分子のおもちゃ箱 bbs 16 No.1601...1700 ( 2006.11.01 - 2006.12.08 )
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●1700 ありがとうございます。 タイソン - 2006/12/08 17:46 -
早速のお返事ありがとうございます。

●1699 アプレット追加 mike - 2006/12/08 17:24 -
アプレット追加しました。
(1071) in water Mat-MtSW3D 水中の音の伝播(単精度、物質の表)

●1698 Re 786について mike - 2006/12/08 17:20 -
タイソンさん、こんにちは。

int dgX, dgY, dgXb, dgYb;
マウスドラッグされたとき、マウスのドラッグ終了点(dgX, dgY)と
 開始点(dgXb, dgYb)です。
double xShift = 0.0;
double yShift = 0.0;
 ドラッグされたために図を描く開始点がどれだけシフトしたか記憶する変数です。
int Nsx = 60;
int Nsy = 40;
 近くの粒子を見つけるため、全体をNsx x Nsyに区切り、セクションを作っています。

int section[][][] = new int[Nsx][Nsy][20];
 各セクションに入る粒子の番号を記憶するための配列です。
 ここでは、1つのセクションに20個の粒子まで登録することができます。

●1697 786について タイソン - 2006/12/08 16:48 -
int dgX, dgY, dgXb, dgYb;
double xShift = 0.0;
double yShift = 0.0;
int Nsx = 60;
int Nsy = 40;
はそれぞれ何の変数でしょうか?
また
int section[][][] = new int[Nsx][Nsy][20];
この配列は何を意味していますか?

●1696 削除

●1695 786 タイソン- 2006/12/08 10:28 -
返事ありがとうございます。引き続き勉強させていただきます。

●1694 Re アプレットNo.786について mike - 2006/12/08 06:46 -
タイソンさん、こんにちは。

** smoothed particle のところで
double kernel(double r, double h)は
 カーネルの重み関数W(r)です。
double dwwvdr(double r, double h)は
 W(r)をrで微分したdW/drです。
double d2wwvdr2(double r, double h)は
 W(r)をrで2階微分したd^2W/dr^2です。

** set global のところで
int incRate = 10;
 timeEvolution()においてtimeStep()の繰り返し数です。
 1回の表示ごとにincRate回timeStep()を繰り返します。
double scale = 1.0;
 表示のスケールの倍率です。
double hh0 = 0.01;
 SPH粒子の半径で、1cm(=0.01m)にしています。
double rBond = hh0*1.2;
 物体の粒子の結合距離で、1.2cmにしています。

●1693 続き タイソン - 2006/12/07 20:19 -
set globalで
 int incRate = 10;
 double scale = 1.0
 double hh0 = 0.01;
double rBond = hh0*1.2;
はそれぞれ何を表しているのでしょうか?

●1692 786 タイソン - 2006/12/07 19:06 -
smoothed particle のところで

ret = 0.0;
q = r/h;
a = 10.0/(7.0*3.141592)/(h*h);
if (q<1.0) {
ret = a*(1.0-1.5*q*q+0.75*q*q*q);
} else if (q<2.0) {
ret = a*0.25*(2.0-q)*(2.0-q)*(2.0-q);
}
return ( ret );
}
に用いられている式は分かったのですが

double dwwvdr(double r, double h) {
double a,q,ret;

ret = 0.0;
q = r/h;
a = 10.0/(7.0*3.141592)/(h*h*h);
if (q<1.0) {
ret = a*(-3.0*q+2.25*q*q);
} else if (q<=2.0) {
ret = -a*0.75*(2.0-q)*(2.0-q);
}
return ( ret );
}

double d2wwvdr2(double r, double h) {
double a,q,ret;

ret = 0.0;
q = r/h;
a = 10.0/(7.0*3.141592)/(h*h*h*h);
if (q<1.0) {
ret = a*(-3.0+4.5*q);
} else if (q<=2.0) {
ret = a*0.75*(2.0-q);
}
return ( ret );
}
の部分はどのような式から導き出されていますか?3次spline関数でしょうか?

●1691 バージョンアップ mike - 2006/12/07 18:07 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1024) template MtRLG2D 実数型格子ガス法(非同期マルチスレッド)ver 0.0.3
(1025) template sync-MtRLG2D 実数型格子ガス法(同期(通知)マルチスレッド)ver 0.0.3
(1026) cycle steal MtRLG2D 実数型格子ガス法(サイクルスティール)ver 0.0.3
(1027) template float-MtRLG2D 実数型格子ガス法(非同期-単精度)ver 0.0.3

●1690 バージョンアップ mike - 2006/12/06 17:24 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1047) water MtSPH2D 水(粒子法,非同期,h=1cm)ver 0.0.2
(1048) water MtPSPH2D 水(粒子法,非同期,h=1cm,peiodic)ver 0.0.2

●1689 バグフィックス mike - 2006/12/05 18:16 -
バグフィックス(3574ioさん発見のバグを修正)しました。
(1067) interference MtSW2D 空気中の音の干渉 ver 0.0.2
(1068) refraction MtSW2D 空気中の音の屈折 ver 0.0.2

●1688 Re またバグ発見しました mike - 2006/12/05 18:11 -
3574ioさん、こんにちは。

バグの報告、リクエストありがとうございます。

1067の「Mic y」と「freq=」のバグの存在を確認しました。
後ほど、バグフィックスしたものをアップします。

リクエストについてですが、0043のねらいは、
「粒子が正反射ではなく、いろいろな方向に反射されるのを観察する」です。
リクエストは「壁の原子でなるべく自然に温度が調節できるようにする」でしょうか。
ねらいが違いますので、別のアプレットとした方がいいと思います。

壁の原子によって温度を調節する方法ですが、かなり突っ込んで考えましたね。
ですが、プログラムするには、さらに具体的に考える必要がありそうです。
温度を上げるにはどうするか、下げるにはどうするかを考えてみてくださいね。

温度調節の具体的な案としては、
(1)No.38のように、壁に吸着した原子の層を作り、吸着層を壁と見なす
   温度調節は外の壁で従来の方法で行う
(2)No.314の緑の粒子のように、多層の原子の壁を考えて
   温度調節は、壁の原子について、強制的に一定の温度にする
などが考えられます。他にもたくさんの方法がありそうです。

温度の調節は、ミクロに見ると、1つの原子の動きを急に早くしたり
遅くしたりする必要があり、どうしても不自然に見えてしまいますね。

●1687 バグ続き。 3574io - 2006/12/04 18:53 -
1067の空気中の音の干渉でもう一つバグがあった。
バグメモ
freq=を調節すると初期のと値が違う。加バグでした。
リクエスト温度調節の注意!忘れてた
壁の原子は自由に動くけど半分制限する。原子が許された範囲から
飛び出した場合もとの場所へ向かう力を加えれば大丈夫だと思います
だと温度保存されないような気がします。
一応シミュレーションさせてみて下さい。お待ちしてます

●1686 またバグ発見しました 3574io - 2006/12/04 18:46 -
テスト期間だったので返事できなくてすみません。
物理シミュレーションを改良して良いページになりましたが
新しいアプレット追加中心にバグが増えてます。
今日発見したバグは1067の空気中の音の干渉です。
Mic y=を操作(大きく設定)したらフリーズ。
原因最大のy位置が640になっていて、640にすると画面外に外れてしまう。
最大を610まで下げれば良いと思います。
リクエスト…(再現できるかなと思って…出来なくてもいいですけど…説明長くなります。)
0043の分子の壁の箱で…の温度調節で
今の温度調節方法は"直接原子温度を調整する"になっていますね。
でも箱の壁で調節するのは(今までのアプレットは)原子が壁に接触した瞬間
速くしたり、遅くするのが普通…その言葉で分子でできた壁で
温度調節する方法が見つかりました。
{分子でできた壁=原子の塊だから 壁の役割をする原子を
振動させれば良い}
でも振動させると原子自体が移動して壁じゃなくなります。
これで困ってます。
ちょっと変な振る舞いになっても壁で調節するなら
{壁の原子は自由に動くけど半分制限する。原子が許された範囲から
飛び出した場合もとの場所へ向かう力を加えれば大丈夫だと思います}
変な説明で長くなりましたが一応0043の分子の壁の箱、再度挑戦してみてください
無理なリクエストでごめんなさい。出来るだけ待ってます。

●1685 バージョンアップ mike - 2006/12/04 17:30 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1044) harmonics MtPIMC1D 1次元調和振動子(経路積分モンテカルロ)ver 0.0.2
(1045) harmonics MtPIMC2D 2次元調和振動子(経路積分モンテカルロ)ver 0.0.2
(1046) harmonics MtPIMC3D 3次元調和振動子(経路積分モンテカルロ)ver 0.0.2

●1684 アプレット追加 mike - 2006/12/03 14:21 -
アプレット追加しました。
(1069) sound in air MtSW3D 空気中の音の伝播
(1070) sound in water MtSW3D 水中の音の伝播

●1683 バージョンアップ mike - 2006/12/03 08:36 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1042) Morse MtMD2D モースポテンシャル分子動力学(非同期)ver 0.0.3
(1043) Morse MtPMD2D モースポテンシャル分子動力学(periodic, 非同期)ver 0.0.3

●1682 アプレット追加 mike - 2006/12/02 14:14 -
アプレット追加しました。
(1067) interference MtSW2D 空気中の音の干渉
(1068) refraction MtSW2D 空気中の音の屈折

●1681 バージョンアップ mike - 2006/12/02 11:34 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1037) large FloatMAC2D 大きな風洞(単精度-非同期)ver 0.0.2
(1038) crystal MtFGMD 結晶(非同期)ver 0.0.2
(1039) crystal Sync-MtFGMD 結晶(同期)ver 0.0.2
(1040) plane MtPFGMD 結晶面(非同期)ver 0.0.2
(1041) adatom MtPFGMD 結晶面上の吸着原子(非同期)ver 0.0.2

●1680 バージョンアップ mike - 2006/12/01 18:07 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1035) H atom MtAllDMC 水素原子(非同期)ver 0.0.2
(1036) H2 molecule MtAllDMC 水素分子(非同期)ver 0.0.2

●1679 ありがとうございます。 タイソン- 2006/11/30 20:28 -
mike様、わざわざご丁寧に訂正の報告ありがとうございます。
参考にさせていただきます。

●1678 バージョンアップ mike - 2006/11/30 18:04 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1033) H atom MtDMC 水素原子(非同期)ver 0.0.2
(1034) H2 molecule MtDMC 水素分子(非同期)ver 0.0.2

●1677 Re3 786について(誤りの訂正) mike - 2006/11/30 18:03 -
タイソンさん、こんにちは。
Re 786についての説明の中で、
>x(よこ)方向には60個ならびますが、端があるので、0-58の59個にしています。
>y(たて)方向は、底(y=yMax)から0-20で21個ならべています。
は誤りで、正しくは
x(よこ)方向には60個ならびますが、端があるので、0-57の58個にしています。
y(たて)方向は、底(y=yMax)から0-19で20個ならべています。
です。 謹んで訂正いたします。

●1676 786 タイソン - 2006/11/29 20:13 -
丁寧な解説ありがとうございます。引き続きプログラムの解読を行っていくので分からないところがでましたら質問させていただきます。

●1675 バージョンアップ mike - 2006/11/29 18:27 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1031) light atom MtRSDFT 軽原子(非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.3
(1032) light atom Float-RSDFT 軽原子(単精度-非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.3

●1674 Re 786について mike - 2006/11/29 18:24 -
タイソンさん、こんにちは。

ドキュメントのないプログラムで、わかりにくいと思います。
一度、786を以下のようにしてみてください。

/* water; density=1.0g/cc, specific heat=4200J/kgK */
a = 0.01;

for (ix=0; ix<58; ix++) {
for (iy=0; iy<20; iy++) {
kind[i] = 1;
mass[i] = 0.15;
cp[i] = 4200.0;
xx[i] = 0.01+a*(ix)+0.5*a*(iy%2);
yy[i] = yMax-0.01-a*0.866*iy;
vx[i] = 0.5*(Math.random()-0.5);
vy[i] = 0.5*(Math.random()-0.5);
ax[i] = 0.0;
ay[i] = 0.0;
hh[i] = hh0;
i += 1;
}
}

aはSPH粒子を並べる間隔でa=0.01は1cmです。
SPH粒子の直径は2cm(半径hh0=1cm)なので、半分重なるようにしています。
xx[]はSPH粒子のx座標で箱の大きさxMax=0.6(=60cm)なので、
x(よこ)方向には60個ならびますが、端があるので、0-58の59個にしています。
y(たて)方向は、底(y=yMax)から0-20で21個ならべています。

これでも、初期に水があばれるのは、重力の影響で、下方の圧力が高くなって
平衡するように粒子の配置が再構成されるからです。
再構成をさけ、最初から重力に平衡なようにできればいいのですが、
そのように配置するのは難しく、まだうまくいっていません。

●1673 786 タイソン - 2006/11/28 20:40 -
先日、お教えいただいた786番のプログラムの水を722番のようにする方法なのですが、786番の値を722番にしてみたのですがうまくいきません。その他ににも色々な値を代入しているのですがうまくいきません。これは単位や空間の大きさの違いなどの条件が786と722では違うからなのでしょうか?またこの場合どのようにすればよろしいのでしょうか?

●1672 バージョンアップ mike - 2006/11/28 19:15 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1028) wind tunnel MtMAC2D 風洞(非同期MAC2D)ver 0.0.3
(1029) wind tunnel SyncMAC2D 風洞(同期MAC2D)ver 0.0.3
(1030) wind tunnel FloatMAC2D 風洞(単精度-非同期MAC2D)ver 0.0.3

●1671 バージョンアップ mike - 2006/11/27 17:29 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストにより箱のサイズ変更)しました。
(388) template - homo Morse 2D 1種類のモース原子MDテンプレート ver 0.0.4
(400) periodic homo Morse 2D 1種類のモース原子MD(周期的境界条件) ver 0.0.4

これで、3574ioさんから指摘いただいたバグとリクエストの
対応が完了しました。

●1670 アプレット追加 mike - 2006/11/26 14:35 -
アプレット追加しました。
(1065) scatter MtPSW2D 水中の音の散乱(periodic)
(1066) scatter Mat-MtPSW2D 水中の音の散乱(periodic, 単精度, 物質の表)

●1669 バージョンアップ mike - 2006/11/26 09:28 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストによりN=343を追加)しました。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示 ver 0.0.6

>3574ioさん、
リクエストは、粒子数の選択で64、125、216、343個の追加と箱のサイズ変更ですが、
実装は、N=343のみの追加としました。

本来、1014の「分子集団の断面表示」アプレットはBBS No.1523- 1553 の議論から
発展したもので、液滴の表面と内部の構造の違いを観察するためのものです。
粒子数を少なくすると、液滴が小さくなりすぎて、内部がなくなってしまうため、
本アプレットの意義がなくなってしまいます。このため、N=343までとします。

●1668 バージョンアップ mike - 2006/11/26 08:00 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストにより(ContT)の設定最大値を2000Kにし、
また、内部コードを整理)しました。
(783) perspective EM3D 遠近法(MD)ver 0.0.2
(784) perspective PEM3D 遠近法(MD、周期的境界条件)ver 0.0.2
(785) shade EM3D 陰影(MD、遠近法)ver 0.0.2

●1667 不正な書き込みの調査報告 mike - 2006/11/26 06:32 -
数日前からの不正書き込みについて、
1. アクセスのIPアドレスは分散している
2. 同一内容の書き込みが、ほかの掲示板で確認できました。
  (書き込み時刻が秒単位しか異ならない)
以上のことから、書き込みは、プログラムによるフォームに対応した
自動送信である可能性が高いと考えます。
有効な対策としてはCGIのスクリプトを改造する必要があるようですが、
このレンタル掲示板はその機能がないため、できません。
ほかの可能性を探ってみたいと思います。

●1666 (削除)

●1665 アプレット追加 mike - 2006/11/25 14:47 -
アプレット追加しました。
(1063) scattering Mat-MtSW2D 水中の音の散乱(単精度、物質の表)
(1064) large Mat-MtSW2D 大きな水中の音の散乱(単精度、物質の表)

●1664 バージョンアップ mike - 2006/11/25 09:49 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストにより[Real]表示の改良)しました。
(373) NaCl crystallization SX1S 塩化ナトリウムの結晶化 ver 0.0.4

●1663 バージョンアップ mike - 2006/11/25 07:51 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストにより[Line]表示の改良)しました。
(352) tea break ちょっとひと休み - 4次元?の箱の中の粒子 ver 0.0.2

>3574ioさん、
リクエストされている箱のサイズ変更ですが、
残念ながら、コードの大幅な書き換えが必要なため、
実装できませんでした。ご容赦ください。

●1662 Re 不正な書き込み mike - 2006/11/25 07:31 -
3574ioさん、こんにちは。チェックありがとうございます。

不正な書き込みのサービスプロバイダを調べると

160の書き込み:(削除)
アクセス時間; 2006/11/24 15:14
IPアドレス; 222.225.10.55
hb55.opt2.point.ne.jp

アクセス時間; 2006/11/24 20:35
IPアドレス; 218.129.189.139
softbank218129189139.bbtec.net

でした。投稿のハンドル名が同じですが、プロバイダは
分散しているようです。このことから、不正な投稿者は
個人ではなく、宣伝業者と推定されます。
この場合、多くのプロバイダにわたり、多数のIPを持っているため、
プロバイダへの通報もほとんど効果がないと予想されます。
...対策を考えたいと思います。

●1661 不正な書き込み 3574io - 2006/11/24 21:41 -
はい、4度目です。またおかしなサイト

●1660 (削除)

●1659 バグフィックス mike - 2006/11/23 15:46 -
バグフィックス(3574ioさんの見つけられたバグの修正)しました。
(753) water fall PSPH2D 滝 ver 0.0.3
(774) water 1mm SPH2D 水(h=1mm)ver 0.0.2
(775) water 1mm PSPH2D 水(h=1mm,周期的境界条件)ver 0.0.2
(786) water SPH2D 水(SPH, h=1cm, N=900)ver 0.0.2
(787) water PSPH2D 水(SPH, h=1cm, N=900,周期的境界条件)ver 0.0.2
(788) water 8kSPH2D 水(SPH, h=1cm, N=8000)ver 0.0.2
(789) water 40kSPH2D 水(SPH, h=1cm, N=40000)ver 0.0.2

●1658 Re 不正な書き込み mike - 2006/11/23 15:42 -
>記事156も同じような人が書いているような気がします。
そうですね。dionからのようですので。

156の書き込み:(削除)
アクセス時間; 2006/11/23 14:30
IPアドレス; 124.208.88.108
KD124208088108.ppp-bb.dion.ne.jp

アクセス時間とIPアドレスがわかっているので、
プロバイダは接続者を特定できるので、
プロバイダの管理者に通報する方法もあるようですが...。

●1657 不正な書き込み 3574io - 2006/11/23 14:57 -
記事156も同じような人が書いているような気がします。

バグも直るのはうれしいけど(書き込みBBS 2度目?アクセス制限があれば…)

●1656 (削除)

●1655 バグフィックス mike - 2006/11/23 11:30 -
バグフィックス(3574ioさんの見つけられたバグの修正)しました。
(271) scatter fdtd 2D 光の散乱 ver 0.0.2

●1654 バグフィックス mike - 2006/11/23 08:22 -
バグフィックス(3574ioさんの見つけられたバグの修正)しました。
(80) time reverse 時間反転 ver 0.0.2
(370) deep impact AFS ナノ結晶と壁の衝突 ver 0.0.4

●1653 Re これは mike - 2006/11/23 08:14 -
3574ioさん、こんにちは。ご報告、ありがとうございます。

http://www.matukin.com/hostname/index.cgi
にて、不法な書き込みをした者のサービスプロバイダを調べると

151(log注;1651に改番)の書き込み:(削除)
アクセス時間; 2006/11/22 22:27
IPアドレス; 210.196.228.62
aa2004081282007.userreverse.dion.ne.jp

153(log注;1653に改番)の書き込み:(削除して、本文で上書きしました)
アクセス時間; 2006/11/23 05:43
IPアドレス; 58.156.222.236
58x156x222x236.ap58.ftth.ucom.ne.jp

でした。度重なるようでしたら、対策を考えていと思います。

●1652 これは 3574io - 2006/11/23 03:49 -
151(log注;1651に改番)の記事は子供が見たら***です
マスクかけてください。(消してください)

●1651 削除
(2006/11/22 22:27 に IP 58.156.222.236 より不法な書き込みがありました。)

●1650 バージョンアップとバグフィックス mike - 2006/11/22 17:55 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストで水の色を明るく)しました。
(1060) sound in water MtSW2D 水中の音の伝播 ver 0.0.2
(1061) scatter MtSW2D 水中の音の散乱 ver 0.0.2

574ioさんご報告のバグフィックスしました。
(1062) ultrasonic MtSW2D 水中の超音波 ver 0.0.2

●1649 Re 0038またバグ mike - 2006/11/21 18:01 -
3574ioさん、こんにちは。

バグ報告、ありがとうございます。

>Resetボタンを取り付けることによってバグが発生、
>赤粒子を左側のときResetボタン押してみてください。
そうですね。resetのとき、赤い原子をもとの位置にもどすのを
わすれてました。さっそく、訂正したものをアップしました。

バグフィックスしました。
(38) atomic force microscope 原子間力顕微鏡(AFM)ver 0.0.5

●1648 0038またバグ 3574io - 2006/11/20 20:25 -
0038の原子間力顕微鏡でリクエスト通り動きました。
表示モード(View)まで取り付けるとは…
原子にかかっている負担も見れますね。でもまたバグが発生しました。
原因はResetボタンを取り付けることによってバグが発生、
赤粒子を左側のときResetボタン押してみてください。

●1647 ありがとうございます。 タイソン - 2006/11/20 19:21 -
お返事ありがとうございます。引き続きmike様のプログラムで勉強させていただきます。

●1646 バージョンアップ mike - 2006/11/20 18:57 -
バージョンアップ(3574ioさんのリクエストで改良)しました。
(38) atomic force microscope 原子間力顕微鏡(AFM)ver 0.0.4

●1645 Re 786について mike - 2006/11/20 18:55 -
タイソンさん、こんにちは。

>786番のプログラムで722番のプログラムのように初めから水が液面に
>拡がっているようにするにはどこのソースを変えればいいのでしょうか?
水のSPH粒子の初期配置は、setInitialCondition()の
/* water; density=1.0g/cc, specific heat=4200J/kgK */と
/* bathtub; density=0.5g/cc, specific heat=2000J/kgK*/に
挟まれた部分で行っています。
これと、722のsetInitialCondition()の
  for (ix=0; ix<66; ix++) {
    for (iy=0; iy<20; iy++) {
...
    }
  }
の部分を比較されたらいいかと思います。
xx[],yy[]が粒子のx、y座標ですので、ここを変更すれば、
初期配置が変更できます。vx[],vy[],ax[],ay[],hh[]は
変更する必要はありません。

●1644 786について タイソン - 2006/11/20 18:26 -
786番のプログラムで722番のプログラムのように初めから水が液面に拡がっているようにするにはどこのソースを変えればいいのでしょうか?差し支えなければ教えていただきたいです。

●1643 Re バグスキャン完了 mike - 2006/11/20 17:41 -
3574ioさん、こんにちは。

たくさんのバグ報告、ありがとうございます。
ていねいに見てもらえて、とてもうれしいです。

1062の「水中の超音波」
0080の「時間反転」
0271の「光の散乱」
0370の「ナノ結晶と壁の衝突」
0774、0775, 0786〜0789のSPHアプレット
のバグの存在を確認しました。

バグの報告数が多いので、順番に、バグフィックスをしていこうと思います。
すこし時間がかかりそうです。
リクエストはその後にさせてください。

また、バグ報告やリクエストがありましたら、
何でも書き込んでくださいね。

●1642 バグスキャン完了 3574io - 2006/11/19 19:13 -
一応全部のシミュレーションを見ました。
ナノ世界を見れるのは凄いことだけどバグがまだありそうなんで
全見ましたその結果は下の通りです。

●1641 忘れてた… 3574io - 2006/11/19 19:02 -
0786〜0789これも同じバグでAlphaを設定したら…暴走してフリーズ
今度は0.032で起こりました。
0753の滝で水粒子が堤防の下にもぐりこむ。
また…新しいリクエスト
0783と0785の(ContT)の設定最大値を2000Kにしてほしい。

1014の分子集団の断面表示で
箱のサイズ変更できるようにして、(粒子数が少ないときだけ小さく出来る)
粒子数の選択で64、125、216、343個を追加してほしい。(遅いマシンの為)

●1640 狭くて分からない。 3574io - 2006/11/19 18:06 -
バグ報告もう今日で終わりって感じなのに気になって報告しました
0388の1種類のモース原子MDテンプレートで
原子選択でアルカリ金属を選択すると狭そう
バグでも無いのに一応 直した法が良いとおもいます。
(0400も同じ)
これ↓重要
0774と0775もバグがありAlphaを設定したら…暴走してフリーズ
タスク マネージャ終了じゃないと閉じない事がある。
(View)[Temperature]で見たら暴走したとき全部が赤くなる。
Alpha=0.11で見たら部分爆発で(View)[Temperature]で見ても
爆発した所だけ赤いので温度だけ変化できないような
シミュレーションに変更した方が良いと思います。
(View)[Temperature]は多分いらないと思います。

●1639 これもバグだよ 3574io - 2006/11/19 17:13 -
3度のバグ報告して迷惑だと思いますが…
0271光の散乱これは見た瞬間に分かります。
表示選択(View)の位置が文字の上に重なってる(その表示、僕だけ?)

0370のナノ結晶と壁の衝突でstartを何度も押すと
スピードがとんでもない速さになる。
(Temp Control)[T scaling]はいらないと思います。
(運動エネルギーがおかしくなる。)

リクエスト
0352の4次元?の箱の中の粒子で
表示選択(View)[Line]で表示させたとき全部が灰色なので
その線が4次元的に位置が分からないので
粒子の色と同じように線も着色させる
それと箱のサイズも変更できると良いと思います。(2nm〜4nm)
(急にサイズが変更してしまうと原子の暴走のバグが出ると思います、なので滑らかに。)

0373の塩化ナトリウムの結晶化で
(View)[Real]は原子の表示サイズが小さい
現実のサイズと比べると今プログラムの1.2倍あると思います。
またバグ発見したら報告します。

●1638 これもバグ? 3574io - 2006/11/19 15:50 -
1062の水中の超音波もバグがありました。
Freqの設定で初期は500000になっていて設定すると…
MAXでも10000になります。コレは?バグかと思います。

0080の時間反転でもバグがありました。
T=の時間がおかしい(コレ見つけにくいバグ)
バグになる手順まずstartを押す
時間は何でも良いので適当にstopを押す
次にreverseを押して
しばらく待って適当にstopを押す
そしてstartかreverseを押すと…
結果:分子運動と時間関係がおかしい。

リクエスト
1060〜1062での表示選択(View)[P density]で
正常に表示されるが…色が暗くて変化が見にくいので
変化が分かるような色にしてほしいです。

●1637 アプレット追加 mike - 2006/11/19 14:27 -
アプレット追加しました。
(1061) scatter MtSW2D 水中の音の散乱
(1062) ultrasonic MtSW2D 水中の超音波

●1636 バグフィックス mike - 2006/11/19 11:13 -
バグフィックス(3574ioさんの見つけられたバグの修正)しました。
(773) sloshing SPH2D 水タンクの揺動 ver 0.0.2
(803) thermalize DSMC2D 気塊の熱化 ver 0.0.2

●1635 Re 初めてPCで物理。 mike - 2006/11/19 09:30 -
3574ioさん、はじめまして。

「分子のおもちゃ箱」を見てくれて、ありがとう。
中学生や高校生が物理シミュレーションでナノの世界を見ることで、
自然科学に興味を持ってもらえたらいいなと思っています。

バグの報告、ありがとうございます。
0773の「水タンクの揺動」と0803の「気塊の熱化」のバグの存在を確認しました。
後ほど、バグフィックスしたものに差し替えます。

0038「原子間力顕微鏡」についてのリクエスト
 1.Stageを設定したとき赤い粒子が遅く滑らかに移動出来る
 2.Stageのボタンも大きく
は、そのように改良しようと思いますので、しばらく待ってくださいね。

>名前は公開できないため...
ネット上では必要でない限り、個人情報は公開しない方がいいですね。
このサイトではハンドル名で十分です。

これからも、よろしく。

●1634 初めてPCで物理 3574io - 2006/11/18 23:42 -
こんにちは
物理シミュレーションでナノの世界を見るのは初めてで、
フリーの物理シミュレーションはここしかないと思います。
バグメモ↓
0773の水タンクの揺動を見ていてvx速度を設定しshakeボタンを押したら。
余りにも設定値が低くて遅く動いているのを待ちきれなくて、
vx速度を再設定したら凄い速さでタンクが壁に突っ込んでしまった。
(動いている途中でvx速度を再設定でのバグ)

0803の気塊の熱化を見ていてvx速度を設定したら…リセットしても
塊が動かない。
(vx速度を設定したら値が0になるバグ)
リクエスト↓
0038原子間力顕微鏡のStageを設定したとき赤い粒子が遅く滑らかに
移動出来るようにして、Stageのボタンも大きくしてほしいです。

名前は公開できないため[3574io]と入れてしまいました。
パソコン、化学、物理好きの中学2年です。よろしく

●1633 疎水性と親水性 tom - 2006/11/18 21:51 -
そうですか〜。質問させていただいて正解でした!!
ありがとうございます!いろいろパラメータをかえていって、現象の変化を見たいと思います!!

●1632 アプレット追加 mike - 2006/11/18 14:06 -
アプレット追加しました。
(1059) sound in air MtSW2D 空気中の音の伝播
(1060) sound in water MtSW2D 水中の音の伝播

●1631 Re3 疎水性と親水性 mike - 2006/11/17 18:18 -
tomさん、こんにちは。

>では、σやεの値を小さくすれば、親水性に、σやεの値を大きくすることで
>疎水性の効果を得られるということでいいんでしょうか??
逆ではないでしょうか。
LJポテンシャルはεが大きいほどポテンシャルの谷が深くなりますので、
水との相互作用が強くなり、親水性が増すと考えられます。
σの値は、疎水性/親水性に限っては、大きな影響はないと思います。

●1630 Re Re 疎水性と親水性 tom - 2006/11/16 19:43 -
なるほど〜。では、σやεの値を小さくすれば、親水性に、σやεの値を大きくすることで疎水性の効果を得られるということでいいんでしょうか??

●1629 Re 疎水性と親水性 mike - 2006/11/16 18:39 -
tomさん、こんにちは。

>疎水処理剤などで、表面をコーティングするのとしないのとでは、
>どのような違いが見られるんでしょうか?
親水性は、水の電気双極子と相互作用する、-OHのような極性を持った基に由来すると
理解しています。-CH3などは、水分子との間にファンデルワールス力しか働かないため、
疎水性になるのではないでしょうか。
現象面では、疎水性だと、水の接触角が大きくなり、水玉ができますね。

>化学的に親水基に水分子が吸着することを分子動力学で表現する方法はあるのでしょうか?
水分子どうしの電気双極子の相互作用は、水分子のLJポテンシャルに還元されるので、
同じような考え方をすると、表面の吸着エネルギーを調節して、疎水性/親水性を
表現できると思います。具体的には、吸着エネルギーが大きいほど
(水分子と相互作用しやすいほど)親水性が高くなると考えます。

●1628 ふと疑問に・・・。 tom - 2006/11/16 18:12 -
 お久しぶりです!前回のハミルトニアンの問題は、解決しました!
またも質問になるんですが、分子動力学でふと疑問に思った事なんですが、 疎水処理剤などで、
表面をコーティングするのとしないのとでは、 どのような違いが見られるんでしょうか?
 また、化学的に親水基に水分子が吸着することを分子動力学で表現する方法はあるのでしょうか?

●1627 レスありがとうございます。 タイソン - 2006/11/15 18:26 -
これまでプログラムを作ったことが無く今年の10月から来年1月までにjavaでプログラムを書かなくてはならない為、何もかも中途半端に勉強している為mike様にご迷惑おかけして申し訳ないです。毎回の回答後ソースを見直し理解させていただいてます。ありがとうございます。

●1626 Re アプレットNo.786について mike - 2006/11/15 18:09 -
タイソンさん、こんにちは。

offPaint、アプレットの描画全体のコントロール、
plot methods、いくつかの表示メソッドの集合、
bonding manager、粒子どうしの結合があるかどうかの管理、
particle motion 位置と速度と力からSPH粒子をdt時間だけ進めます。

>いつも質問申し訳ありません。
ドキュメンッドもないプログラムですので、何でも聞いてください。
ただ、質問の回答に対して、了解できたかどうか、
あるいは追加質問など、レスをいただけると、うれしいです。

●1625 786 タイソン - 2006/11/14 18:53 -
offPaint、plot methods、bonding manager、particle motionはそれぞれプログラムのどの動きを表しているのですか?いつも質問申し訳ありません。

●1624 アプレット追加 mike - 2006/11/12 14:20 -
アプレット追加しました。
(1057) EM wave Mat-MtFDTD3D 電磁波の伝播(非同期、単精度、物質の表)
(1058) scatter Mat-MtFDTD3D 電磁波の散乱(非同期、単精度、物質の表)

●1623 アプレット追加 mike - 2006/11/11 14:43 -
アプレット追加しました。
(1055) EM wave MtFDTD3D 電磁波の伝播(非同期)
(1056) EM wave Float-MtFDTD3D 電磁波の伝播(非同期、単精度)

●1622 Re 786アプレットについて mike - 2006/11/10 17:42 -
タイソンさん、こんにちは。

>a=0.011 の変数の値は何の値でしょうか?
水のSPH粒子を並べる間隔です。(a=0.011 m)

>またmassの値が0.15になのですがこの値をだす
>式はどのような式でしょうか?
水のSPH粒子(半径1cm)の重さです。
2次元なので半径2cm-単位長さ(=1m)の重さで、質量分布を
持っているため、約150gになります。
(SPHがどんな質量分布を持っているかは、
先にご紹介したサイトを参照ください)
密度が0.8のSPH粒子の質量は0.15x0.8(kg)になります。

●1621 Re3 define glovalのところ mike - 2006/11/10 17:41 -
さるさん、こんにちは。

>なぜmass epsi sigmを全て同じNkindにしているのか
>分からなくて質問しました。
Nkindは分子の種類の最大数で、今の場合はNkind=10です。
分子の種類によって、質量、LJポテンシャルのパラメータをかえて
計算するため、mass epsi sigmの配列(大きさ=Nkind)の配列を
用意しています。
このアプレットでは青い粒子(Arで2)と花粉(ballで9)のみ
使用しています。
前に定義しているMolec[][]の配列をそのまま使ってもいいのですが、
プログラムの読みやすさのため、このようにしました。

●1620 786 タイソン - 2006/11/10 15:06 -
786番のset initial conditionででてくる
a=0.011 の変数の値は何の値でしょうか?
またmassの値が0.15になのですがこの値をだす
式はどのような式でしょうか?

●1619 訂正 さる - 2006/11/10 10:20 -
ごめんなさい。僕の日本語がへたでうまく伝わりませんでした。
double mass[] = new double[Nkind]; /* k-th kind mass */
double epsi[] = new double[Nkind]; /* k-th kind epsilon */
double sigm[] = new double[Nkind]; /* k-th kind sigma */
なぜmass epsi sigmを全て同じNkindにしているのか分からなくて質問しました。すみません。

●1618 Re define glovalのところ mike - 2006/11/09 18:18 -
さるさん、こんにちは。

>double mass[] = new double[Nkind]; /* k-th kind mass */
> ...
>なんですが
>このようなプログラムの書き方をする理由はなぜなのでしょうか?

うーん。これは、java言語の仕様なので、理由はわかりません。

配列の定義はFORTRAN,BASIC,Cなど、それぞれ固有の方法がありますね.
javaの配列は変数というより、objectなので、
コンストラクタによってインスタンス化するという原則から、
double mass[] = new double[Nkind];
のような書き方になったと考えられます。
java的には、
double[] mass = new double[Nkind];
の方がより原則に合致した書き方ですが、Cとの類似性から
前者の表現を使っています。

いちど、SUGAIさんのサイトの配列の部分をご覧ください。
http://www.nextindex.net/java/array2.html

●1617 BrownianMotiodefinenについて さる - 2006/11/09 14:14 -
いつも質問に答えていただきありがとうございます。
define glovalの所の
double mass[] = new double[Nkind]; /* k-th kind mass */
double epsi[] = new double[Nkind]; /* k-th kind epsilon */
double sigm[] = new double[Nkind]; /* k-th kind sigma */

int kind[] = new int[NN]; /* i-th molec kind */
double xx[] = new double[NN]; /* i-th x-position */
double yy[] = new double[NN]; /* i-th y-position */
double vx[] = new double[NN]; /* i-th x-velocity */
double vy[] = new double[NN]; /* i-th y-velocity */
double ffx[] = new double[NN]; /* i-th x-force */
double ffy[] = new double[NN]; /* i-th y-force */
なんですが
このようなプログラムの書き方をする理由はなぜなのでしょうか?

●1616 Re BrownianMotionについて mike - 2006/11/08 18:40 -
さるさん、こんにちは。

>applet control functionsのところなんですが
> ...

> setInitialPosition();
>}
>setInitialPosition();
>を行う理由と
>setInitialPosition();
>が何なのかを教えてもらいたいです。

setInitialPosition()は、各粒子の初期配置を行います。
行う理由は、Newtonの運動方程式をもちいて、粒子の運動を
追跡するには、まず、初期配置を決める必要があるからです。

このため、アプレットのプログラム上、はじめに一度だけ
実行されるinit()メソッドの中にこのsetInitialPosition()を
おいています。

●1615 Re 浮力について mike - 2006/11/08 18:39 -
タイソンさん、こんにちは。

「浮かせる関数」がどのようなプログラム中で、どのように使われるのか
わかりませんので、述べられている方法で言いかどうか、わかりません。
SPHの場合は、SPH粒子の相互作用として浮力は出てきますので、
別に浮かせる力を加えると、2重に浮力が働くことにないます。

786について:
水の物性値のはsetInitialCondition()で行っています。
SPH粒子に水の物性を持たせていますので、
とくに「水の関数」といったものはありません。

●1614 BrownianMotionについて さる - 2006/11/08 17:39 -
applet control functionsのところなんですが

pnl.add(new Label(" "));
pnl.add(scr);
add(pnl,"North");

setInitialPosition();
}
とありますが、
setInitialPosition();
を行う理由と
setInitialPosition();
が何なのかを教えてもらいたいです。

●1613 786について タイソン - 2006/11/07 21:39 -
786番のプログラムで水の関数はどの部分ですか?

●1612 浮力について タイソン - 2006/11/07 20:47 -
ガソリンからナフサのような軽質な油の中に石英ガラスを浮かせる関数をつくりたいのですがif文を使い油の密度>石英の密度である時石英ガラスは油中で浮くという感じで作ろうと思っています。これでは浮力を表す関数を作ったことになりませんか?

●1611 アプレット追加 mike - 2006/11/05 14:37 -
アプレット追加しました。
(1053) powder MtFDTD2D 粉による光の散乱
(1054) prism MtFDTD2D プリズムによる光の屈折

●1610 Re Siの固定 mike - 2006/11/05 14:36 -
tomさん、こんにちは。

>もう少し境界条件等の検討が必要な感じですね。
Siの固定をどのように実装されているかがポイントだと思います。

●1609 返信ありがとうございます! tom - 2006/11/05 09:39 -
もう少し境界条件等の検討が必要な感じですね。
ありがとうございました!!

●1608 アプレット追加 mike - 2006/11/04 14:31 -
アプレット追加しました。
(1051) large Float-MtFDTD2D 大きな電磁波の散乱(1200x1200)
(1052) huge Mat-MtFDTD2D 巨大な電磁波の散乱(1600x1600)

●16607 バージョンアップ mike - 2006/11/03 14:15 -
バージョンアップ(表示方法の追加)しました。
(1049) scatter MtFDTD2D 電磁波の散乱(非同期)ver 0.0.2
(1050) large MtFDTD2D 大きな電磁波の散乱(非同期)ver 0.0.2

●1606 Re BrownianMotion mike - 2006/11/02 19:13 -
さるさん、こんにちは。

>AU,EE,KB,AA,FSはそれぞれ何の値ですか?
AU 原子質量単位
EE 電気素量
KB ボルツマン定数
AA オングストローム
FS フェムト秒
です。

>mass charge E(in kB) sigma(A) dt(s)はそれぞれ何を意味するのですか?
下の配列の注釈で、
それぞれ、分子の質量、電荷、LJポテンシャルの結合エネルギー、LJポテンシャルのσ、
時間積分のときの刻み幅です。

●1605 Re 786について mike - 2006/11/02 19:11 -
タイソンさん、こんにちは。
>setInitialCondition()
 ...
>この一連の記述はどのような意味ですか?
>変数や値が理解できないので教えていただけませんでしょうか?
ここは、水のSPH粒子を方形に配置しています。
(resetボタンを押すと、この配置が現れます)
kindは粒子の種類、massは質量(kg)、cpは比熱、
xx,yyは位置(m)、vx,vyは速度(m/s)、ax,ayは加速度、
hhはSPH粒子の大きさ(=1cm)です。

786のプログラムを読む場合、
SPH法のアルゴリズムを調べるといいかもしれません。
たとえば、下記を参照すると、プログラムで何をやっているのか、
見通しがつきやすくなると思います。
http://homepage.univie.ac.at/franz.vesely/cp0102/dx/node118.html

●1604 BrownianMotion さる - 2006/11/01 20:56 -
double AU = 1.661e-27;
double EE = 1.602e-19;
double KB = 1.38e-23;
double AA = 1.0e-10;
double FS = 1.0e-15;
のAU,EE,KB,AA,FSはそれぞれ何の値ですか?
また
mass charge E(in kB) sigma(A) dt(s) */
/* 0 He*/ { 4.003*AU, 0.0*EE, 10.2*KB, 2.576*AA, 5.0*FS },
/* 1 Ne*/ { 20.183*AU, 0.0*EE, 36.2*KB, 2.976*AA, 10.0*FS },
/* 2 Ar*/ { 39.948*AU, 0.0*EE, 124.0*KB, 3.418*AA, 25.0*FS },
/* 3 Kr*/ { 83.50 *AU, 0.0*EE, 190.0*KB, 3.610*AA, 25.0*FS },
/* 4 Xe*/ { 131.30 *AU, 0.0*EE, 229.0*KB, 4.055*AA, 25.0*FS },
/* 5 Hg*/ { 200.59 *AU, 0.0*EE, 851.0*KB, 2.898*AA, 25.0*FS },
/* 6 H2*/ { 2.016*AU, 0.0*EE, 33.3*KB, 2.968*AA, 5.0*FS },
/* 7 N2*/ { 28.013*AU, 0.0*EE, 91.5*KB, 3.681*AA, 20.0*FS },
/* 8 O2*/ { 31.999*AU, 0.0*EE, 113.0*KB, 3.433*AA, 20.0*FS },
/* 9 Ball*/{200.00 *AU, 0.0*EE, 124.0*KB,10.0 *AA, 25.0*FS }

charge E(in kB) sigma(A) dt(s)はそれぞれ何を意味するのですか?

●1603 訂正 タイソン - 2006/11/01 20:21 -
たびたび申し訳ありません。mass[i] = 0.15; の値の意味もわかりません。

●1602 訂正 タイソン - 2006/11/01 20:06 -
mass[i] = 0.15;
cp[i] = 4200.0;は何を意味しているのかわかるのですがそれ以外がわかりません。

●1601 786について タイソン - 2006/11/01 19:53 -
setInitialCondition()
t = 0.0;
i = 0;

/* water; density=1.0g/cc, specific heat=4200J/kgK */
a = 0.011;

for (ix=0; ix<30; ix++) {
for (iy=0; iy<30; iy++) {
kind[i] = 1;
mass[i] = 0.15;
cp[i] = 4200.0;
xx[i] = 0.01+a*(ix)+0.5*a*(iy%2);
yy[i] = 0.1+a*0.866*iy;
vx[i] = 0.5*(Math.random()-0.5);
vy[i] = 0.5*(Math.random()-0.5);
ax[i] = 0.0;
ay[i] = 0.0;
hh[i] = hh0;
i += 1;
}
}
この一連の記述はどのような意味ですか?
変数や値が理解できないので教えていただけませんでしょうか?


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