させていただきました.そこで,「軌道」に関しての質問があります.

電子の識別を配列の番号で行って,ph[i][j][k][0],ph[i][j][k][1]のように個別に扱っていますが,それぞれの軌道(波動関数)に電子がいくつ入るのかについて教えていただきたいと思っております.
水素分子の場合,1s軌道で共有結合をしていますので,その軌道に入る電子数は最大で2個ですが,ソースコード中でそのような占有電子数に関しての制約は課しているのでしょうか?あるいはNo.511の手法では,各軌道に電子は1個のみしか入らないのでしょうか?

宜しくお願い致します.

●1572 投稿者により削除

●1571 アプレット追加 mike - 2006/10/09 14:15 -
アプレット追加しました。
(1037) large FloatMAC2D 大きな風洞(単精度-非同期MAC2D)

●1570 アプレット追加 mike - 2006/10/08 15:19 -
アプレット追加しました。
(1035) H atom AsyncAllDMC 水素原子(非同期AllDMC)
(1036) H2 molecule AsyncAllDMC 水素分子(非同期AllDMC)

●1569 アプレット追加 mike - 2006/10/07 14:32 -
アプレット追加しました。
(1033) H atom AsyncDMC 水素原子(非同期DMC)
(1034) H2 molecule AsyncDMC 水素分子(非同期DMC)

●1568 バージョンアップ mike - 2006/10/07 08:47 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1028) wind tunnel AsyncMAC2D 風洞(非同期MAC2D)ver 0.0.2
(1029) wind tunnel SyncMAC2D 風洞(同期MAC2D)ver 0.0.2
(1030) wind tunnel FloatMAC2D 風洞(単精度-非同期MAC2D)ver 0.0.2
(1031) atom AsyncRSDFT 軽原子(非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.2
(1032) atom FloatRSDFT 軽原子(単精度-非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.2

●1567 バージョンアップ mike - 2006/10/06 18:43 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1024) template AsyncRLG2D 実数型格子ガス法(非同期マルチスレッド)ver 0.0.2
(1025) template SyncRLG2D 実数型格子ガス法(同期(通知)マルチスレッド)ver 0.0.2
(1026) template StealRLG2D 実数型格子ガス法(サイクルスティール)ver 0.0.2
(1027) template FloatRLG2D 実数型格子ガス法(非同期-単精度)ver 0.0.2

●1566 javaのエラーについて mike - 2006/10/04 17:39 -
猿橋篤さん、はじめまして。

ご質問の内容だけでは、可能性がたくさんあって、
残念ながら、原因を特定できそうにありません。
いくつかの可能性を挙げてみますと...

1)まず、「分子のおもちゃ箱」のBrownMotionなどは、
 ブラウザで動いて見えるでしょうか?
 動いて見えるなら、javaの実行時の環境は正常と考えられます。
2)javac によるコンパイル時にエラーは出ているでしょうか?
 エラーが出る場合は、コンパイル時のオプション、
 開発環境の設定などに問題があるように思えます。
3)コンパイルは正常に終わるが、実行時にエラーになる。
 (文面からは、この可能性が高そうです)
 アプレットの実行にはhtmlファイルとブラウザを使う方法と
 アプレットビュアーを使う方法があります。
 >java BrownMotion では実行できません。
 この辺りは、OSにより異なりますmikeはmacユーザーなので
 win環境に関してはわかりません。

上記は、全く見当違いの可能性もあります。問題が解決しない場合、
その状況が詳しくわかると、原因に迫れる場合もあります。

●1565 質問 猿橋篤 - 2006/10/04 13:27 -
BrownMotion(他のもそうですが)のソースをメモ帳に貼り付けて、コマンドプロンプトでコンパイルして実行したのですがエラーメッセージが出て実行できません。JAVA素人なので対策法が分かりません。教えていただけたませんでしょうか?

●1564 アプレット追加 mike - 2006/10/01 14:43 -
アプレット追加しました。
(1031) atom AsyncRSDFT 軽原子(非同期RS-DFT-LDA)

●1563 アプレット追加 mike - 2006/09/30 15:01 -
アプレット追加しました。
(1028) wind tunnel AsyncMAC2D 風洞(非同期MAC2D)
(1029) wind tunnel SyncMAC2D 風洞(同期MAC2D)
(1030) wind tunnel FloatMAC2D 風洞(単精度-非同期MAC2D)

●1562 アプレット追加 mike - 2006/09/24 14:03 -
アプレット追加しました。
(1026) cycle steal MT rlg2d サイクルスティール-マルチスレッド(rlg 2d)
(1027) float precision MT rlg2d 単精度計算-マルチスレッド(rlg 2d)

●1561 アプレット追加 mike - 2006/09/23 15:29 -
アプレット追加しました。
(1024) asynchronous MT rlg2d 非同期マルチスレッド(rlg 2d)
(1025) synchronous MT rlg2d 同期(通知)マルチスレッド(rlg 2d)

●1560 バージョンアップ mike - 2006/09/22 20:15 -
バージョンアップ(実行速度の改善)しました。
(906) wind tunnel MAC2D 風洞実験 ver 0.0.3

●1559 java仮想マシンについて mike - 2006/09/20 20:54 -
YOさん、こんにちは。

javaは、直接そのCPUのマシン語を実行するわけではなく、
仮想マシンVMによって解釈され、マシン語に翻訳され実行されます。
javaのプログラムは、javaコンパイラにより、仮想マシンが解釈可能な
バイトコードになります。このファイルはclassファイルとよばれます。

実際に実行されるとき、アプレット(のclassファイル)は、
ブラウザ(SafariやIEなど)を通してjavaのVMへ渡され、
VMでバイトコードが翻訳され、実行されます。

本来、javaのVMは、java言語を作ったSUNの規定した仕様で作られ、
配布されてきました。ところが、MSが独自の仕様の言語、VMを作ったため、
裁判となり、事実上SUNが勝訴し、以降、MSはjavaの改良はできなくなり、
また、winへの独自のjava VMも搭載しなくなりました。

このような事情のため、java VMが複数存在します。
MSのVMはSUNの仕様から外れているため、SUNの仕様に従ってアクセスする
SafariやFireFoxでは正常に動作しない場合があるのです。
SUNの純正VMなら、(IEも含め)すべてのブラウザで正常に動作すると思われます。

●1558 同じマックで YO - 2006/09/20 19:52 -
mikeさんへ
同じibookで,safariで開く場合には表示されず,internet explorerで開くと表示されるのです。同じibookですから,同じjavaを使っているのではないかと思うのですが・・・・・・???

●1557 Re No.1014のバグについて mike - 2006/09/20 18:42 -
YOさん、こんにちは。

バグのご報告、ありがとうございます。
ソフトの信頼性を上げるため、たいへん貴重な情報であり、助かります。

調べてみたのですが、残念ながら、
「原子間距離の統計表示が表示されないことがあります」という、
現象を再現できませんでした。見た範囲では正常に動作している
ように見えます。 次の使用環境:
Mac mini PowerPC G4 1.42GHz 512MB / Mac OS X 10.4.7 /
Safari 2.0.4 または FireFox 1.5.0.7 または IE 5.2.3
にてアプレットを動かしてみましたが、正常なように見えました。

1つの可能性ですが、お使いのiBookにインストールされている
java仮想マシンVMがSUNの純正のものでないことが考えられます。
IEのみ正常に動作するところから、MSのVMがインストールされている
可能性があります。この場合、SafariやFireFoxでは
正常に動作しない可能性があります。

●1556 バグのようです YO - 2006/09/19 21:05 -
お世話になっております。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示ver 0.0.5についてですが,原子間距離の統計表示が表示されないことがあります。
インターネットエクスプローラーで開くと表示されるのですが,サファリで開くと表示されません。
どういうことなのでしょう。疑問???

ぼくはエクスプローラーで開くので,問題はありません。

●1555 アプレット追加 mike - 2006/09/18 14:37 -
アプレット追加しました。
(1022) asynchronous MT md3d 非同期マルチスレッド(md 3d)
(1023) synchronous MT md3d 同期(通知)マルチスレッド(md 3d)

●1554 アプレット追加 mike - 2006/09/17 14:55 -
アプレット追加しました。
(1019) asynchonous multi-thread md2d 非同期マルチスレッド(md 2d)
(1020) synchonous multi-thread md2d 同期マルチスレッド(md 2d)
(1021) notice multi-thread md2d 通知マルチスレッド(md 2d)

>YOさん、
わざわざ、ご報告、ありがとうございます。
また、ご要望や、不具合がありましたら、書き込んでください。
今後とも、よろしくお願いします。

●1553 隣接原子の統計表示をありがとうございました YO - 2006/09/16 20:47 -
こんなに早くできるなんて,思いもよりませんでした。
どんどん修正や改良をして下さるので,驚きというか,ありがたいというか。
なんとも,形容のしようがありません。ありがとうございます。

隣接原子の統計表を利用して,いくつかサンプルをエクセルに書き写して,分析してみました。なに,簡単な分析です。配位数1のときどれが1番多くて,どれが2番目に多いか,という具合に順位をつけていき(rankを調べて),それをもとに,セルに色をつけただけです。それだけで,明確に配位数が6以下だと原子間距離が1〜1.1の間にあるものが多く,配位数が6より大きいと,原子間距離が0.9〜1.0のものが多い。これは,表面付近では原子間距離が平均的に大きいことの証拠です。
それから,配位数が10以上になると,原子間距離が1〜1.1のものが多くなっています。これは,ひょっとしたら,最隣接原子ではなく,最隣接原子と原子のすき間の向こうに見える第二近接原子との距離が,統計に含まれているのではないかという気がします。あるいは,内部の原子の振動が現われているのかもしれません。

これで,表面張力の原子論的な説明(エネルギーの考え方を使わない)の基礎的な証拠が得られたように思います。ありがとうございました。

●1552 アプレット追加 mike - 2006/09/16 15:15 -
アプレット追加しました。
(1017) segregation 2d KMC 偏析(2次元)
(1018) ink multi thread インク粒子の運動(マルチスレッド)

●1551 バージョンアップ mike - 2006/09/16 15:13 -
バージョンアップ(隣接原子の統計表示を追加)しました。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示 ver 0.0.5

viewからneighborを選択すると、配位数と原子間距離の統計表を表示します。
左の3D表示で、ballの色は配位数によって、青(0)から赤(12)に変化します。
左の表の( ) は配位数、0.8-の欄は0.8-0.9までの原子間距離を持った線の数です。

●1550 Re 表面張力について mike - 2006/09/16 08:35 -
YOさん、こんにちは。

アプレットの稼働のご報告、ありがとうございます。

>一見,赤も黄も緑も青も全部ランダムに現われているように見えます。...
>しかし,青のlineに注目すると,表面付近に現れる頻度がとても少ないように思います。
興味深い観察ですね。これを明確にするためにも、表面と内部の粒子について、
原子間距離の統計が必要になると思います。

>表面付近では原子間距離が固体の原子間距離の100〜120%で,もっぱら引力ばかりが働いて,
>斥力が働く頻度が少ないのではないでしょうか。これが,表面に張力が生じている原因ではないかと,
>思えるのですが,どうでしょうか。
上記が真だとして、以前に述べられていた表面張力の教科書の説明と比較して、
どちらが、より基本的なものであるかということは、私には難しくて、判りません.
いずれにしても、表面張力の理解を深めるため、このあたりの探求が重要であることは解ります。

>水銀の液滴はほとんど球状になるんですよ。
>感激しました。
>表面張力がはたらいている証拠です。
いいですね. やはり、形の認識はコンピュータでは難しく、人の感覚には遠くおよばないので、
可視化して表示することが大事だと思います。

●1549 液滴の形は YO - 2006/09/15 23:25 -
大切なことを書き落としました。
水銀の液滴はほとんど球状になるんですよ。
感激しました。
表面張力がはたらいている証拠です。

●1548 青のlineに注目する YO - 2006/09/15 23:21 -
バグがなくなって,順調に稼働しています。ありがとうございます。
いまは,2179個の粒子でシミュレートしています。
温度を270Kに設定して,いまは,340Kまで降下しています。だいたい3つの液滴が形成されています。1個の液滴に水銀原子が700個という計算になります。
そのスライス画像をlineだけを表示して見ています。
一見,赤も黄も緑も青も全部ランダムに現われているように見えます。赤のlineも液滴の中心部分に現われています。とくに少ないようには見えません。これは,原子が熱振動をしているのですから,mikeさんのおっしゃる通り当然です。しかし,青のlineに注目すると,表面付近に現れる頻度がとても少ないように思います。青というと,固体の原子の原子間距離の80%ですから,おそらく斥力が働いているはずです。その青のlineが現われないのですから,表面付近では原子間距離が固体の原子間距離の100〜120%で,もっぱら引力ばかりが働いて,斥力が働く頻度が少ないのではないでしょうか。これが,表面に張力が生じている原因ではないかと,思えるのですが,どうでしょうか。

●1547 バグフィックス mike - 2006/09/15 18:37 -
バグフィックスしました。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示 ver 0.0.4

●1546 Re 分子集団の断面アプレットのバグについて mike - 2006/09/15 17:06 -
YOさん、こんにちは。 バグレポート、ありがとうございます。

長時間の動作確認を行わないまま、アップしてしまいました。すみません。
バグの原因は、プログラム中で、近くにいる粒子を覚えておく表を作るのですが、
この表のスペースが狭すぎたのではないかと推定しています。
この部分を修正したものを後ほどアップしますので、これを使ってみてください。
さらに不具合があるようでしたら、お手数ですが、ご報告ください。

ibookG4をお使いのとのことですが、私もMacユーザーです。
Mac OSXには、Xcodeという、プログラム開発環境が付属していて、
それを用いて、java アプレットを作っています。

表面と内部の粒子の検出のため、配位数に関する統計につきましては、
残念ながら、改造できるようなプログラムの部品がなく、
最初から作ることになりますので、かなり時間がかかりそうです。
今は、アルゴリズムを考えています。気長にお待ちください。

また、分子集団の構造を観察するのに、ここが見にくい、
こんな表示があればいいと思うような見方がありましたら、
ご提案いだだければ幸いです。

●1545 最近接原子以外は表示されませんね YO - 2006/09/15 08:12 -
mikeさん
液滴の内部では,最近接原子以外の原子との間にlineが赤で表示されると,前々回のメールで書きましたが,そんなことはありませんね。lineとballの両方を表示している画面をみていて,ついうっかり勘違いしていまいました。(そそっかしくてすみません。赤は固体の原子間距離の1.2倍ですから,(原子の大きさより固体の原子間距離小さいはずはありません)最近接原子の向こうの原子との間にlineが表示されることはありません)
はじめにmikeさんが予想していた通りですね。<液体の原子は熱振動しているので,固体の原子間距離の1.2倍まではなれたり,0.8倍まで近づいたりしている。液滴の内部に赤のlineが表示される>
しかし,それでも,表面と内部に明らかな違いは見えないものかと,シミュレーションを観察しています。

●1544 止まってしまいました YO - 2006/09/15 01:41 -
mikeさんへ
水銀,2197個でシミュレーションを続けていたところ,時間が888psになったところで,画面が凍りついて,止まってしまいました。

●1543 水銀のシミュレーションありがとうございます YO - 2006/09/14 20:36 -
水銀のシミュレーションをしています。個数は,2197個それ以上だと,計算時間がかなりかかってしまいます。ibookG4を使っていますが,根気がいりますね。
ところで,計算の様子ですが,400Kで70ps時間計算をしたところです。スライスしたところを見ていると,表面に青がでることは稀なように思います。赤,黄色,緑が多いです。内部には,けっこう青が出ます。ぼくの予想ほど明確ではありませんでした。考えてみれば,最隣接原子だけでなければ,けっこう離れているわけですから,その間に赤色の線が出るのかもしれません。考え落としていました。

それにしても,すぐにプログラムを作り替えて下さることに感激しています。

●1542 バージョンアップ mike - 2006/09/13 18:19 -
バージョンアップ(Hgの追加と個数の選択を追加)しました。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面 ver 0.0.3

>YOさん、
あまりデバッグしていませんので、何か、不具合がありましたら、書き込みおねがいします。

配意数の統計に付きましては、改造できるようなプログラムの部品がなく、
最初から作ることになりますので、かなり時間がかかりそうです。

>tomさん、
また何でも書き込んでください。

(マルチレス、失礼します)

●1541 返信ありがとうございます tom - 2006/09/13 10:24 -
mikeさん、ありがとうございます!
イメージがなんとなくつかめた気がします。
引き続き勉強していきたいと思います。

●1540 水銀は楽しみです YO - 2006/09/12 21:06 -
返信をありがとうございます。
水銀のシミュレーションは楽しみです。表面張力が498dyne/cmですからね。水より強い。 やはり,アルゴンでの確認は無理ですか。やっぱり,ぼくの方は先入観で見ているから,そう見えただけなのでしょう。アルゴンでは表面張力が十分に現われていないのかもしれません。

平均の配位数が表面ではだいたい1/6ほど少なくなるでしょうから,おそらく表面近くにいる原子の検出ができると思います。原子の配位数を横軸にして,その原子の平均の隣接原子間距離を縦軸にしてグラフにすることができれば,表面では原子間距離が大きいことが証明できるように思います。

この表面張力(界面張力)のことを明確にすると,液体の圧力についても分ることがあるのではないかと思っています。(tomさんの書き込みを読みました)

●1539 Re 分子動力学での圧力について mike - 2006/09/12 18:52 -
tomさん、こんにちは。 書き込み、ありがとうございます。
シミュレーションの方、進んでいる由、なによりです。

>分子動力学で圧力を算出するときに、ビリアルの式を用いますが、
>分子動力学で算出される圧力の物理的な意味とは何でしょうか?
う〜ん。なかなか難しいですね。
既に、見られていると思いますが、北川先生の「初心者のための分子動力学法」の
p.27-29に、容器の圧力と原子の受けている力の関係が述べられています。

分子動力学で算出される圧力の物理的な意味は、上記で尽くされていると思いますが、
あえて、イメージとして言うと、
 P = (N/V)kT + (1/3V)Σ(Fi*ri)
上式の右辺第1項は理想気体の圧力で、第2項は粒子同士の力を及ぼし合うために生じる
圧力といったところでしょうか。
別の見方をすれば、粒子同士の結合のような内部エネルギーを蓄えた分、圧力が低くなる
と考えられます。
(あまり、明確なイメージが描けないのは、私自身、理解が不足していると思います)
もう少し、考えてみたいと思います。

●1538 Re3 表面張力について mike - 2006/09/12 18:50 -
入江洋一さん、こんにちは。

>水の表面張力が73dyne/cmなら,アルゴンは12dyne/cm。水の1/6しかありません。
>しかも,粒子数が少ない。
表面張力が大きい水銀を追加しようと思います。
(水は極性分子で、しかも水素結合を考慮する必要があるため、
本アプレットで用いているMorseポテンシャルでは表現できにくいため)
また、粒子数を増やせるように改造しようと思います。
しばらくお待ちください。
>「表面の方が平均の分子間距離が大きい」というぼくの予想を確かめようとして...
>「やっぱり」と思った次第です。
>しかし,ほかのみなさんには,どう見えるのでしょうか。
残念ながら、私には、明確には確認できませんでした。
明確にするには、定量的な統計が必要になると思います。
このためには、液滴の表面を検出する必要がありそうです。
先にも述べましたが、原子周りにいる原子数(配位数)が検出に使えると思います。
いかがでしょうか?

●1537 分子動力学での圧力について tom - 2006/09/12 11:13 -
mikeさん、お久しぶりです。
現在、着々とシミュレーションの方が進んでおります。
またもやお聞きしたいことがあるのですが、分子動力学で圧力を算出するときに、ビリアルの式を用いますが、分子動力学で算出される圧力の物理的な意味とは何でしょうか?一般には、単位面積当たりに働く力のことだと思うのですが、分子動力学から見た圧力というのがいまいちつかめなくて。よろしくお願いいたします。

●1536 やっぱり 入江洋一 - 2006/09/11 21:29 -
スライス表示を作っていただいて,ありがとうございました。
昨日から,ずっと観察しています。
水の表面張力が73dyne/cmなら,アルゴンは12dyne/cm。水の1/6しかありません。しかも,粒子数が少ない。当たり前かもしれませんが,液滴はけっして球とはいえません。
そんな液滴のスライスをずっと見ていました。
「表面の方が平均の分子間距離が大きい」というぼくの予想を確かめようとして見ていました。まあ,すごい先入観をもって見ていたわけですが,ぼくにはどうしても青は内部の方にたくさん現れる。赤は表面の方にたくさん現れるように見えます。
「やっぱり」と思った次第です。
しかし,ほかのみなさんには,どう見えるのでしょうか。

条件:アルゴン原子でadaibatic50Kに設定しました。(実際の温度は70Kくらい)あまり温度を下げると,粒子の配置換えが起きなくなって,これは固体状態ではないかなと思います。
時間は3100ps位まで待ちました。その結果,比較的大きな液滴ができました。表示は,厚さを一番小さくして,液滴の真ん中あたりを観察しました。

●1535 アプレット追加とバージョンアップ mike - 2006/09/10 16:54 -
アプレット追加しました。
(1015) hetero crystal growth 2d KMC 異種の結晶成長(2次元)
(1016) hetero crystal growth KMC 異種の結晶成長(3次元)

バージョンアップ(断面表示の改良)しました。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示 ver 0.0.2

●1534 Re 表面張力について mike - 2006/09/10 16:52 -
入江洋一さん、こんにちは。

>ところで,温度はadiabaticにして調整しているのですが,問題はありませんか。
そうですね。adiabaticはエネルギーが保存されますので、分子の動きは最も自然です。

>温度をアルゴンの融点より少し高い85Kに設定して...
液滴がnmオーダーで表面の曲率がきわめて小さいため、
蒸発速度が高くなり、沸点が低くなっている可能性があります。

>断面の中央部分は,向こう側の表面のlineが見えているのかもしれないと...
たしかに、断面のある厚さの部分のみが見えると便利ですね。
この表示を追加しようと思います。

●1533 断面の表示をありがとうございました。 入江洋一 - 2006/09/10 10:37 -
温度をアルゴンの融点より少し高い85Kに設定して,断面のlineだけを観察しましたが,液滴の内部と表面とでは分子間距離の分布に差異は見られませんでした。
赤いlineが表面から内部を通ってまた表面へ。まるで,液滴全体が振動しているようにも見えました。
断面の中央部分は,向こう側の表面のlineが見えているのかもしれないとも考え,ずっと奥まで断面をもって行き,最後の薄皮のように見える(分りますか?どう表現していいのか難しいのですが)部分,分子数個分しか見えないようにして,そのlineのようすも観察しました。しかし,それも,とくに赤が多いというわけではありませんでした。

結局,つぎのいくつかの選択肢が考えられます。
1 液滴の表面の分子間距離がとくに大きいという予想はまちがっている。
2 温度が適切ではなく。液滴の融点はもっと低く,表面張力が現われていない。
3 粒子数が十分ではなく,内部も表面の一部のようなもので,分子間距離に差異が出ない。

2については,もう少し観察を続けてみないと分りませんね。
ところで,温度はadiabaticにして調整しているのですが,問題はありませんか。

●1532 断面表示アプレットの追加 mike - 2006/09/09 13:45 -
断面表示アプレットを追加しました。

(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示
Morseポテンシャルを用いた分子動力学法により、稀ガスの分子集団の構造を調べます。
分子集団の断面はviewの深さdを調節することで、その深さの断面を見ることができます。
動いて見にくい場合は、start/stopボタンにより、進行を停止して見ることもできます。
原子間距離と固体の原子間距離の比により、線の色が、赤(1.2)-緑(1.0)-青(0.8)のように
連続的に変化するようにしています。

●1531 アプレット追加 mike - 2006/09/09 09:07 -
アプレット追加しました。
(1010) crystallization KMC 結晶化(3次元)
(1011) sintering 2d KMC 焼結(2次元)
(1012) fictive temperature 2d KMC ガラスの仮想温度(2次元)
(1013) fictive temperature KMC ガラスの仮想温度(3次元)

>入江洋一さん
分子間距離と断面表示のMDアプレットは、いま制作中です。
しばらく、お待ちください。

●1530 ありがとうございます 入江洋一 - 2006/09/08 21:02 -
ありがとうございます。

表面張力についての説明は,たいていの教科書では,内部の分子は四方八方から引っぱられているけれど,表面の分子は表面から内部に向かって引っぱられているために生じる。表面に出ていくにはその力に抗して出ていかなければならないから,表面が大きいとエネルギーも大きい。エネルギーを小さくする方向に自然は変化するから,結局,表面が小さくなろうとする。と言った説明が書いてあったりします。間違いではないのですが,表面張力という表面に沿った力の実在に,たいていの人が確信を持っていません。表面張力はその名前の通り,表面近くの分子がおたがいに引っ張り合う力(=張力)として実在しているものだと思います。その力の起源は<表面近くの分子の平均の分子間距離>が内部の平均の分子間距離よりい大きいことにあると思います。そのことがmaikeさんのシミュレーションで明快に説明できると思います。
斥力引力の色表示ですが,力がゼロのときには白,引力が大きくなるとだんだん濃い青に,斥力が大きくなるとだんだん濃い赤になるように表示できないでしょうか。そうすれば,内部ではほとんどの分子間を結ぶ線が白っぽく表示され,表面では青っぽく表示されるのではないかと思います。
これは,ぼくの予想ですが,当たるといいなあ。
すいません,勝手なことを書いています。

●1529 Re 液滴の断面を表示 mike - 2006/09/08 17:11 -
入江洋一さん、こんにちは。

>液滴の断面の表示はできませんか。もしできるようでしたら,
>次のような表示をしてもらえるといいと思うのですが。
>分子間距離がある大きさの範囲にある分子間の線(表示してある)の色を赤にする。
>例えば,固体の原子間距離の1.2倍から1.1倍の間とか。
断面の表示はできると思います。ただ、動いていては見にくいので、
運動を一時的に停止する機能も必要になると思います。

>こうすれば,ぼくの予想では、液滴の内部ではほとんど赤が点灯することはなく、
>表面付近でのみ赤い線が見られるのではないかと思うのですが、どうでしょうか。
時間平均としては、そうかもしれませんが、原子は、(0.1ps程度の周期で)
振動していると考えられます(液体の場合でも、速度分布はMaxwell分布ですので)。
このため、引力や斥力が働き、はげしく色が変化すると予想されます。

>もし、この2つのやり方で隣り合わせに表示することができたら、
>液滴の表面では分子間距離が少し大きめになっているために,
>いつも強めの引力が働いている。それが表面張力の正体だということが、分ると思うのです。
>できたら,ぜひやってみていただけないでしょうか。
ご要望のような、表示のできるアプレットを作ってみようと思います。
少し、時間がかかるかもしれませんが、気長にお待ちください。

一般には、表面張力は、液体の内部にいる分子が周囲のすべての分子から引っ張られているのに対し、
表面にいる分子が液体の側からのみ引っ張られるため、液体の内部へ向かう力が残ると説明されます。

●1528 液滴の断面を表示できないでしょうか 入江洋一 - 2006/09/07 23:47 -
(前回の投稿にミスがありましたので,再度投稿します)

丁寧な返信ありがとうございます。
モースポテンシャルの式を使って,グラフを描いてみました。レナードジョーンズポテンシャルとよく似ていますね。

液滴の表面付近では,分子間隔が大きくなっていることが,シミュレーションで分るといいなと思っています。「なかなか難しい」というお話ですが,次のようなことはできませんか。
液滴の断面の表示はできませんか。もしできるようでしたら,次のような表示をしてもらえるといいと思うのですが。
分子間距離がある大きさの範囲にある分子間の線(表示してある)の色を赤にする。例えば,固体の原子間距離の1.2倍から1.1倍の間とか。
こうすれば,ぼくの予想では,液滴の内部ではほとんど赤が点灯することはなく,表面付近でのみ赤い線が見られるのではないかと思うのですが,どうでしょうか。
それから,返信に書いておられましたように,線の色を引力か斥 力かで青から赤に変えてみるというのも面白いと思います。内部ではほとんど斥力も引力も働いていないのではないかと思います。だいたんな予想でしょうか。
もし,この2つのやり方で隣り合わせに表示することができたら,液滴の表面では分子間距離が少し大きめになっているために,いつも強めの引力が働いている。それが表面張力の正体だということが,分ると思うのです。
できたら,ぜひやってみていただけないでしょうか。

●1527 投稿者の依頼により削除

●1526 投稿者の依頼により削除

●1525 Re ポテンシャル mike - 2006/09/04 16:43 -
入江洋一さん、はじめまして。
「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

>粒子間の相互作用ポテンシャルはどんなものを使っているのですか?
(NO.359)物質の三態3Dのアプレットに用いているポテンシャルでしょうか?
このアプレットでは、モース型のポテンシャルを用いています。
本来なら、希ガスはレナードジョーンズ型のポテンシャルの方が良いと
思いますが、プログラム部品の共通化のため、このようにしました。
ポテンシャルの具体的なパラメータは、mike’s roomの
分子間ポテンシャル表をご覧ください。

>粒子間を結ぶラインは何を表示しているのですか?
>引力や斥力がはたらいていることを示しているのですか?
これは、粒子が近く(固体の原子間距離の1.2倍)のときに、
線を引くようにしています。目的は、結晶を作ったときに、
最近接原子のみ線を引いて、結晶を見やすくするためです。

ご指摘のように、引力や斥力がはたらいているとき色を変化させて
表示するのもいいかもしれません。

>液滴の表面と内部のそれぞれの平均の原子間距離や分布を知る手だてはありませんか?
液滴の表面と内部の原子をどうやって判定するかが、かなり難しそうに思います。
この判定が可能なら、あとは比較的簡単だと思います。
1つの可能性として、ある距離以下に存在する原子数で区別できるかも知れません。
いかがでしょうか?

●1524 ポテンシャルは? 入江洋一 - 2006/09/03 19:53 -
中学で理科を教えています。とくに希ガスが液滴になるシミュレーションを興味深く見せてもらっています。表面張力の生じる仕組みを調べています。とても参考になります。ところで質問です。粒子間の相互作用ポテンシャルはどんなものを使っているのですか?教えて下さい。それから,粒子間を結ぶラインは何を表示しているのですか?引力や斥力がはたらいていることを示しているのですか? 液滴の表面と内部のそれぞれの平均の原子間距離や分布を知る手だてはありませんか?

●1523 アプレット追加 mike - 2006/09/03 14:16 -
アプレット追加しました
(1008) crystal growth KMC 結晶成長(3次元)
(1009) crystallization 2d KMC 結晶化(2次元)

●1522 アプレット追加 mike - 2006/09/02 14:37 -
アプレット追加しました。
(1006) adatom faster KMC 吸着原子(さらに高速化)
(1007) crystal growth 2d KMC 結晶成長(2次元)

●1521 お知らせ mike - 2006/08/28 18:07 -
掲示板の一時避難

みなさま、
お気付きと思いますが、最近、不快な書き込みが頻繁になり、
このBBSをご利用のみなさまに、ご迷惑をおかけしておりました。

対策として、一時的に、このbbsを使わせていただくことにしました。
bbsの番号がずれて、引用のとき不便になりますが、ご了承ください。

よろしくお願いします。

●1520 アプレット追加 mike - 2006/08/27 14:23 -
アプレット追加しました。
(1004) gas in glass KMC ガラス中のガス(3d)
(1005) gas in glass 64x64x64 KMC ガラス中のガス(3d 64x64x64)

●1519 アプレット追加 mike - 2006/08/26 14:10 -
アプレット追加しました。
(1002) gas in glass 2d KMC ガラス中のガス(2d)
(1003) gas in glass 2d 64x64 KMC ガラス中のガス(2d 64x64)

●1518 アプレット追加 mike - 2006/08/20 15:09 -
アプレット追加しました。
(1000) sputtering PFGMD スパッタリング
(1001) adatom sputtering PFGMD 吸着原子のスパッタリング

また、これに伴い、アーカイブページ 10 を追加しました。

●1517 アプレット追加 mike - 2006/08/19 14:03 -
アプレット追加しました。
(998) adatom fast KMC 吸着原子(100x100 動的モンテカルロ法 高速化)
(999) adatom huge KMC 吸着原子(160x160 動的モンテカルロ法 高速化)

●1516 分子動力学の計算時間について tom - 2006/08/14 09:52 -
mikeさん、おはようございます。

わかりました!一度、1日で終わるようなプログラムを考えて、やってみたいと思います。素早い返信ありがとうございます。

●1515 アプレット追加 mike - 2006/08/13 14:11 -
アプレット追加しました。
(996) adatom KMC 吸着原子(動的モンテカルロ法)
(997) adatom large KMC 吸着原子(100x100 動的モンテカルロ法)

●1514 アプレット追加 mike - 2006/08/12 14:17 -
アプレット追加しました。
(994) adatom on crystal PFGMD 結晶の最密面上の吸着原子
(995) adatom Metropolis MCS 吸着原子の状態(Metropolis)

●1513 Re 1511 分子動力学の計算時間について mike - 2006/08/11 19:26 -
tomさん、こんにちは。

順調に進んでおられるようで、なによりです。

>そこで疑問に思ったのですが、計算時間はどのようにして設定されているのでしょうか??
一般的には、時間ステップは、(断熱系では)全エネルギーの保存が望む精度になるような
時間ステップとします。粒子の熱運動の速度は〜1000m/sぐらいで、原子のスケールは0.3nm
程度なので、1時間ステップの間にポテンシャルが大きく変化しないよう0.001nm動くとすると、
0.001nm/(1000m/s)〜10^-15s(=1 fs)程度の時間となります。
時間ステップを大きくすると、だんだんエネルギー保存の精度が落ちてきます。
さらに時間ステップを大きくすると、計算が破綻してしまいます。
また、時間積分の方法(ベルレ法、ルンゲクッタ法、ギア法など)によっても
異なると考えられます。

>ある現象の一部始終を再現したいのですが、
>どのようにして計算ステップ数を設定すればよいのかが分かりません。
計算ステップ数については、よくわかりません。
別の手段で、現象の継続時間が分っている場合は問題ないと思いますが、
一般的な方法はないように思えます。
まず、予備的に、1ステップにかかる時間を求めて、
1日程度で終わるステップ数にして、様子を見られてはどうでしょうか?

●1512 Re 1510 ガラス中のガスの拡散について mike - 2006/08/11 19:20 -
KITさん、こんにちは。わざわざ、ありがとうございます。

ガラス中のガスの拡散現象を比較的長い時間にわたって追跡する
(キネティック)モンテカルロ法のシミュレーションのアプレットを
作ってみたいと思います。気長にお待ちください。

●1511 分子動力学の計算時間について tom - 2006/08/11 10:18 -
お久しぶりです!おはようございます。
現在、モデルの初期配置を作成することができました。
そこで疑問に思ったのですが、計算時間はどのようにして設定されているのでしょうか??ある現象の一部始終を再現したいのですが、どのようにして計算ステップ数を設定すればよいのかが分かりません。

●1510 そうでした。。。 KIT - 2006/08/11 00:59 -
mikeさま。ご返事有り難うございます。
分子動力学で追いかけられる時間について、以前説明を受けましたが、
すっかり忘れていました。
素人質問で、すいません。また、遊びにきます。

●1509 アプレット追加 mike - 2006/08/06 14:07 -
アプレット追加しました。
(992) adatom on bcc(110) PFGMD 体心立方晶(110)面上の吸着原子
(993) adatom on hcp(0001) PFGMD 六方稠密晶(0001)面上の吸着原子

●1508 アプレット追加 mike - 2006/08/05 14:32 -
アプレット追加しました。
(990) Cs on Zr(0001) PFGMD ジルコニウム板上のセシウム
(991) adatom on fcc(111) PFGMD 面心立方晶(111)面上の吸着原子

●1507 Re1506 ガラスからのガスのぬけについて mike - 2006/08/04 16:49 -
KITさん、こんにちは。 お久しぶりです。

>ガラス中に水素のような原子量の小さいガスを入れておくと徐々に抜けていくという、
>うわさを聞きますが、その様子を見れるようなアプレットありますでしょうか?
そのものズバリのアプレットは、残念ながら、ありません。
ガスが抜けていく時間スケールはうん百時間のオーダーでしょうが、
分子動力学で追いかけられる時間はns程度です。この時間スケールでは、
分子の移動から拡散係数を見積もるぐらいしかできません。
(イメージは浮かびますが...)
もう少し、長いms程度までは、モンテカルロ法で追いかけることになります。
本題のような場合には、拡散係数が既知の連続体としてガラスを近似するのが
適当と考えます。以下に関係のありそうなアプレットを挙げておきます。
(195) silica glass with Na+ シリカガラス
(216) diffusion MCS 拡散現象のモンテカルロシミュレーション
(225) diffusion 1D with boundary conditions 1次元の拡散問題

●1506 お久しぶりです KIT - 2006/08/03 22:07 -
超々、久しぶりに書き込みさせて頂きます。
自分で探せばよいのですが、アプレット数が膨大ですので、質問させて下さい。

ガラス中に水素のような原子量の小さいガスを入れておくと徐々に抜けていくという、うわさを聞きますが、その様子を見れるようなアプレットありますでしょうか?

●1505 noise

●1504 アプレット追加 mike - 2006/07/30 14:20 -
アプレット追加しました。
(988) Ba on W Plate PTBP タングステン板上のバリウム
(989) Ba on Ir Plate PTBP イリジウム板上のバリウム

●1503 助かりました ととろ - 2006/07/29 17:08 -
わかりました。参考にさせていただきます。
有難うございました!!!!!

●1502 Re^8 FSポテンシャルについて mike - 2006/07/29 16:25 -
ととろさん、こんにちは。

>具体的な実験値や計算の手続きはわかりますか?

これらのことは、FinnisとSinclair 1)の原論文に出ていますので、そちらをご覧ください。
(実験値も記載されています)
ただし、パラメータの最適化は一意ではないため、このペーパーのみで、値の再構成はできません。
また、現在ではAckland 2)によるコア補正されたものを「FSポテンシャル」というのが一般的です。
1) M. W. Finnis and J. E. Sinclair ; Phil. Mag. A, Vol. 50, No. 1, p.45-55 (1984)
2) G. J. Ackland and R. Thetford ; Phil. Mag. A, Vol. 56, No. 1, p.15-30 (1987)

●1501 FSポテンシャルについて ととろ - 2006/07/29 15:32 -
「初心者のための分子動力学法」p59に平衡条件、凝集エネルギー、体積弾性率、コーシー圧力に適合するようにパラメータを決定するとありますが、具体的な実験値や計算の手続きはわかりますか?


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