分子のおもちゃ箱 bbs 18 No.1801...1900 ( 2007.04.18 - 2007.07.21 )
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●1900 バージョンアップ mike - 2007/07/21 07:57 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(007) gas liquid solid 物質の三態(気体、液体、固体)ver 0.0.3
(011) adsorption 分子の表面吸着 ver 0.0.5
(115) SX-1 potential イオン性-凝集相のポテンシャル ver 0.0.5

●1899 Re7 NPTアンサンブルについて mike - 2007/07/20 18:08 -
ジョニーさん、こんにちは。

>しかし、速度スケーリング法を用いた場合は圧力制御ができなくなってしまいませんか?
Andersen法と組み合わせて速度スケーリング法を用いたことはありません。しかし、
速度スケーリング法とともに、圧力制御として系の体積を圧力に応じて増減する方法は
(出典は河村先生の「パソコン分子シミュレーション」海文堂1990 p.44-47)
実際に「分子のおもちゃ箱」でNPTに用いています。

お詫びと訂正:
Re3 において、
>ただ、実用的には、仮想質量を、たとえば粒子の100倍とか、1000倍とかにとり、
>実際の系の温度や圧力の時間応答と揺らぎを見ながら決めていくのがよいと思います。
と書きましたが、これは根拠がありません。
このような軽率な書き込みをしてしまったことをお詫びします。

能勢法の仮想質量について少し調べてみました。
http://staff.aist.go.jp/y-komeiji/peach/free/peachman_index.html
の中の「4.時間積分とアンサンブル」に
能勢法の仮想質量Qについて書かれていました。p.109の4.3.3(4)式
 Q = N k T tau^2
とすればいいようです。(N=3n:自由度 kボルツマン定数、T:系の温度)
tauは振動の周期:〜数100fs?(これについてはよくわかりません)

●1898 温度制御から始めてみます ジョニー - 2007/07/19 18:17 -
ご回答有難うございます。

それでは温度制御からはじめ、そして圧力制御してNPTアンサンブルへとプログラムを1カ所ずつ変更しながら確認していってみます。

尚、速度スケーリング法での温度制御は分子動力学を始めたばかりのときにやってみたことがあります。(これはしっかりと制御できていました)
しかし、速度スケーリング法を用いた場合は圧力制御ができなくなってしまいませんか?

●1897 Re5 NPTアンサンブルについて mike - 2007/07/19 18:05 -
ジョニーさん、こんにちは。

>...温度が500〜600[K]、圧力が100[atm]という、設定値とは異なる値になってしまいました。
>このようになった原因としては、Ms、Mvや、その他の初期値の設定がおかしいためでしょうか
残念ながら、この情報から原因が特定することは難しく、わかりません。
能勢法は計算の安定性が問題になることがあると聞いたことがあります。
精度は劣りますが、単純で安定性の良い「速度スケーリング」法で
温度制御することも一案です。
また、液体の場合、体積がわずかに変わるだけで、大きな圧力変化があることを考えると
仮想質量Mvはもっと大きな値が必要なのかもしれません。
(仮想質量を大きくすると系の変化が穏やかになり揺らぎの周期は長くなると思います)

>また、拡張された自由度sの初期値についても考え方がよくわかりません。
考え方については、残念ながら、わかりません。

>何かアドバイス頂けませんでしょうか?
まず、NVEアンサンブルで安定に計算できるプログラムから出発し、
温度制御してNVT、さらに圧力制御してNPTアンサンブルへと
プログラムを1カ所ずつ変更しながら確認していくのがいいと思います。

●1896 プログラムを実際に作ってみましたが… ジョニー - 2007/07/19 12:59 -
mikeさん、こんにちは。
多くの質問に答えて下さって有難うございます。

時間積分を蛙飛び法の要領で解き、実際にプログラムを作ってみましたが、温度が500〜600[K]、圧力が100[atm]という、設定値とは異なる値になってしまいました。
このようになった原因としては、Ms、Mvや、その他の初期値の設定がおかしいためでしょうか また、拡張された自由度sの初期値についても考え方がよくわかりません。何かアドバイス頂けませんでしょうか?

私なりにいろいろと値を変えて試行錯誤してみます。
質問ばかりですみません。

●1895 Re3 NPTアンサンブルについて mike - 2007/07/18 17:59 -
ジョニーさん、こんにちは。

>蛙飛び法の要領で、この運動方程式系も解くことができないか?と思い、
>現在考えています。どうでしょうか?
基本的には時間積分の刻みと精度の問題ではないでしょうか。
時間刻みを小さくすれば、蛙飛び法も使えると考えます。

>やはり予測子-修正子法やギア法の方法でやる方が良いのでしょうか?
蛙飛び法の要領で時間積分をやった後、さらに精度の良い
これらの方法を試みられてはいかがでしょうか。

>分子シミュレーションという本にはシンプレティック差分法というやり方も載っていました。
蛙飛び法も、シンプレクティックであり、そのため、
系のエネルギーが安定しているのだと理解しています。
(拡張系の時間積分を蛙飛び法の要領で行った場合、
シンプレクティックかどうかは、私にはわかりません)

>能勢法、Andersen法の式中のMs(2.68)、Mv(2.99)は実際にプログラムを作ったとき
>どのような値を入れればよいのでしょうか?
残念ながら、これに関して一般的な考え方はわかりません。
安定化したい系の大きさや粒子数によって異なると思います。
ただ、実用的には、仮想質量を、たとえば粒子の100倍とか、1000倍とかにとり、
実際の系の温度や圧力の時間応答と揺らぎを見ながら決めていくのがよいと思います。

●1894 ご回答有難うございます ジョニー - 2007/07/18 10:32 -
mikeさん、ご回答有難うございます。
>「差分式」とは、この運動方程式系のことでしょうか?
その運動方程式系のことです。私はまだまだ知識が浅いため、時間積分の方法は蛙飛び法しか知りません。蛙飛び法の要領で、この運動方程式系も解くことができないか?と思い、現在考えています。どうでしょうか?
やはり予測子-修正子法やギア法の方法でやる方が良いのでしょうか?
分子シミュレーションという本にはシンプレティック差分法というやり方も載っていました。
話が少し変わりますが、初心者のための分子動力学法の本に載っている能勢法、Andersen法の式中のMs(2.68)、Mv(2.99)は実際にプログラムを作ったときどのような値を入れればよいのでしょうか?私なりにいろいろ調べてみたのですがわかりませんでした。

●1893 Re NPTアンサンブルについて mike - 2007/07/17 18:21 -
ジョニーさん、はじめまして。「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

私は、専門外の分子動力学を独習したため、とんでもない見当違いもあるかと危惧します。
しかし、議論したり、いっしょに考えることはできると思いますので、よろしくお願いします。

残念ながら、上田顕さんの分子シミュレーションという本は読んだことがないため、
温度-圧力制御法についてどのように記述されているのかわかりません。
能勢法やAndersen法のような拡張系の方法は、拡張された自由度sについての
時間変化ds/dtを含む運動方程式系について、時間積分していくことになります。
「差分式」とは、この運動方程式系のことでしょうか?

北川浩他著「初心者のための分子動力学法」養賢堂1997には、
能勢方の方程式系の予測子-修正子法による時間積分の方法があります。(p.25-27)

NVEでは蛙飛び法(あるいは速度ベルレ法)がエネルギー保存も安定性もいいのですが、
NPTでは予測子-修正子法やギア法が用いられるようです。
(これは的外れなコメントかもしれません)

●1892 NPTアンサンブルについて ジョニー - 2007/07/17 14:29 -
初めまして。最近分子動力学を始めたばかりの初心者です。
分子のおもちゃ箱にてmikeさんが質問をご丁寧に答えてくださっているのを拝見し、私も質問させて頂きたいと思いました。

私は現在、分子動力学の練習として1atm、20℃の水クラスターを作っているところです。そこでアンサンブルにはNPTアンサンブルを用いてやっており、温度制御には能勢法、圧力制御にはAndersen法を用いております。式はこの2つの方法を組み合わせたものを取り扱っているのですが、プログラム内にこれを組み込むときの考え方(差分式)がいまいちよくわかりません。mikeさんのご意見、もしくはこの方法が詳しく書かれている文献などをご存知でしたらお教え下さい。 私は上田顕さんの分子シミュレーションという本で勉強しております。

●1891 アプレット追加 mike - 2007/07/15 09:45 -
アプレット追加しました。
(1191) crystals MtFGMD 2つの結晶(非同期)
(1192) sputtering MtPFGMD スパッタリング(非同期)

●1890 バージョンアップ mike - 2007/07/14 10:23 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1038) crystal MtFGMD 結晶(非同期)ver 0.0.5
(1039) crystal Sync-MtFGMD 結晶(同期)ver 0.0.5
(1040) plane MtPFGMD 結晶面(非同期)ver 0.0.5
(1041) adatom MtPFGMD 結晶面上の吸着原子(非同期)ver 0.0.5

●1889 Re EAMポテンシャルについて オズ - 2007/07/13 21:55 -
ご回答ありがとうございます.
早速文献を入手して試して見たいと思います.
ありがとうございました.

●1888 Re EAMポテンシャルについて mike - 2007/07/12 20:23 -
オズさん、はじめまして。

>このたびは5周年おめでとうございます。
ありがとうございます。ここまで、続けてこられたのも、
見守ってくださる皆様に負うところが大きいと思います。

>私は、TiをEMAポテンシャルを用いて表現したいと
>考えているのですが、なかなかうまくいきません。
>そこで質問なのですが、EMAポテンシャルの
>埋め込み関数はどういったものを使われているのでしょうか。
たとえば、No.977では、Guptaポテンシャルを用いています。
このポテンシャルでは、埋め込み関数はFSポテンシャルと同じ形で
 F(ρ) = -sqrt(ρ), ρi = Σj φ(rij) 
の形になります。φ(rij)は電子密度です。
Karolewskiの形にCleriらのHCP金属のデータをフィッチングして用いています。

1) M.A. Karolewski ; Radiation Effects and Defects in Solids, Vol. 153, p.239-255 (2001)
(http://www.geocities.com/karolewski/index.htmから入手可能です)
2) F. Cleri and V. Rosato; Phys. Rev. B vol.48 pp.22-33 (1993)

ただ、これらのポテンシャルは原子衝突のために開発されたようですので、
ご研究の分野によってはうまくいかないかもしれません。

今後とも、よろしくお願いします。

●1887 EAMポテンシャルについて オズ - 2007/07/12 18:53 -
こんにちは。MD法で研究をしておりますオズと申します。

このたびは5周年おめでとうございます。
いつも参考にさせていただいております。

私は、TiをEMAポテンシャルを用いて表現したいと
考えているのですが、なかなかうまくいきません。
そこで質問なのですが、EMAポテンシャルの
埋め込み関数はどういったものを使われているのでしょうか。

私なりにいろいろと文献を調べてみましたが、
詳細に記載されている文献が見つかりません。

どうぞよろしくお願いいたします。

●1886 バージョンアップ mike - 2007/07/08 15:21 -
バージョンアップ(Particlesクラスの互換性向上)しました。
(1134) NaCl SX1S MtMD3D イオンの動力学(非同期)ver 0.0.3
(1135) NaCl SX1S MtPMD3D イオンの動力学(非同期、periodic)ver 0.0.3
(1136) silica SX1S MtMD3D シリカ(SX1S、非同期)ver 0.0.3
(1137) silica SX1S MtPMD3D シリカ(SX1S、非同期、periodic)ver 0.0.3
(1138) NaCl in Ar SXRG MtMD3D イオンと稀ガスの動力学(非同期)ver 0.0.3
(1139) NaCl in Ar SXRG MtPMD3D イオンと稀ガスの動力学(非同期、periodic)ver 0.0.3
(1140) silica with He SXRG MtMD3D シリカとヘリウム(非同期)ver 0.0.3
(1141) silica with He SXRG MtPMD3D シリカとヘリウム(非同期、periodic)ver 0.0.3

●1885 バージョンアップ mike - 2007/07/08 11:29 -
バージョンアップ(Particlesクラスの互換性向上)しました。
(1126) Morse MtMD3D モースポテンシャルの分子動力学(非同期)ver 0.0.3
(1127) Morse MtPMD3D モースポテンシャルの分子動力学(非同期、periodic)ver 0.0.3
(1128) mixed gas Morse MtMD3D 混合ガス(Morse、非同期)ver 0.0.3
(1129) mixed gas Morse MtPMD3D 混合ガス(Morse、非同期、periodic)ver 0.0.3
(1130) Lennard-Jones MtMD3D レナード ジョーンズ 分子動力学(非同期)ver 0.0.3
(1131) Lennard-Jones MtPMD3D レナード ジョーンズ分子動力学(非同期、periodic)ver 0.0.3
(1132) mixed gas LJ MtMD3D 混合ガス(LJ、非同期)ver 0.0.3
(1133) mixed gas LJ MtPMD3D 混合ガス(LJ、非同期、periodic)ver 0.0.3

●1884 バージョンアップ mike - 2007/07/08 08:35 -
バージョンアップ(複数の種類の同時表示ができるように)しました。
(1186) vapor pressure 蒸気圧 ver 0.0.1

●1883 アプレット追加 mike - 2007/07/07 11:21 -
アプレット追加しました。
(1189) soft wall Morse MD2D 柔らかい壁の箱
(1190) soft wall Morse MtMD2D 柔らかい壁の箱(非同期)

●1882 バージョンアップ mike - 2007/07/01 14:07 -
バージョンアップ(Particlesクラスの互換性向上)しました。
(1042) Morse MtMD2D モースポテンシャル分子動力学(非同期)ver 0.0.6
(1043) Morse MtPMD2D モースポテンシャル分子動力学(periodic, 非同期)ver 0.0.5
(1084) mixed gas Morse MtMD2D 混合ガス(2D、非同期、Morse)ver 0.0.3
(1085) mixed gas Morse MtPMD2D 混合ガス(2D、非同期、Morse、periodic)ver 0.0.3
(1086) mixed gas LJ MtMD2D 混合ガス(2D、非同期、LJ)ver 0.0.3
(1087) mixed gas LJ MtPMD2D 混合ガス(2D、非同期、LJ、periodic)ver 0.0.3
(1088) Hash table MtMD2D 混合ガス(2D、非同期、Morse、Hash表)ver 0.0.3

●1881 アプレット追加 mike - 2007/07/01 10:18 -
アプレット追加しました。
(1187) NaCl in Ar SXRG MtMD2D アルゴン中の塩化ナトリウム(2D、非同期)
(1188) NaCl in Ar SXRG MtPMD2D アルゴン中の塩化ナトリウム(2D、非同期、periodic)

●1880 バージョンアップ mike - 2007/06/30 14:02 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(026) Bolzmann factor ボルツマン因子 ver 0.0.4
(038) atomic force microscope 原子間力顕微鏡(AFM)ver 0.0.6
(039) molten NaCl in the field 高電界下の溶融NaCl ver 0.0.4
(076) get position data 各原子の位置座標のデータ取得 ver 0.0.4
(077) get position data SiO2 シリカガラスの位置座標のデータ取得 ver 0.0.4

●1879 アプレット追加 mike - 2007/06/30 09:34 -
アプレット追加しました。
(1186) vapor pressure 蒸気圧 ver 0.0.0

●1878 バージョンアップ mike - 2007/06/26 19:20 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(004) load test 引っ張り試験 ver 0.0.5
(012) deep impact 分子集団の衝突 ver 0.0.5
(014) crystal growth 気相からの結晶成長 ver 0.0.5
(015) Lennard-Jones gas レナード・ジョーンズ気体 ver 0.0.8
(019) Morse molecules in the Box 箱の中のMorse分子 ver 0.1.2

●1877 5周年、ありがとうございます mike - 2007/06/26 18:08 -
みなさま、
本日、2007年6月26日で、「分子のおもちゃ箱」は、公開より満5周年になります。
みなさまに見守られ、続けられたこと、深く感謝します。
これからも、よろしくお願いします

●1876 アプレット追加 mike - 2007/06/24 09:18 -
アプレット追加しました。
(1184) adatom on crystal MtKMC2D 結晶上の吸着原子(非同期、2D)
(1185) adatom on crystal MtKMC3D 結晶上の吸着原子(非同期、3D)

●1875 バージョンアップ mike - 2007/06/23 15:06 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1169) sound in air para SW2D 空気中の音の伝播(並列)ver0.0.4
(1170) sound in air para SW3D 空気中の音の伝播(並列、3D)ver0.0.3
(1171) template float ParaRLG2D 実数型-格子がス法(並列、2D)ver 0.0.2
(1172) jet float ParaRLG3D 細孔からの噴流(並列、RLG3D)ver 0.0.2

バージョンアップ(ファイルからのデータ読み込みを追加)しました。
(086) silica glass initial data シリカガラスの初期データ取得 ver 0.0.4

●1874 バージョンアップ mike - 2007/06/23 10:56 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1163) Li slab MtPECD リチウム板(非同期、RS-DFT、擬電荷)ver 0.0.2
(1164) jellium slab MtPECD ジェリウム板(非同期、RS-DFT、擬電荷)ver 0.0.2
(1165) W slab MtPECD タングステン板(非同期、RS-DFT、擬電荷)ver 0.0.2
(1166) W slab 3x3x5 MtPECD タングステン板3x3x5(非同期、RS-DFT、擬電荷)ver 0.0.2
(1167) H on jellium slab MtPECD ジェリウム板上のH(非同期、RS-DFT、擬電荷)ver 0.0.2
(1168) Ba on W slab MtPECD タングステン板上のBa(非同期、RS-DFT、擬電荷)ver 0.0.2

●1873 バージョンアップ mike - 2007/06/23 08:29 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1157) LiF MtRSDFT フッ化リチウム(非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.2
(1158) O2 molecule MtRSDFT 酸素分子(非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.2
(1159) light atom MtLSD 軽原子(非同期RS-DFT-LSD)ver 0.0.2
(1160) LiF MtLSD フッ化リチウム(非同期RS-DFT-LSD)ver 0.0.2
(1161) O2 molecule MtLSD 酸素分子(非同期RS-DFT-LSD)ver 0.0.2
(1162) dimer MtLSD 2原子分子(非同期RS-DFT-LSD)ver 0.0.2

●1872 Re 温度が徐々に上昇 mike - 2007/06/21 17:23 -
TKSさん、はじめまして。「分子のおもちゃ箱」をご覧いただき、ありがとうございます。

>現象のイメージを理解するための教育用のツールとして便利と思います。
少しでも、お役に立てば幸いです。ご要望がありましたら、なんでも書き込んでください。

>164、171などを走らせていて気がついたのですが、ぶつける原子をスタートさせなくても、
>時間の経過とともに系の温度が徐々に上昇していくようです。
>これは数値計算誤差によるもでしょうか。
ご指摘のように、これらのアプレットは、時間の経過とともに系の温度が上昇しています。
原因として以下のようなものが考えられます。
(1)初期配置が安定でないため、配置が変わり、エネルギーが解放された。
(2)(ご指摘のように)計算誤差が累積した。
(3)用いたポテンシャル(FSポテンシャル)が周囲の配置に依存する型であるため、
   エネルギーが厳密には保存しなくなる。

温度は時間とともに直線的に上昇していくようなので、(1)の可能性は低そうです。
(2)の場合は、直線的な変化ではなく、温度の揺らぎになりそうです。
いまのところ(3)が原因ではないかと考えています。

この点を改善したポテンシャル(たとえばNo.1038)もあります。
No.1038のtemp controlをadiabaticとしたとき、温度上昇はほとんどありません。

●1871 温度が徐々に上昇 TKS - 2007/06/20 23:19 -
始めまして。
最近このページを知りました。それにしてもすごい数のコードですね。全く感服致しました。現象のイメージを理解するための教育用のツールとして便利と思います。

ところで、164、171などを走らせていて気がついたのですが、ぶつける原子をスタートさせなくても、時間の経過とともに系の温度が徐々に上昇していくようです。これは数値計算誤差によるもでしょうか。

●1870 バージョンアップ mike - 2007/06/19 19:00 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1151) meteor MtAO2D 隕石(非同期)ver 0.0.2
(1152) meteor 3-Body MtAO2D 隕石(3体、非同期)ver 0.0.2
(1153) meteor MtAO3D 隕石(3D, 非同期)ver 0.0.2
(1154) meteor 3-Body MtAO3D 隕石(3D、3体、非同期)ver 0.0.2
(1155) ring MtAO3D 隕石のリング(非同期)ver 0.0.2
(1156) thick disk MtAO3D 隕石の厚い円盤(非同期)ver 0.0.2

●1869 バージョンアップ mike - 2007/06/18 18:30 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1147) bonded sand MtDEM2D ひっついた砂(離散要素法、非同期)ver 0.0.2
(1148) bonded sand MtPyDEM2D ひっついた砂(離散要素法、非同期、periodic-y)ver 0.0.2
(1149) smoothed sand MtDEM3D 砂(3D、離散要素法、非同期)ver 0.0.2
(1150) bonded sand MtDEM3D ひっついた砂(3D、離散要素法、非同期)ver 0.0.2

●1868 バージョンアップ mike - 2007/06/17 15:36 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1141) silica with He SXRG MtPMD3D シリカとヘリウム(非同期、periodic)ver 0.0.2
(1142) advection CIP1D 移流(1D)ver 0.0.2
(1143) smoothed sand MtDEM2D 砂(離散要素法、非同期)ver 0.0.2
(1144) smoothed sand MtPyDEM2D 砂(離散要素法、非同期、periodic-y)ver 0.0.2
(1145) rolling Tube MtDEM2D 回転する管内の砂(離散要素法、非同期)ver 0.0.2
(1146) vibration MtPDEM2D 振動する砂(離散要素法、非同期、periodic-x)ver 0.0.2

●1867 バージョンアップ mike - 2007/06/17 13:30 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1135) NaCl SX1S MtPMD3D イオンの動力学(非同期、periodic)ver 0.0.2
(1136) silica SX1S MtMD3D シリカ(SX1S、非同期)ver 0.0.2
(1137) silica SX1S MtPMD3D シリカ(SX1S、非同期、periodic)ver 0.0.2
(1138) NaCl in Ar SXRG MtMD3D イオンと稀ガスの動力学(非同期)ver 0.0.2
(1139) NaCl in Ar SXRG MtPMD3D イオンと稀ガスの動力学(非同期、periodic)ver 0.0.2
(1140) silica with He SXRG MtMD3D シリカとヘリウム(非同期)ver 0.0.2

●1866 アプレット追加とバージョンアップ mike - 2007/06/17 10:29 -
アプレット追加しました。
(1182) segregation MtKMC2D 偏析(非同期、2D)
(1183) segregation MtKMC3D 偏析(非同期、3D)

バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1131) Lennard-Jones MtPMD3D レナード ジョーンズ分子動力学(非同期、periodic)ver 0.0.2
(1132) mixed gas LJ MtMD3D 混合ガス(LJ、非同期)ver 0.0.2
(1133) mixed gas LJ MtPMD3D 混合ガス(LJ、非同期、periodic)ver 0.0.2
(1134) NaCl SX1S MtMD3D イオンの動力学(非同期)ver 0.0.2

●1865 バージョンアップ mike - 2007/06/17 08:04 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1125) integrating sphere PTMCS2D 積分球(非同期)ver 0.0.2
(1126) Morse MtMD3D モースポテンシャルの分子動力学(非同期)ver 0.0.2
(1127) Morse MtPMD3D モースポテンシャルの分子動力学(非同期、periodic)ver 0.0.2
(1128) mixed gas Morse MtMD3D 混合ガス(Morse、非同期)ver 0.0.2
(1129) mixed gas Morse MtPMD3D 混合ガス(Morse、非同期、periodic)ver 0.0.2
(1130) Lennard-Jones MtMD3D レナード ジョーンズ 分子動力学(非同期)ver 0.0.2

●1864 バージョンアップ mike - 2007/06/16 18:06 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1119) wave packet MtPQM3D 電子の波束(3D、非同期、陽解法、periodic)ver 0.0.2
(1120) plane wave MtPQM3D 電子の平面波(3D、非同期、陽解法、periodic)ver 0.0.2
(1121) beads model MtMD2D ビーズモデル(非同期)ver 0.0.2
(1122) beads model MtMD3D ビーズモデル(3D、非同期)ver 0.0.2
(1123) snow white PTMCS2D 雪による光の散乱(非同期)ver 0.0.2
(1124) imprisonment PTMCS2D 共鳴光の閉じ込め(非同期)ver 0.0.2

●1863 バージョンアップ mike - 2007/06/16 14:17 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1113) wave packet MtPQM2D 電子の波束(非同期、陽解法、periodic)ver 0.0.2
(1114) plane wave MtPQM2D 電子の平面波(非同期、陽解法、periodic)ver 0.0.2
(1115) wave packet MtQED3D 箱の中の波束(3D、非同期)ver 0.0.2
(1116) double slits MtQED3D 2重スリットによる回折(3D、非同期)ver 0.0.2
(1117) H like atom MtQED3D 水素様の原子(非同期)ver 0.0.2
(1118) H ion scatter MtQED3D 水素イオンによる電子の散乱(非同期)ver 0.0.2

●1862 バージョンアップ mike - 2007/06/16 10:48 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1107) mixed gas MtPDSMC2D 混合ガス(DSMC2D、非同期、periodic)ver 0.0.2
(1108) adatom MtKMC 吸着原子(非同期、160x160)ver 0.0.2
(1109) wave packet MtQED2D 箱の中の波束(非同期)ver 0.0.2
(1110) double slits MtQED2D 2重スリットによる回折(非同期)ver 0.0.2
(1111) harmonics MtQED2D 調和ポテンシャル中の電子(非同期)ver 0.0.2
(1112) ion scatter MtQED2D 電子のイオンによる散乱(非同期)ver 0.0.2

●1861 バージョンアップ mike - 2007/06/16 08:11 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1101) wind tunnel float-MtLB3D19V 風洞(3D19V、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1102) gas expansion float-MtLB3D27V 気塊の膨張(3D27V、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1103) wind tunnel float-MtLB3D27V 風洞(3D27V、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1104) demixing MtDSMC2D ガスの分離(DSMC2D、非同期)ver 0.0.2
(1105) large MtDSMC2D 大きなガス分離(DSMC2D、非同期、150x120)ver 0.0.2
(1106) adsorption MtDSMC2D 吸着(DSMC2D、非同期)ver 0.0.2

●1860 バージョンアップ mike - 2007/06/10 16:54 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1097) air cannon MtLB2D 空気砲(2D9V、非同期)ver 0.0.2
(1098) orifice flow MtLB3D オリフィス流(3D15V、非同期)ver 0.0.2
(1099) orifice flow float-MtLB3D オリフィス流(3D15V、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1100) gas expansion float-MtLB3D19V 気塊の膨張(3D19V、非同期、単精度)ver 0.0.2

●1859 アプレット追加とバージョンアップ mike - 2007/06/10 10:44 -
アプレット追加しました。
(1180) hetero-cryatal Growth MtKMC2D 異種-結晶成長(非同期、2D)
(1181) hetero-crystal growth MtKMC3D 異種-結晶成長(非同期、3D)
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1093) jet float MtRLG3D 細孔からの噴流(3D、RLD、非同期、単精度)ver 0.0.3
(1094) ball flow MtLB2D 球の周りの流れ(2D9V、非同期)ver 0.0.2
(1095) ball flow float-MtLB2D 球の周りの流れ(2D9V、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1096) gas expansion MtLB2D 気塊の膨張(2D9V、非同期)ver 0.0.2

●1858 バージョンアップ mike - 2007/06/10 07:59 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1087) mixed gas LJ MtPMD2D 混合ガス(2D、非同期、LJ、periodic)ver 0.0.2
(1088) Hash table MtMD2D 混合ガス(2D、非同期、Morse、Hash表)ver 0.0.2
(1089) wind tunnel MtRLG2D 風洞(RLG、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1090) jet MtRLG2D 細孔からの噴流(RLG、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1091) mixed gas MtRLG2D 混合ガス(RLG、非同期、単精度)ver 0.0.2
(1092) jet MtRLG3D 細孔からの噴流(3D、RLG、非同期)ver 0.0.2

●1857 バージョンアップ mike - 2007/06/09 15:12 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1081) breakthroughMtD3D 突破(3D、非同期)ver 0.0.2
(1082) spin Hash MtD3D コマ(3D、非同期、Hash)ver 0.0.2
(1083) spin Hash MtPD3D コマ(3D、非同期、Hash、periodic)ver 0.0.2
(1084) mixed gas Morse MtMD2D 混合ガス(2D、非同期、Morse)ver 0.0.2
(1085) mixed gas Morse MtPMD2D 混合ガス(2D、非同期、Morse、periodic)ver 0.0.2
(1086) mixed gas LJ MtMD2D 混合ガス(2D、非同期、LJ)ver 0.0.2

●1856 アプレット追加とバージョンアップ mike - 2007/06/09 10:34 -
アプレット追加しました。
(1179) sintering MtKMC2D 焼結(非同期、2D)

バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1076) breakthrough MtD2D 突破(非同期)ver 0.0.2
(1077) Hash table MtD2D 突破(非同期、Hash)ver 0.0.2
(1078) damp MtD2D 突破(非同期、減衰力)ver 0.0.2
(1079) spinning top MtD3D 回転するコマ ver 0.0.2
(1080) spinning top MtPD3D 回転するコマ(periodic)ver 0.0.2

●1855 バージョンアップ mike - 2007/06/09 07:19 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1071) in water Mat-MtSW3D 水中の音の伝播(単精度、物質の表)ver 0.0.2
(1072) scatter Mat-MtSW3D 水中の音の散乱 ver 0.0.2
(1073) scatter Mat-MtPSW3D 水中の音の散乱(periodic)ver 0.0.2
(1074) template MtD2D 動力学テンプレート(2D、非同期)ver 0.0.3
(1075) template MtPD2D 動力学テンプレート(2D、非同期、periodic)ver 0.0.2

●1854 バージョンアップ mike - 2007/06/08 14:10 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1019) asynchonous multi-thread md2d 非同期マルチスレッド(md 2d)ver 0.0.2
(1020) synchonous multi-thread md2d 同期マルチスレッド(md 2d)ver 0.0.2
(1021) notice multi-thread md2d 通知マルチスレッド(md 2d)ver 0.0.2
(1022) asynchronous MT md3d 非同期マルチスレッド(md 3d)ver 0.0.2
(1023) synchronous MT md3d 同期(通知)マルチスレッド(md 3d)ver 0.0.2

●1853 バージョンアップ mike - 2007/06/08 10:27 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1014) section profle MD3D 分子集団の断面表示 ver 0.0.7
(1015) hetero crystal growth 2d KMC 異種の結晶成長(2次元)ver 0.0.2
(1016) hetero crystal growth KMC 異種の結晶成長(3次元)ver 0.0.2
(1017) segregation 2d KMC 偏析(2次元)ver 0.0.2
(1018) ink multi thread インク粒子の運動(マルチスレッド)ver 0.0.2

●1852 バージョンアップ mike - 2007/06/08 06:23 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1001) adatom sputtering PFGMD 吸着原子のスパッタリング ver 0.0.2
(1011) sintering 2d KMC 焼結(2次元)ver 0.0.2
(1012) fictive temperature 2d KMC ガラスの仮想温度(2次元)ver 0.0.2
(1013) fictive temperature KMC ガラスの仮想温度(3次元)ver 0.0.2

●1851 バージョンアップ mike - 2007/06/03 14:12 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1063) scattering Mat-MtSW2D 水中の音の散乱(単精度、物質の表)ver 0.0.2
(1064) large Mat-MtSW2D 大きな水中の音の散乱(単精度、物質の表)ver 0.0.2
(1065) scatter MtPSW2D 水中の音の散乱(periodic)ver 0.0.2
(1066) scatter Mat-MtPSW2D 水中の音の散乱(periodic, 単精度, 物質の表)ver 0.0.2
(1067) interference MtSW2D 空気中の音の干渉 ver 0.0.3
(1068) refraction MtSW2D 空気中の音の屈折 ver 0.0.3
(1069) sound in air MtSW3D 空気中の音の伝播 ver 0.0.2
(1070) sound in water MtSW3D 水中の音の伝播 ver 0.0.2

●1850 バージョンアップ mike - 2007/06/03 10:02 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1059) sound in air MtSW2D 空気中の音の伝播 ver 0.0.2
(1060) sound in water MtSW2D 水中の音の伝播 ver 0.0.3
(1061) scatter MtSW2D 水中の音の散乱 ver 0.0.3
(1062) ultrasonic MtSW2D 水中の超音波 ver 0.0.3

●1849 アプレット追加 mike - 2007/06/03 07:22 -
アプレット追加しました。
(1177) crystallization MtKMC2D 結晶化(非同期、2D)
(1178) crystallization MtKMC3D 結晶化(非同期、3D)

●1848 バージョンアップ mike - 2007/06/02 17:52 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1051) large Float-MtFDTD2D 大きな電磁波の散乱(1200x1200)ver 0.0.2
(1052) huge Mat-MtFDTD2D 巨大な電磁波の散乱(1600x1600)ver 0.0.2
(1053) powder MtFDTD2D 粉による光の散乱 ver 0.0.2
(1054) prism MtFDTD2D プリズムによる光の屈折 ver 0.0.2
(1055) EM wave MtFDTD3D 電磁波の伝播(非同期)ver 0.0.2
(1056) EM wave Float-MtFDTD3D 電磁波の伝播(非同期、単精度)ver 0.0.2
(1057) EM wave Mat-MtFDTD3D 電磁波の伝播(非同期、単精度、物質の表)ver 0.0.2
(1058) scatter Mat-MtFDTD3D 電磁波の散乱(非同期、単精度、物質の表)ver 0.0.2

●1847 バージョンアップ mike - 2007/06/02 14:10 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1006) adatom faster KMC 吸着原子(さらに高速化)ver 0.0.2
(1007) crystal growth 2d KMC 結晶成長(2次元)ver 0.0.2
(1008) crystal growth KMC 結晶成長(3次元)ver 0.0.2
(1009) crystallization 2d KMC 結晶化(2次元)ver 0.0.2
(1010) crystallization KMC 結晶化(3次元)ver 0.0.2

●1846 アプレット追加 mike - 2007/06/02 07:50 -
アプレット追加しました。
(1175) crystal growth MtKMC2D 結晶成長(非同期、2D)
(1176) crystal growth MtKMC3D 結晶成長(非同期、3D)

●1845 アプレット追加 mike - 2007/05/27 14:25 -
アプレット追加しました。
(1173) gas in glass MtKMC2D ガラス中のガス(非同期、2D)
(1174) gas in glass MtKMC3D ガラス中のガス(非同期、3D)

●1844 バージョンアップ mike - 2007/05/27 11:37 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1002) gas in glass 2d KMC ガラス中のガス(2d)ver 0.0.2
(1003) gas in glass 2d 64x64 KMC ガラス中のガス(2d 64x64)ver 0.0.2
(1004) gas in glass KMC ガラス中のガス(3d)ver 0.0.2
(1005) gas in glass 64x64x64 KMC ガラス中のガス(3d 64x64x64)ver 0.0.2

●1843 バージョンアップ mike - 2007/05/27 09:55 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1038) crystal MtFGMD 結晶(非同期)ver 0.0.4
(1039) crystal Sync-MtFGMD 結晶(同期)ver 0.0.4
(1040) plane MtPFGMD 結晶面(非同期)ver 0.0.4
(1041) adatom MtPFGMD 結晶面上の吸着原子(非同期)ver 0.0.4

●1842 バージョンアップ mike - 2007/05/26 16:56 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1037) large FloatMAC2D 大きな風洞(単精度-非同期)ver 0.0.3
(1042) Morse MtMD2D モースポテンシャル分子動力学(非同期)ver 0.0.5
(1043) Morse MtPMD2D モースポテンシャル分子動力学(periodic, 非同期)ver 0.0.4

●1841 バージョンアップ mike - 2007/05/26 14:56 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1044) harmonics MtPIMC1D 1次元調和振動子(経路積分モンテカルロ)ver 0.0.3
(1045) harmonics MtPIMC2D 2次元調和振動子(経路積分モンテカルロ)ver 0.0.3
(1046) harmonics MtPIMC3D 3次元調和振動子(経路積分モンテカルロ)ver 0.0.3
(1047) water MtSPH2D 水(粒子法,非同期,h=1cm)ver 0.0.3
(1048) water MtPSPH2D 水(粒子法,非同期,h=1cm,peiodic)ver 0.0.3
(1049) scatter MtFDTD2D 電磁波の散乱(非同期)ver 0.0.3
(1050) large MtFDTD2D 大きな電磁波の散乱(非同期)ver 0.0.3

●1840 バージョンアップ mike - 2007/05/26 08:46 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1031) light atom MtRSDFT 軽原子(非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.5
(1032) light atom Float-RSDFT 軽原子(単精度-非同期RS-DFT-LDA)ver 0.0.5
(1033) H atom MtDMC 水素原子(非同期)ver 0.0.4
(1034) H2 molecule MtDMC 水素分子(非同期)ver 0.0.4
(1035) H atom MtAllDMC 水素原子(非同期)ver 0.0.4
(1036) H2 molecule MtAllDMC 水素分子(非同期)ver 0.0.4

●1839 バージョンアップ mike - 2007/05/26 05:56 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1028) wind tunnel MtMAC2D 風洞(非同期MAC2D)ver 0.0.4
(1029) wind tunnel SyncMAC2D 風洞(同期MAC2D)ver 0.0.4
(1030) wind tunnel FloatMAC2D 風洞(単精度-非同期MAC2D)ver 0.0.4

●1838 バージョンアップ mike - 2007/05/23 19:05 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1024) template MtRLG2D 実数型格子ガス法(非同期マルチスレッド)ver 0.0.4
(1025) template sync-MtRLG2D 実数型格子ガス法(同期(通知)マルチスレッド)ver 0.0.4
(1026) cycle steal MtRLG2D 実数型格子ガス法(サイクルスティール)ver 0.0.4
(1027) template float-MtRLG2D 実数型格子ガス法(非同期-単精度)ver 0.0.6

●1837 バージョンアップ mike - 2007/05/22 18:34 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(14) crystal growth 気相からの結晶成長 ver 0.0.4
(39) molten NaCl in the field 高電界下の溶融NaCl ver 0.0.3

●1836 バージョンアップ mike - 2007/05/20 16:25 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1038) crystal MtFGMD 結晶(非同期)ver 0.0.3
(1039) crystal Sync-MtFGMD 結晶(同期)ver 0.0.3
(1040) plane MtPFGMD 結晶面(非同期)ver 0.0.3
(1041) adatom MtPFGMD 結晶面上の吸着原子(非同期)ver 0.0.3

●1835 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2007/05/20 10:59 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1169) sound in air para SW2D 空気中の音の伝播(並列)ver0.0.3
(1170) sound in air para SW3D 空気中の音の伝播(並列、3D)ver0.0.2
アプレット追加しました。
(1171) template float ParaRLG2D 実数型-格子がス法(並列、2D)
(1172) jet float ParaRLG3D 細孔からの噴流(並列、RLG3D)

●1834 バージョンアップ mike - 2007/05/19 15:19 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(176) point defect in W crystal 結晶中の点欠陥 ver 0.0.3
(354) bcc crystal AFS コア補正FSポテンシャル ver 0.0.6
(1042) Morse MtMD2D モースポテンシャル分子動力学(非同期)ver 0.0.3
(1093) jet float MtRLG3D 細孔からの噴流(3D、RLD、非同期、単精度)ver 0.0.2

●1833 バージョンアップ mike - 2007/05/19 10:48 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(76) get position data 各原子の位置座標のデータ取得 ver 0.0.3
(77) get position data SiO2 シリカガラスの位置座標のデータ取得 ver 0.0.3
(86) silica glass initial data シリカガラスの初期データ取得 ver 0.0.3

●1832 バージョンアップ mike - 2007/05/18 15:38 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(04) load test 引っ張り試験 ver 0.0.4
(12) deep impact 分子集団の衝突 ver 0.0.4

●1831 バージョンアップ mike - 2007/05/18 11:14 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。

(15) Lennard-Jones gas レナード・ジョーンズ気体 ver 0.0.7
(19) Morse molecules in the Box 箱の中のMorse分子 ver 0.1.1
(26) Bolzmann factor ボルツマン因子 ver 0.0.3
(115) SX-1 potential イオン性-凝集相のポテンシャル ver 0.0.4

●1830 テンプレートのバージョンアップ mike - 2007/05/18 11:11 -
mikesRoomのアプレットのテンプレートを整理しなおし、
再度バージョンアップしました。
(t01) skeleton アプレットの原型とソースコード t01
(t02) molecular dynamics 2D 分子動力学のテンプレート(2次元)とソースコード t02
(t03) molecular dynamics 3D 分子動力学のテンプレート(3次元)とソースコード t03
(t04) multi-thread MD2D マルチスレッド版MDテンプレート(2次元)とソースコード t04

●1829 バージョンアップとアプレット追加 mike - 2007/05/13 10:52 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。
(1169) sound in air para SW2D 空気中の音の伝播(並列)ver0.0.2

アプレット追加しました。
(1170) sound in air para SW3D 空気中の音の伝播(並列、3D)

●1828 バージョンアップ mike - 2007/05/12 14:55 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。

(15) Lennard-Jones gas レナード・ジョーンズ気体 ver 0.0.6
(19) Morse molecules in the Box 箱の中のMorse分子 ver 0.1.0
(115) SX-1 potential イオン性-凝集相のポテンシャル ver 0.0.3

●1827 テンプレートのバージョンアップ mike - 2007/05/12 10:12 -
mikesRoomのアプレットのテンプレートをバージョンアップしました。
(t01) skeleton アプレットの原型とソースコード t01
(t02) molecular dynamics 2D 分子動力学のテンプレート(2次元)とソースコード t02
(t03) molecular dynamics 3D 分子動力学のテンプレート(3次元)とソースコード t03
(t04) multi-thread MD2D マルチスレッド版MDテンプレート(2次元)とソースコード t04

●1826 アプレット追加 mike - 2007/05/06 14:52 -
アプレット追加しました。
(1169) sound in air MtSW2D 空気中の音の伝播(並列)

●1825 アプレット追加 mike - 2007/05/05 11:14 -
アプレット追加しました。
(1167) H on jellium slab MtPECD ジェリウム板上のH(非同期、RS-DFT、擬電荷)
(1168) Ba on W slab MtPECD タングステン板上のBa++(非同期、RS-DFT、擬電荷)

●1824 バージョンアップ mike - 2007/05/04 10:18 -
バージョンアップ(コードの改良)しました。

(19) Morse molecules in the Box 箱の中のMorse分子 ver 0.0.9
(115) SX-1 potential イオン性-凝集相のポテンシャル ver 0.0.2

mike/分子動力学法appletのテンプレート ver 0.0.2

●1823 アプレット追加 mike - 2007/04/29 13:33 -
アプレット追加しました。
(1165) W slab MtPECD タングステン板(非同期、RS-DFT、擬電荷)
(1166) W slab 3x3x5 MtPECD タングステン板3x3x5(非同期、RS-DFT、擬電荷)

●1822 バグフィックス mike - 2007/04/29 08:44 -
バグフィックス(3574ioさんが見つけられたバグの修正)しました。
(76) get position data 各原子の位置座標のデータ取得 ver 0.0.2
(77) get position data SiO2 シリカガラスの位置座標のデータ取得 ver 0.0.2
(86) silica glass initial data シリカガラスの初期データ取得 ver 0.0.2

●1821 アプレット追加 mike - 2007/04/28 10:38 -
アプレット追加しました。
(1163) Li slab MtPECD リチウム板(非同期、RS-DFT、擬電荷)
(1164) jellium slab MtPECD ジェリウム板(非同期、RS-DFT、擬電荷)

●1820 バージョンアップ mike - 2007/04/28 07:03 -
3574ioさんが見つけられた不具合について、
リセットボタンの取り付け、ボタン配置、およびコードを改良しました。
(14) crystal growth 気相からの結晶成長 ver 0.0.3
(39) molten NaCl in the field 高電界下の溶融NaCl ver 0.0.2

●1819 アプレット追加 mike - 2007/04/22 10:28 -
アプレット追加しました。
(1161) O2 molecule MtLSD 酸素分子(非同期RS-DFT-LSD)
(1162) dimer MtLSD 2原子分子(非同期RS-DFT-LSD)

●1818 Re 遅くなりましたバグスキャン mike - 2007/04/22 10:27 -
3574ioさん、こんにちは。

バグスキャンのレポート、ありがとうございます。
>...書く力もう0かも
無理しないでくださいね。
バグフィックスが全く追いつかないので、
ゆっくりしたペースでいいかと。

●1817 遅くなりましたバグスキャン 3574io - 2007/04/22 00:03 -
300〜325バグスキャンレポート
バグ点
ボタンが小さいぐらいで見つからなかった。
やっと30%!325終わったハァハァ書く力もう0かも

●1816 アプレット追加 mike - 2007/04/21 08:23 -
アプレット追加しました。
(1159) light atom MtLSD 軽原子(非同期RS-DFT-LSD)
(1160) LiF MtLSD フッ化リチウム(非同期RS-DFT-LSD)

●1815 Re バグ検査一気に mike - 2007/04/21 08:21 -
3574ioさん、こんにちは。

夜中までバグスキャン、ご苦労さまです。
あまり、無理しないでくださいね。

*アプレットNo.176:結晶中の点欠陥の不自然な動きについて:
>これは不自然に見えるかどうかでなく、温度調節後連続的に
>T scalingされているみたいなので現実の動きと全く違ってきます。
問題の所在、確認しました。
ご指摘のように、スケーリングをしていました。
修正します。

リセットボタンについて:
初期状態に戻すリセットの機能は、あった方が良いので、
付けていこうと思います。ただ、数が多そうなので、
バグフィックスが終わった後に、少しずつ見直していきたいと思います。

*アプレットNo.238:電界Ezと磁界Hx-Hy
>lambdaの値を変更するとわずかに磁界の強さがおかしくなります。
lambda(電磁波の波長)が変わると、時間変化の割合が変わるため、
磁場も変化します。
>何回も変更しているとやがて異常なぐらい線が長くなったりします。
この振る舞いは、再現できていません。もう少し、調べてみます。

*アプレットNo.243:電流Jzと磁界
>開始直後、画面の電界表示が敏感のせいかも知れないが
>異常な色で表示(黄色、青色、黒色など)一瞬ちらつきます。
残念ながら、私の環境では再現できていません。
ブラウザを変えて、もう少し調べてみます。

*アプレットNo.232:誘電体中の電磁波
>直すことが出来ないと思うバグで、進行中に屈折率を変えたら計算暴走する。
バグを確認しました。
ご指摘のように進行中に屈折率が突然変更すると、連続性が壊れるため、
暴走してしまいます。nが滑らかに変化するとOKかもしれませんので、
検討してみます。(もしNGなら、nを設定してからresetで反映するようにします)

*アプレットNo.252:強磁性体内の電磁波(鳥瞰)
>表示切替ボタンの位置がおかしい、画面の一部かぶってる
バグを確認しました。(どうやらブラウザの表示設定で変わるようです)
ボタンのレイアウトを固定位置に変更します。

*アプレット 0251、0252、0267、0269、0272 屈折率を変えたら計算暴走するバグ
アプレットNo.232と同様に対処します。

*アプレットNo.269:レンズによる光学像 - 波動光学
たしかに、lens pos=135の方がピントがはっきりしますね。
ありがとうございます。
デフォルトのレンズ位置を変更しようと思います。

●1814 夜中でもバグスキャン 3574io - 2007/04/21 02:19 -
251〜300のバグスキャン続き
バグ点
0252強磁性体内の電磁波(鳥瞰) の
表示切替ボタンの位置がおかしい、画面の一部かぶってる
0251、0252、0267、0269、0272
のアプレット全て屈折率を変えたら計算暴走するバグが確認しました。
改良点
0269レンズによる光学像 - 波動光学 で
デフォルトレンズ位置誤差を確かめました。
実験結果からピントがはっきりする場所
lens pos=116元
lens pos=135修
300のアプレット全てスキャンしました。(計14時間)

●1813 バグ検査一気に 3574io - 2007/04/20 21:16 -
mike様こんばんは〜
>温度調節の「不自然さ」について:…省略
これは不自然に見えるかどうかでなく、温度調節後連続的に
T scalingされているみたいなので現実の動きと全く違ってきます。
温度調節しなければエネルギー的に変わらないのは確かですが
このアプレットの場合は何もしなくてもおかしい動きをしてました。
>リセットボタンについて:…省略
リセットボタンを付けてくださいと言ってないので、
リセットボタンの事を放棄してかまいません。ただ一応メモなので
すべてのバグ、誤りは書いて置くことにしてます。
***** バグレポート211〜250 *****
バグ点
0238電界Ezと磁界Hx-Hy で
lambdaの値を変更するとわずかに磁界の強さがおかしくなります。
何回も変更しているとやがて異常なぐらい線が長くなったりします。
0243電流Jzと磁界 で
開始直後、画面の電界表示が敏感のせいかも知れないが
異常な色で表示(黄色、青色、黒色など)一瞬ちらつきます。
他に0247〜0250のアプレット全て同じようなバグがあります。
0232誘電体中の電磁波
直すことが出来ないと思うバグで、進行中に屈折率を変えたら計算暴走する。
他に0233〜0235、0239、0241のアプレット全て同じようなバグがあります。
改良点
0211〜0214
のアプレットすべてリセットボタンありません。
今日はこれで全体の21%(250)スキャンしました。

●1812 バージョンアップとバグフィックス mike - 2007/04/20 20:05 -
バージョンアップしました。
(04) load test 引っ張り試験 ver 0.0.3

バグフィックス(速度の設定のバグを修正)しました。
(12) deep impact 分子集団の衝突 ver 0.0.3

●1811 Re バグ一気に調べた mike - 2007/04/20 18:47 -
3574ioさん、こんにちは。

*アプレットNo.186:水素プラズマの古典モデル3D
温度調節のT設定のバグを確認しました。

*アプレットNo.176:結晶中の点欠陥
温度調節の「不自然さ」について:
  温度Tは、ナノの世界では粒子の運動エネルギーK同じ(K=(3/2)kT)と考えられます。
温度調節は、個々の粒子(原子、分子、イオン、電子)の運動エネルギーを変えることになるので、
必然的に「不自然」に見えます。
  wall controlで温度調節したとき、比較的自然に見えるのは、
壁に衝突した粒子のみに「不自然」なエネルギーのやり取りを限定しているためです。
  176のアプレットのように、孤立した結晶の温度をコントロールするのは、
スケーリングの他にも、能勢法のような仮想的な拡張系を用いる方法もあります。
いずれの方法をとるにせよ、温度を変えるということ自体が、「不自然」そのものなので、
「不自然さ」を持ち込まないようにするためには、温度調節しないようにするしかありません。
  温度調節バーを移動した瞬間の「不自然さ」は、避けられませんが、
調節後の「不自然さ」はなくなると考えられます。

*アプレットNo.196:シリカの体積と応力
タイプミスを確認しました。

*アプレットNo.201:水素の熱電離
タイプミスを確認しました。

リセットボタンについて:
「分子のおもちゃ箱」のアプレットでは、リセットボタンがついていないものが多数あります。
基本的な考え方として、衝突現象のように、繰り返し見たいものにはリセットボタンが必要と考えます。
しかし、結晶の観察や、箱の中の気体分子のように、ある状態を観察するものは、
リセットボタンは、操作上あった方がいいでしょうが、必ずしも必要ではないと思っています。

●1810 バグ一気に調べた 3574io - 2007/04/19 21:20 -
0165〜0210のスキャンレポート、並び順変えました番号でなくバグ度で(笑)
バグ点
0186水素プラズマの古典モデル3D の
温度調節cont Tの値が異常に低いです。改良点もあります
0176結晶中の点欠陥 で
温度調節方法がT scalingに見えます不自然に見えるためバグと見ました。
改良点
0196シリカの体積と応力 の
説明が一部おかしい所が有ります以下説明
再び、sizeを1.43nmにします。元
再び、sizeを1.42nmにします。修
0201水素の熱電離 の
説明が一部おかしい所が有ります以下説明
水素がスは低温では分子を形成しますが、元
水素ガスは低温では分子を形成しますが、修
0172〜0175、0178、0185〜0192、0194〜0200、0202、0204、0206〜0210
のアプレットすべてリセットボタンありません。
一気にまとめてスキャンしました。210(18%)完了です

●1809 バグフィックスについて mike - 2007/04/19 18:07 -
3574ioさん、こんにちは。

今日もバグ報告、ありがとうございます。
報告数がたいへん多いため、バグやタイポエラーと改良に分け、
まず、バグフィックス、タイプミスの修正を先に行いたいと思います。
リセットボタンの取り付けや調節バーの大きさは、
エラーというよりも改良になりますので、後にさせてください。

●1808 今日もバグ探す! 3574io - 2007/04/19 16:48 -
0149可変長、周期的境界条件 の
リセットボタンが、無い事が分かりました。調節機能ボタンは小さいです。
xLen=のメーター出来たら取り付けてください現在の幅が分かりません。
0150〜0162のアプレットすべてリセットボタンありません。
これまで15%検索し、40のエラーを見つけました。さらにスキャンし続けます。

●1807 バグスキャン続き 3574io - 2007/04/18 20:23 -
mike様すみませんなんか一気にバグ検査しちゃって
>デュアルコアでしょうか。
新PCはデュアルコアなのですがあまりスピードが変わるのは殆ど無いです。
>あきらめず、1つ1つフォローしていきますので
200のバグ(バグスキャン終了時の予測)は直すのに相当掛かりそうです。
無理しないでゆっくり直してくださいね。
*****以下バグ続き*****
0131ニッケル上のバリウムの吸着 の
リセットボタンが、無い事が分かりました。
他のボタンは小さいと思います。(殆どのアプレットがそうかも)
0135解離のモデル で
説明の一部がおかしい所が有ります以下説明
近寄りすぎると反発力が少し離れると引力が作用します。元
近寄りすぎると反発力、少し離れると引力が作用します。修
リセットボタンもありませんでした。
0140MgO結晶の鳥瞰θ-φ も
リセットボタンが、無い事が分かりました。調節ボタンも小さいです。
今日はここで終わりかな?(6時間やってて疲れた)重要なバグが見つからないときは、
すぐに報告せずに出来るだけまとめて出すようにしたいと思ってます。

●1806 Re 新しいPCで確認  mike - 2007/04/18 18:58 -
3574ioさん、こんにちは。

>4月15日に新しいパソコンを買いました
速そうなマシンですね。デュアルコアでしょうか。
アプレットNo.1018以降に、マルチスレッドで速くなる
アプレットがありますので、試してみてください。

>JAVAも最新なので新バグも発見できるかもしれません。
>5日間テストできなかったので新しいアプレットでテストし、
>残ったアプレットはすべてスキャンします。

バグの報告、たいへん、ありがとうございます。
バグレポートは、ソフトの品質を保つため、必須です。
作者は、ある種の思い込みが強いため、
バグをあらかじめ見つけられない場合が多くあります。

多数のバグや、改良点があろうと思いますが、
あきらめず、1つ1つフォローしていきますので、
よろしくお願いします。
バグフィックスや改良には時間がかかる場合もありますので、
気長にお待ちください。

●1805 バグスキャン中… 3574io - 2007/04/18 18:43 -
0115イオン性-凝集相のポテンシャル の
リセットボタンが、無い事が分かりました。
0123MgO結晶 の
結晶サイズと箱と比べると比率が大きすぎて壁に当たらず温度調整出来ません。
0124BaO結晶 も
同じく壁に当たらず温度調整出来ません。
0128MgO結晶の動径分布関数 も
同じく壁に当たらず温度調整出来ません。
0130まで調べましたが1つのバグしか発見していません。
バグ発見は少なくなってきたが5時間もスキャンしています。

●1804 またまたバグ発見! 3574io - 2007/04/18 18:15 -
0076各分子の位置座標のデータ取得 で
STARTボタンを何回か押すとシミュレーション速度が上がり
CPU温度が異常&重くなる。このバグは危険です直してください。
同じく、0077「液体と固体状態のSiO2」の位置情報の取得 も
STARTボタンを何回か押すと…これはフリーズしてしまいます。
0078表面張力 は
リセットボタンが、無い事が分かりました。
0086シリカガラスの位置と速度の情報取得 も
STARTボタンを何回か押すと…これもフリーズしてしまいます。
100までスキャン完了(9%です)バグはまだまだ有ると思います。

●1803 バグ続き…まだまだ! 3574io - 2007/04/18 17:42 -
0054エミッタの蒸発 で
リセットボタンが、無い事が分かりました。実験後必要になるでしょう
0055、0057、0062、0064のアプレットすべて
リセットボタンありません。0056圧力による融点の上昇 は必要なしだと思います。
まだ7%しか調べていません(0075まで)バグ探しはきついです。

●1802 バグ続き…リセットが 3574io - 2007/04/18 17:04 -
0026ボルツマン因子 で
リセットボタンが、無い事が分かりました。
あと最低エネルギーQ(eV)=0.05の設定は高いと思います(出来たら低く修正いいです?)
0031、0032、0035、0036、0037のアプレットすべて
リセットボタンありません。0033ブラウン運動は必要なしだと思います。
0034気体の分離 も
同じくリセットボタン無いですが、温度調節ボタンは小さいと思います。
0039高電界下の溶融NaCl も
同じくリセットボタン無いですが、温度調節ボタン、
その他の調節ボタンは、小さいと思います。
リセット取り付けはこのアプレットが優先だと思います。
(暴走バグから考えて)
今後さらにスキャンする予定です

●1801 バグ、タイプミス 3574io - 2007/04/18 15:12 -
0004引っ張り破壊 の
説明が 黒い分子に力をかけています。でなく
黒い原子に力をかけています。 でしょうか?確認お願いします。
0012分子集団の衝突 でバグ発見
スタートを何度も押すととんでもない速度で突撃し、暴走します
ご確認ください(間違ってダブルクリックしてバグ発見)
0014気相からの結晶成長 は
調節機能、リセットがありません(バグじゃない)
またこのままにするには説明に
リセットは原子の再選択と入れた方がよいでしょう。
1150個のアプレットはさすがに全部見切れません少しずつバグ報告します。では、


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(created 2007.04.18, last updated 2007.07.21)
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